Eskola berrezarri bazen 1898an Gamazok agindutako erreformatik abiatuta Estatuko gobernuak emandako aginduz izan zen, ez Foru Aldundiaren borondatez. Hala, 1899ko martxoaren 29ko Errege Agindu batek probintzia Maistren Eskola Arrunta sortzera behartu zuen. Urte hartatik aurrera oinarrizko eskola arrunta zabalik egon zen 1914. urtera arte. Orduan, Bergaminen erreformarekin, goi mailako izatera pasa zen. Lehen urtetan hainbat arazo sortu ziren eraikinarekin, irakasleen izendapenarekin eta gainerako langileen hautaketarekin lotuta. Arazo horiek ebazteko, ezinbestekoak izan ziren Udalaren eta Foru Aldundiaren arteko harremanak. Eraikinari dagokionez, Artzain Onaren Plazako 8. zenbakiko etxea eskuratu zen. Eraikinaren beheko solairua Foru Aldundiak baitaratu zuen, alokairuan. Etxe horretan egon ziren lehen ikasturtean Idazkaritza eta Zuzendaritza. Bestalde, 10. zenbakian atxikitako beheko solairuan hiru gela, aldagela eta ataria finkatu ziren, besteak beste. Eta behegainean Zuzendariaren gela. Legez aitortutako irakaskuntza ematen zen. Hala, ikasketak ikasgaika eman behar ziren hiru irakasle tituludunen eta erlijioko irakaslearen eskutik.
1914. urtean, arestian esan bezala, oinarrizko eskola arrunt izatetik goi mailako eskola arrunta izatera pasa zen. Horren ondorioz, irakasle nahiz ikasle kopuruak gora egin zuen, izan ere, aldaketak maisutzako tituluen norabidea aldatzea eta ikasketak goitik behera berrantolatzea ekarri zuen, jite profesional eta pedagogikoa ageriago batekin. Hala ere, Kontzertu Ekonomikoak indarrean zeudenez, Foru Aldundia nakar agertu zen ordainketekin eta eskubide hori aitortzea erregutu zuen. Ebazpena 1917ko martxoaren 3ko Errege Aginduz eman zen, zeinaren arabera, "aurrerantzean Gipuzkoako Maistren Eskola Arrunteko langileen soldatak eta materiala Estatuko aurrekontu orokorrarekin ordainduko dira". Era berean, Atotxako Pasealekuan "Villa Elisa" izeneko etxea alokatu zen 1914az geroztik. Eskola arruntaren eta atxikitako eskola graduatuaren (ikasleek eskola-praktikak burutzeko) arteko distantziak arazoak ekarri zituen, izan ere, eskola hori Sanchez Toca kaleko 5. zenbakian zegoen kokatuta. 1925. urtetik aurrera, probintziako estatutuarekin, Foru Aldundia Eskola Arruntetik eratorritako edozein ordainketa egitetik libre geratu zen.
Irakasleei dagokienez, aipagarria da eskola hori ibilbide profesionalean zeharreko igarobide bat izan zela irakasle askorentzat. Irakasle asko izan zituen, gehienak Estatuko beste eskola arrunt batzuetatik iritsiak. Jarraian zenbait zuzendariren izenak aipatuko ditugu, karguan denbora gehiago izan zirelako: Luisa Diaz y Recarte, Juana Ugarte Macazaga, Leonor Mercedes Villan eta Maria Victoria Jimenez y Crozat, 1909-1921 bitartean bete zuena kargu hori. Halaber, Genoveva del Pino Valsera aipatu behar da, aurrekoaren ondotik sartu eta 1931. urtera arte postu horretan mantendu zena. Errepublikak ekarri zuen erreformaren ondorioz, Eskola Misto bilakatu zen eta zuzendaritza gizon batek hartu zuen. Idazkariei dagokienez, Josefina Oloriz aipa dezakegu, Letretako laguntzailea, karguan izan zena 1921-1929 bitartean. Urte hartan uko egin zion karguari, Foru Aldundiko Ikuskaritzan sartzeko, landa-eskolen ikuskaritza lanetan. Irakasle hori instituzio teresatarrekoa zen eta Donostiako Udaleko zinegotzi izatera iritsi zen, eta Xahuketa Batzorde frankistako kide ere bai.
Ikasle kopuruak, bada, goranzko joera izan zuen, izan ere, oinarrizko eskola gisa mantendu zen bitartean gehienez 47 ikasle ofizial izan zituen eskolak, eta 1923-24 ikasturtean 111 ikasle izatera iritsi zen. Urte horretatik aurrera 200 ikasle baino gehiago matrikulatu ziren, 1929-30. ikasturtean 269 izatera iritsi arte. Ikasle libreei dagokienez, 1922. urtetik aurrera, goranzko joera ikusten da, eta 1929-30 ikasturtean 177 ikasle libre matrikulatu ziren. Eskola zabalik egon zen bitartean, Foru Aldundiak bi beka izan zituen baliabiderik ez zuten ikasleentzat. Horrez gain, beste beka bat zuen Instituzio Teresatarrean Maisutza karrerako ikasketak egiteko pentsiodun modura.
Ikasleen jatorriari dagokienez, ikasle gehienak gipuzkoarrak ziren (% 66). Ondoren Nafarroan jaiotakoak (% 7), Madrilekoak (% 4), Bizkaikoak (% 3,7), Burgosekoak (% 3) eta Araba, Zaragoza, Logroño eta Valladoliden jaiotakoak zeuden (% 2). Gainerako probintzietatik etorritako ikasleen portzentajea ezdeusa da ia. 1916. urtean Ikasle Ohien Elkartea sortu zen, gero eta jarduera biziagoa izan zuena 1920. urtetik aurrera.