Durante los primeros años de la dictadura, el régimen buscó un estilo nacional de raíz popular e histórica, que recurriese a la decoración de estilos antiguos, en especial el escurialense, ya que se identificaba este momento con el de mayor esplendor del Imperio español. Así, en la mayoría de los edificios que se construyeron en este período -la iglesia dedicada a los caídos por el bando nacional de Pamplona, el Seminario de Donostia, la plaza mayor de Gernika- se produjo un abuso de la escala monumental y el exhibicionismo. En este intento de establecer un estilo nacional jugaron un papel fundamental dos arquitectos vascos, Pedro Muguruza Otaño, desde la Dirección General de Arquitectura, y Pedro Bidagor Lasarte, desde la Dirección General de Regiones Devastadas. Sin embargo, estas directrices no se pudieron aplicar en todos los casos ya que, además de resultar muy costoso económicamente, no respondían a las necesidades de una sociedad en la que la precaria situación económica obligaba a una masiva y rápida reconstrucción. Así es como a partir de los años cincuenta el lenguaje moderno se volvió a recuperar tanto por los arquitectos que estaban en activo en los años anteriores a la guerra, como por las nuevas generaciones. De hecho, Pedro Ispizua, Fernando Arzadun, Pedro Guimón y Manuel Ignacio Galíndez en Bilbao, Jesús Guinea y José Luis López Uralde en Vitoria-Gasteiz, o Ramón Cortazar y José Antonio Ponte en Gipuzkoa, continuaron realizando edificios de viviendas, en los que combinaban el racionalismo con elementos expresionistas y detalles art déco.
Sin embargo, la década de los años cincuenta también fue propicia para otro tipo de experimentaciones. Así, en la arquitectura religiosa hay que destacar la renovación que vivió la tipología de la iglesia en unos años en los que todavía no se había celebrado el Concilio Vaticano II. Así, el arquitecto navarro Francisco Javier Sáenz de Oíza junto a Luis Laorga propuso en la basílica de Aranzazu en Oñati (Guipuzcoa) una iglesia que, aunque todavía mantenía numerosos elementos anclados en la tradición, en otros existía un evidente compromiso con el lenguaje moderno. Esto también lo encontramos en Vitoria-Gasteiz, en los templos de Los Ángeles de Javier Carvajal y José María García de Paredes, y La Coronación de Miguel Fisac; en ambas iglesias lo que destaca es la estructura del propio edificio que, adecuando su geometría a los propios solares irregulares, transmiten una gran potencia plástica y escultórica.
A partir de los años sesenta, una nueva sensibilidad irrumpió en el panorama arquitectónico vasco. El lenguaje moderno y racional evolucionó hacia un nuevo estilo que bajo el nombre de organicismo dio prioridad a las formas curvas y, sobre todo, concedió especial importancia a la integración de los edificios en el entorno tanto natural como histórico en el que eran construidos. En la difusión de este estilo hay que destacar el papel que jugó en el ámbito teórico el arquitecto vizcaíno Juan Daniel Fullaondo, y los trabajos que realizaron Eugenio María de Aguinaga y Sáenz de Oíza en este estilo, concretamente la vivienda que realizó este último en la localidad de Durana.
De cualquier forma, el arquitecto más importante de este período fue el guipuzcoano Luis Peña Ganchegui. De hecho, desde sus obras iniciales, como la Torre Vista Alegre de Zarautz, Peña Ganchegui apostó por superar el racionalismo estricto en aras de un organicismo y un plasticismo que, además de adecuarse al entorno y al paisaje, también lo hacía en relación con la historia local. Entre sus numerosos trabajos hay que destacar la Casa Imanolena de Mutriku, el edificio de viviendas Iparraguirre en la misma localidad guipuzcoana, la iglesia de San Francisco y la plaza de los Fueros en Vitoria-Gasteiz, y las plazas de la Trinidad y del Tenis en Donostia; en esta última, Peña Ganchegui planteó, a partir de la recuperación de un terreno marginal, una plaza escalonada de impronta minimalista, con sugerentes arritmias y expresivas texturas, que da la sensación de haber existido siempre en el paisaje.
En este final del período, aunque el organicismo fue la estética más novedosa, en muchas obras continuó combinándose con el racionalismo, y tampoco faltaron elementos y detalles expresionistas. Entre los arquitectos que mejor trabajaron en ese estilo hay que destacar al propio Fullaondo, Fernando Olabarria, Álvaro Líbano, Rufino Basañez, José Erbina, Miguel Mieg, Miguel Oriol e Ibarra, Francisco Javier Guibert, Fernando Redón y los hermanos Félix y José Luis Iñiguez de Onzoño. Entre las obras a señalar, destacar los institutos de enseñanza media de Txurdinaga en Bilbao, el campus de Deusto en Donostia, la iglesia de Santiago Apóstol de Pamplona, y otras muchas obras relacionadas con grupos escolares, equipamientos culturales y bloques de viviendas. Sin embargo, el edificio que mejor representa este período es la primera gran obra del arquitecto navarro Rafael Moneo en Donostia, el edificio de viviendas Urumea, en el que junto a Javier Marquet, Javier Unzurrunzaga y Luis María Zulaika, asume el paisaje y el pasado de la ciudad, combinando las bandas ondulantes de los miradores con las esquinas ortogonales que cuadran y definen la manzana del ensanche.