El 22 de Julio de 1795 España y Francia firman la paz de Basilea. El representante Francés reconoce las instituciones forales de Guipúzcoa en abril y acuerda ayudar a los republicanos de Guipúzcoa. En las negociaciones no sucederá así: Francia tratará de anexionarse Guipúzcoa pero no lo logrará. Al final, nos encontraremos con el mismo mapa geopolítico que antes de la guerra y se le dará una parte de la isla de Santo Domingo a Francia. Está claro que la posición de Francia con respecto a los vascos será contradictoria en varios momentos, síntoma de la falta de cohesión entre los miembros de la Convención.
En lo que respecta a las consecuencias de la guerra, el historiador Xose Estévez enumera algunos de ellos. En el aspecto económico, las tierras vascas se ven afectadas y varios municipios tienen que vender tierras para hacer frente a las deudas. Con la privatización de las tierras los impuestos también subirán y con ello el enfado de las clases populares. En el aspecto social en esta guerra también se dejarán ver las diferencias entre los propios vascos. Por un lado la burguesía liberal que ve con buenos ojos las nuevas ideas que vienen y por otro lado la nobleza, contraria al absolutismo de los Borbones y favorable a los fueros. Aun y todo, las dos partes defenderán las instituciones forales. España, vista la resistencia habida durante la guerra, dirá en adelante que los fueros son un obstáculo para el desarrollo económico.
Según varios historiadores, en las provincias de Hegoalde encontramos ya el germen del conflicto que se vivirá en las Guerras Carlistas. En todo caso, el desarrollo de la Revolución Francesa y de manera especial el impacto que la Guerra de la Convención tuvo en Euskal Herria, realzó y agudizó el conflicto existente entre las instituciones forales vascas y las Cortes Españolas y truncó definitivamente las esperanzas de una reforma en pro del reconocimiento de la realidad vasca en Iparralde.