El queso típico del país es el de oveja, siendo las dos variedades más celebradas el de Roncal y el de Idiazabal, hoy en día ambos con denominación de origen. Se elaboró en un recipiente, la encella, generalmente de madera en la montaña (abatza), al que se solían arrojar piedras candentes (esne-arriak), incluso en algún sitio como Erasun viejas hachas al rojo vivo. Se calentaba la leche hasta llegar a la temperatura propia del ordeño (o calor de la mano), manteniendo ese calor mediante inmersión del recipiente en agua caliente. Para cuajarla, hasta hace poco tiempo se empleaba el cuajo natural (gatzagie, gatseia), estómago de cordero lechal que, rebozado en ceniza, se ponía a secar de una viga en la cocina durante 15 ó 20 días y se cortaba en trozos. En la actualidad se emplean también productos farmacéuticos. Cuando la leche estaba recién ordeñada (muida), no necesitaba ser calentada; si era de la víspera se la calentaba media hora ya que había «perdido temple». Mezclada la leche con el cuajo debía reposar una hora hasta que se cortaba. A continuación era agitada con las manos o con la malatza. Esta cuajada (gaztambera) se amasaba sobre la txurka, especie de tabla alargada y calada. Una vez bien escurrida era cortada la masa (el matón) con un cuchillo de acebo (espada) o era amasada con las manos. Se introducía cada trozo en el molde (zimitze, kaxale) presionándose para que cogiera cuerpo. El fondo está taladrado y de él cae el suero o gazura que servirá para hacer el requesón. Este molde puede ser de varias formas. El zimitxe posee un aro de nogal y el fondo de abedul (Zubieta, Errazu). En Aezkoa la masa cuajada se envolvía con un aro de madera de haya (gazta azala) que iba atado con una cuerda y proporcionaba la forma al queso; debajo del aro se situaba una tabla redonda de madera de haya o de pino dotada de cuatro mangos, la xorta o txortxapekua, con un pico por donde se vertía el suero. En la Ribera de Navarra se usaron cellos de madera delgada que se recogían en forma de anillo atándose también con una cuerda envolvente. En la actualidad apenas se moldea a mano ya que una prensa se ocupa de ello. Para conservar el queso se lo polvoreaba de sal y se le mantenía así durante 8 ó 10 días, al cabo de los cuales se lavaba y se dejaba secar en estanterías de madera de un lugar fresco sin alteraciones de temperatura, dándole la vuelta cada cierto tiempo. Antes de ser puesto a la venta, en muchos casos se ahumaba (por ejemplo en Ameskoa o en Urbia con leña verde). El queso blando o gazta zaharra se obtiene a partir del queso anterior picado y dejándolo al aire libre hasta la formación de gusanos. A partir del suero se fabricaba el requesón, hirviéndolo, espumándolo y metiéndolo en un paño que se colgaba de una viga hasta que perdía el zirikote o líquido procedente del suero que se solía utilizar para alimento porcino. Utensilios asociados a la elaboración del queso son el kaiku, cuenco troncocónico de abedul que se usaba para ordeñar y cocer la leche mediante piedras, también la abatza, cuenco de madera de abedul o aliso, cerezo o haya, en forma de cono oblicuo, con dos asas, empleado para cuajar la leche y batirla. El batidor es un palo largo de abedul o de acebo.
Otro utensilio clásico de madera era la oporra, más pequeño con una sola asa que servía para verter la leche y la cuajada. Los pastores «chalabardanos» vendían en el mercado de la «debaillada» de San Miguel los productos elaborados de esta forma. En Zuberoa el queso típico es el bortü-gazna, elaborado de forma similar. La dosis de cuajo de este queso es mayor en tiempo frío. Cortada la leche, es filtrada con ortigas, ya que, si no se purifica de este modo, amarillea en su maduración. En este momento el artesano llama a los pastores presentes utilizando la voz kallatü para que prueben la cuajada. Acto seguido se pone al fuego la lechada removiéndola continuamente. Luego se amasa y comprime con las manos por medio de movimientos circulares. Una vez amasado, el queso fresco se coloca en una bandeja de madera llamada zorzia y se pone luego en un molde abierto denominado gaztanaxala, tras lo cual se prensa. Se seca la corteza al calor del fuego del hogar, luego se sala colocando la sal en la capa superior del queso y se deja en la zorzia durante 6 horas, transcurridas las cuales se desmolda, se seca y se sala el resto de la corteza. Aparte de este queso principal puede elaborarse el zembera, queso fresco magro procedente del suero restante. Gran parte de la leche es destinada, como hemos dicho, a las queserías de Roquefort que envían la pasta a la importante fábrica del Aveyron para ser refinada debidamente. Cuando en esta zona varios pastores se reparten una misma cabaña les es preciso fabricar el queso en común ya que una cabaña no tiene más que un solo fuego. De esta forma, en un kaiolar suletino, la leche de todos los aotxs se junta en el mismo recipiente y los pastores elaboran el queso turnándose: cada uno asegura la confección de las dos series de quesos de un día y reserva éstos para su txotx marcándolos con un palito que lleve tallada la marca de su txotx. Al final del período de lactancia, el mayoral (jefe de la cabaña) procede al reparto (ola barreia) de los quesos entre los txotxs, después de lo cual los pastores se reparten los quesos del txotx al que pertenezcan. Durante la segunda parte del verano, cuando las ovejas ya no están en período lactante, el trabajo de los pastores se simplifica considerablemente ya que no hay que ordeñar ni elaborar queso. Los suletinos aprovechan para reunir los txotxs en series de dos bajo la vigilancia de un solo guardián. En aquellas regiones en que cada propietario asume en solitario la vigilancia de su rebaño pero ocupa una borda en compañía de varios, todos los rebaños de la cabaña son agrupados y la vigilancia se ejerce por turnos por sus ocupantes en razón de dos por dos.