La aparición de Humboldt. Pero, a finales del s. XVIII cuando el criticismo moderno y el interés político hacen rodar por los suelos el tubalismo y sus derivaciones, hace su aparición en la escena el sabio prusiano Guillermo de Humboldt, padre de los estudios vascos y de la lingüística moderna en Europa. Rechazando las exageraciones de Astarloa, Erro y otros pero sometido aún a las orientaciones de Larramendi, Humboldt analiza los nombres ibéricos peninsulares (radicales y derivados) comparándolos con los vascos y llega en su Prüfung de 1821 a la conclusión de que la toponimia peninsular debía de ser dividida en dos grandes familias: por un lado, los topónimos celtas en -briga y, por otro, los topónimos ibéricos en -ili, -iri, -uli, concluyendo que "la formación de los nombres de lugar ibéricos sigue en total el sistema fonético de la lengua vasca", principio que aún hoy es sustentado por los principales lingüistas (Tovar, 1980: 156). De esta forma, el vasco-iberismo a escala peninsular, caucionado en su aspecto linguístico por la ciencia alemana -que siguió en masa al sabio de Potsdam- y la mayoría de los lingüistas del mundo, ha llegado hasta nuestros días (Schuchardt, Menéndez Pidal, Hübner etc). Para Humboldt Aquitania "era tan sólo una continuación de los poblamientos ibéricos." El revolucionario descubrimiento, en el último cuarto del s. XIX (Luchaire, 1877) de un parentesco evidente entre la onomástica aquitana de la época romana y el euskera medieval y moderno, es decir de la incontestable unidad de esta lengua en las dos vertientes del Pirineo, no afectó al vasco-iberismo, que se limitó a ampliar su área al SO de Francia. No ocurrió igual con el supuesto origen euskérico de diversos topónimos italianos ni la existencia de relaciones vasco-caucásicas, tesis defendidas también, pero por más reducido número de estudiosos, entre los cuales el P. Fita y el italiano Trombetti. De todas formas, puede decirse que, a partir de Humboldt, dentro del vasco-iberismo científico quedan disociados los conceptos de etnia y de lengua. Pero, la carencia de Universidad, las guerras civiles y la agitación política propiciaron que, a lo largo de todo el s. XIX, el tubalismo y sus mitos sustitutorios (románticos) enturbiaron la investigación lingüística e histórica. Así, en la Condaira de Iztueta publicada en 1847 se recoge acabadamente el modelo mítico vasco-iberista popular, como puede advertirse en los fragmentos iniciales siguientes:
"Hace ya más de cuatro mil años que Tubal, nieto de Noé, quinto hijo de Jafet, llegó con sus familiares de Armenia a España; era a los ciento cuarenta y tres años desde que tuvo lugar el gran diluvio, a los dos mil ciento setenta y cuatro años antes de nacer Cristo, según dicen Flavio Josepho, San Gerónimo, don Rodrigo, arzobispo de Toledo y otros muchos, en sus obras memorables. Este dichoso y amado Patriarca Tubal desembarcó con su gente en la costa de Guipúzcoa y tan pronto como vió sus parajes, tierras, montes y rocas, se percató de que todos eran muy semejantes a los de Armenia. Por lo mismo, se puso en marcha con alegría y rapidez hacia los bosques de aquí y de Navarra, en busca de alimento, y sus opiniones y proyectos quedaron plenamente colmados (...). Pero, según como va el tiempo, así suelen olvidarse las cosas disminuyendo el miedo del Diluvio, y, por otra parte, de las vegas la tierra fértil y humedosa atrayéndoles con su pingüe grosor, comenzaron a bajar de las laderas de los montes hacia las anchas vegas, donde, habiendo preparado con esmero campos largos y lozanos, cubrieron bien pronto los linajes limpios de Tubal por completo la España entera".
"Hace ya más de cuatro mil años que Tubal, nieto de Noé, quinto hijo de Jafet, llegó con sus familiares de Armenia a España; era a los ciento cuarenta y tres años desde que tuvo lugar el gran diluvio, a los dos mil ciento setenta y cuatro años antes de nacer Cristo, según dicen Flavio Josepho, San Gerónimo, don Rodrigo, arzobispo de Toledo y otros muchos, en sus obras memorables. Este dichoso y amado Patriarca Tubal desembarcó con su gente en la costa de Guipúzcoa y tan pronto como vió sus parajes, tierras, montes y rocas, se percató de que todos eran muy semejantes a los de Armenia. Por lo mismo, se puso en marcha con alegría y rapidez hacia los bosques de aquí y de Navarra, en busca de alimento, y sus opiniones y proyectos quedaron plenamente colmados (...). Pero, según como va el tiempo, así suelen olvidarse las cosas disminuyendo el miedo del Diluvio, y, por otra parte, de las vegas la tierra fértil y humedosa atrayéndoles con su pingüe grosor, comenzaron a bajar de las laderas de los montes hacia las anchas vegas, donde, habiendo preparado con esmero campos largos y lozanos, cubrieron bien pronto los linajes limpios de Tubal por completo la España entera".