Gregorio Arzoz estaba al corriente de las investigaciones pasteurianas. Así, días antes de los experimentos de Pouilly - le - Fort, que tuvieron lugar en mayo y junio de 1881, escribió:
"Es cosa evidentemente probada que las infecciones carbuncosas están sostenidas por un parásito microscópico llamado bacteridia".
Y fue en 1882 en Navarra, gracias a él, donde se repitieron en España las experiencias realizadas en Francia, con resultados admirables. La prensa se hizo eco en un artículo publicado en "El Navarro de Pamplona".
Poco tiempo después, concretamente entre octubre y febrero de 1883, Gregorio Arzoz continuó con los ensayos iniciados el verano anterior, gracias a una subvención de 1625 pesetas concedida por la Diputación Foral de Navarra.
El 29 de octubre se compraron 40 cabezas de ganado lanar y 6 bovinas. Las primeras se dividieron en 3 lotes: uno de 16 que debía preservarse por medio del virus atenuado, otro de igual número, edad y sexo que junto con el primero debía sufrir la inoculación del virus contagioso, y el tercero quedaba de reserva.
El 24 de enero se vacunaron las ovejas del primer grupo. El 8 de febrero recibieron la 2ª inyección. El 1 de marzo se les inoculó el bacilo a las 17 horas, y el día 3, para la misma hora, habían muerto todos los animales no vacunados. Dos horas después pereció uno de los inmunizados. Estos resultados fueron publicados en "El Monitor" de Pamplona, la Gaceta Médico - Veterinaria y como apéndice, en la recopilación que realizó Chamberland sobre los recientes trabajos de Pasteur.
Estos experimentos motivaron grandes diputas con el director de la revista La Veterinaria Española, así como con los catedráticos de la Escuela de Madrid, representados por Braulio García Carrión y Santiago de la Villa, que se mostraron muy beligerantes y contrarios a las teorías microbianas de Pasteur, ya que creían que con los ensayos profilácticos sólo se conseguiría propagar la enfermedad. Gregorio Arzoz, al que el tiempo dio la razón, fue defendido desde las páginas de la Gaceta Médico - Veterinaria, dirigida por Rafael Espejo del Rosal.
Pero no todo fueron parabienes para Gregorio Arzoz. Poco después de sus experimentos se quejaba en un artículo en "El Monitor" de las críticas de La Veterinaria Española:
"apoyada por su exquisito materialismo (al que debe estar bien agarrada) trataba de ridiculizar el principio de inoculación preventiva o profiláctica y no contenta con ridiculizarlo, lo azotó como quien se dispone a llevarlo al calvario".
En 1884 publicó un informe en la Gaceta Médico - Veterinaria sobre el carbunco en la comarca de Obanos entre los años 1880 y 1883. Los tres primeros años la mortalidad media por la enfermedad fue del 10%. El último fueron vacunadas por el método de Pasteur 1.200 reses. Las bajas se redujeron al 3%, aunque, por diversos motivos, no todos los animales fueron tratados.
En 1883, Pasteur anunció que, en colaboración con el veterinario Thuiller, había conseguido preparar una vacuna contra el mal rojo del cerdo. Y en 1889, también se obtuvieron positivos resultados en la campaña contra la enfermedad porcina llevada a cabo con este método por Gregorio Arzoz, por encargo de la Diputación de Navarra.