El territorio guipuzcoano se desarrolla íntegramente en la vertiente cantábrica, a excepción de un pequeño sector al pie del macizo de Aitzkorri que vierte sus aguas al Mediterráneo a través del Alzania, afluente del Araquil. En una buena parte los limites territoriales se corresponden con las líneas divisorias de aguas, excepción hecha con Navarra, en donde nacen la mayoría de los ríos que riegan el sector nor-oriental de Guipúzcoa, como el Araxes, Leizarán, Urumea y Bidasoa. El conjunto está drenado por seis arterias de desigual tamaño que, en sentido Sur-Norte o Sureste-Noroeste se han sobreimpuesto a la estructura, dando como consecuencia valles encajados. Son de Oeste a Este: el Deba, Urola, Oria, Urumea, Oyarzun y Bidasoa.
El río Deba nace en la sierra de Elguea, recorre el sector occidental de la provincia y desemboca por la localidad homónima tras un recorrido de 54 Km. Su cuenca vertiente cubre 530,6 Km.², de la que recibe pequeños pero numerosos afluentes como el Aramaiona, el Ubera y el Ego por la izquierda, y por la derecha el Aránzazu, el Ezkarga y el Kilimón.
Formado por la unión de varias regatas procedentes de la sierra de Aitzkorri, el río Urola se mueve en dirección Sur-Norte hasta Azcoitia en donde toma la dirección Este contorneando el Izarraitz. Tras recorrer la vega de Azpeitia vuelve a correr más encajado; describe una serie de meandros y desemboca finalmente en Zumaya. Con sus 55 Km. de longitud se constituye en el segundo río guipuzcoano y junto con sus afluentes Urrestilla, Régil y Narruondo drenan una cuenca de 343 Km.².
El Oria es el mayor de los ríos de Guipúzcoa, y apenas tiene 66 Km. de longitud. Nace en la sierra de San Adrián y a su paso por el Goyerri recibe el aporte de varios arroyos como el Ursuarán, el Agauntza o el Amundarain. En su curso medio aumenta el caudal por la llegada de afluentes procedentes de tierras navarras como el Araxes o el Leizarán. Hasta las proximidades de Lasarte se mueve en dirección al Noreste, pero desde aquí tuerce bruscamente hacia el Oeste y recorre la fértil vega de Usúrbil y Aguinaga, dibujando una serie de meandros para desembocar en Orio, a través de una pequeña ría-estuario que ha dado lugar a la creación de un puerto pesquero. En la estación de aforo de Andoain presenta un caudal de 13,8 m.³/seg., siendo por tanto el caudal relativo de 16 litros/seg. por Km.² de cuenca (cuenca vertiente: 860,9 Km.²), valor ciertamente elevado que a la vez puede ser exponente de los restantes ríos guipuzcoanos.
De características más modestas que los anteriores, el Urumea baña también una pequeña porción de las tierras de Guipúzcoa. Procedente del macizo de Cinco Villas, en territorio navarro y tras recibir las aguas del Añarbe, entra en Guipúzcoa por Hernani y desemboca en San Sebastián. Tiene una longitud de 39,5 Km. y una extensión de cuenca de 266,1 Km.².
El Oyarzun, nacido en las estribaciones de Bianditz, tan sólo tiene 16 Km. de recorrido; pero su importancia deriva sobre todo porque en su desembocadura ha permitido el asentamiento del puerto de Pasajes, uno de los más importantes de la cornisa cantábrica. Para terminar con este breve repaso a los ríos de Guipúzcoa hay que citar al Bidasoa de cuyos 66 Km. de longitud sólo 9 transcurren en ella, a la vez que sirven de frontera internacional. Desde Endarlaza corre encajado en el macizo de Cinco Villas para abrirse, ya próximo a la desembocadura, entre Hendaya y Fuenterrabía, en la bahía de Txingudi. Su caudal medio es de 24,1 m.²/seg. en el curso bajo, siendo el caudal relativo de 34,2 litros/seg. por Km.².
Dado el intrincado carácter de la topografía, las vías fluviales son los caminos naturales de penetración desde la costa hacia el interior, constituyendo a su vez importantes ejes sobre los que se articula la vida de la región; es por ello que suelen servir de base para cualquier intento de definición comarcal. Como queda ya expuesto para cada río individualmente, se trata en general de ríos de corto recorrido debido a la escasa distancia entre la divisoria de aguas y el mar; pero el considerable desnivel que deben salvar entre el nacimiento y la desembocadura les confiere una importante velocidad y fuerza erosiva, particularmente en los tramos superiores, en donde presentan caracteres torrenciales. Es la de Guipúzcoa una red densa, aunque poco jerarquizada, ya que se organizan en arterias independientes, separadas por interfluvios claramente delimitados desde los que parten afluentes de escasa consideración. A diferencia de los ríos cantábricos más occidentales la nieve apenas tiene importancia en la conformación de sus caudales, puesto que las cabeceras se sitúan por debajo de los 1.000 m.; en todo caso las precipitaciones nivales pueden contabilizarse como liquidas a efectos hidrográficos en la medida de que no hay retención y aporte posterior, porque se funden en las mismas fechas de la precipitación. Pertenecen pues a un régimen pluvial oceánico, caracterizado por un elevado caudal relativo y gran regularidad, o lo que es lo mismo, con escasa diferencia entre los módulos anuales. La curva de variaciones estacionales refleja el régimen de precipitaciones: altas aguas en otoño-invierno con un pico de máxima en el comienzo de la estación atribuible a la mayor precipitación y escorrentía invernal; máximo secundario en abril y mayo y aguas bajas en verano sin que lleguen a ser estiajes graves, motivados por el descenso en la cuantía de precipitación así como por la mayor pérdida por evaporación. De acuerdo también con el régimen de precipitaciones -que permite registrar valores muy elevados en secuencias temporales cortas-, los ríos tienen de común una acusada torrencialidad con bruscas crecidas de difícil previsión y mal definidas en cuanto a fechas. A efectos de aforos, regulación, etc., todos los ríos guipuzcoanos están integrados en la Confederación Hidrográfica del Norte de España.