Podemos dividir su reinado en dos períodos. El primero, que abarca los diez primeros años de gobierno. En 1352 contrajo matrimonio con Juana de Valois, hija de Juan II de Francia. Dos años más tarde fue acusado por el rey francés de la muerte del Condestable de Francia, Carlos, hijo de Alfonso de la Cerda. En 1355 fue arrestado en el castillo de Rouen, no siendo rescatado hasta noviembre de 1357, gracias a la complicidad de algunos nobles navarros. Tras su fuga, se alió con el rey de Inglaterra y apoyó la revuelta parisina protagonizada por el rico mercader Etienne Marcel. En octubre de 1360 se firmó la Paz de Calais con el rey de Francia, de modo que Carlos recuperó sus posesiones en Normandía. Ese mismo año, falleció Felipe I de Borgoña, por lo que Carlos solicitó el ducado, sin obtener ningún éxito, al ser anexionado a la Corona de Francia. En 1363 y 1364 se enfrentó al rey de Francia, pero tras la derrota de Cocherel, en mayo de 1364, perdió todos sus territorios, excepto Montpellier, Evreux y Cotentin.
Durante esa década, navarra fue gobernada por su hermano Luis, que ejerció una destacada diplomacia respecto a Castilla y Aragón, no acabando de comprometerse con ninguno de las dos partes, en la guerra que iniciaron en septiembre de 1356, conocida como la "Guerra de los Dos Pedros". Con motivo de la guerra civil de Castilla, en agosto de 1363 firmó en la villa de Uncastillo un tratado con el rey de Aragón, tratado por el que ambos se comprometieron a ayudar a Enrique de Trastámara contra su hermanastro, el rey Pedro I de Castilla.
La segunda etapa dentro del reinado de Carlos II, abarca desde la derrota de Cocherel hasta su fallecimiento, el primer día de enero de 1387. En este periodo, a nivel de la administración navarra, destacó la organización de la Cámara de Comptos, en 1365, que le permitió tener un mejor control y una mejor gestión de las finanzas reales. En el plano internacional, apoyó a su hermano Luis, casado con Juana de Sicilia, duquesa de Durazzo, en el proyecto de conquistar Albania. Al menos, a partir de 1372 existieron unas malas relaciones con Castilla, al exigir Enrique II todos los territorios que habían pasado a manos de Navarra durante la guerra civil castellana. Intentando solucionar este nuevo conflicto y mantener todos aquellos territorios, Carlos propuso el matrimonio de su hijo, el príncipe Carlos, con la infanta Leonor de Castilla, que Enrique II aceptó, buscando en navarra un aliado frente a las aspiraciones de Juan de Gante, duque de Lancaster, que estando casado con una de las hijas de Pedro I, deseaba reinar en Castilla.
En 1378, en plena guerra entre Inglaterra y Francia, volvió a plantear al rey francés, sus antiguas reivindicaciones territoriales. Sin embargo Carlos V de Francia, aliado de Enrique II de Castilla, se opuso a Carlos II y le confiscó sus posesiones francesas, a excepción de la importante plaza normanda de Cherburgo. Por su parte el monarca castellano, invadió Navarra, obligando a Carlos a firmar la paz de Briones, en marzo de 1379, por la que Carlos no podría negociar acuerdos con Inglaterra ni hacer guerra a Francia, teniendo que entregar a Castilla, por plazo de diez años, una quincena de poblaciones y fortificaciones navarras así como medio centenar de nobles, en concepto de rehenes. Durante sus últimos años de reinado, Carlos intentó recuperar sus territorios perdidos en Francia y Castilla, sin alcanzar ningún éxito reseñable.