En 1789 los representantes de las tres provincias de Iparralde veían con buenos ojos las reformas que ofrecía la Revolución, sobre todo las reformas fiscales y judiciales. A pesar de ello, no estaban de acuerdo con el cariz, que ya entonces estaba tomando la Revolución. Muestra de ello es el poco éxito que tuvo el reclutamiento para la guerra, los casos de deserción y las posiciones a favor de España. Además de ello la guerra suponía un gran esfuerzo para la población, demandándoles muchas veces provisiones que no tenían ni para ellos, creando hambrunas en la población.
En el sur de Euskal Herria el distanciamiento con respecto a la España absolutista era cada vez mayor, pues estaba en duda el respeto a los fueros. En las provincias vascas las ideas que traía consigo la Revolución Francesa eran vistas con buenos ojos en los entornos burgueses e ilustrados, y eran difundidas mediante asociaciones como la Sociedad Vascongada de Amigos del País. España veía en ello un peligro para su régimen.
Por parte francesa, el 30 de abril de 1793 se crea la armada de los Pirineos Occidentales. En sus inicios tuvo 8000 soldados, en su final eran cerca de 70.000 sus miembros. Por parte española, Carlos IV puso a 22000 soldados bajo las órdenes del general Ventura Caro. A estos hay que sumar la legión real dirigida por el Marqués de Saint Simón, los 4.000 mozos puestos por las instituciones forales a las órdenes del Marqués de Narros y los 16.000 puestos por Navarra.
Los núcleos militares se sitúan por un lado de la frontera en Hendaya, San Juan de Luz, Senpere, Sara, Urruña, San Juan Pie de Puerto y los valles de la montaña y por el otro lado en San Marcial, Vera, Baztan y Luzaide. La población civil de estos lugares se encontrará en medio de la guerra. En un primer momento España tomará la iniciativa y ocupará Hendaya y Sara. El ejército español todavía conserva su fuerza de la época del imperio colonial, aunque esta esté en las últimas. Rápidamente, en junio, la iniciativa pasa al lado francés que bajo las ordenes del general Moncey en el verano de 1794 se adentra en los valles del Baztan y de Oiartzun. En Agosto toma San Sebastián, que no opone ninguna resistencia, y en 1795 llega hasta el valle del Ebro.
El 22 de Julio de 1795, España y Francia firman la paz de Basilea que demuestra la superioridad francesa. España recupera los territorios vascos y catalanes y Francia recibe una parte de Santo Domingo.