El Tratado de Bayona creó además un organismo permanente encargado de asegurar el respeto de las reglas establecidas en el tratado: la Comisión de los Pirineos. Esta comisión, con sede en Bayona, está compuesta de dos ministros plenipotenciarios respectivamente presidentes de la Delegación francesa y' de la española, los ministros de Finanzas de los dos países delegan en dos directores de aduanas; el subprefecto de Bayona y el cónsul de España son miembros de derecho así como el lugarteniente de navío al mando del barco vigía francés y el comandante del vigía español en el Bidasoa. Dos secretarios de embajada ejercen funciones de secretario del Consejo. Las funciones de la Comisión Internacional de los Pirineos constituyen el objetivo de las disposiciones adicionales al tratado de limites de 1856 con fecha del 11 de julio de 1868 (De Clercq, Tomo X, p. 121). La Comisión tiene poder para llevar a cabo transacciones que ejerce sobre todo en los puntos siguientes: Cuestiones aduaneras; Pesquerías de salmón, ostras, sardinas; Curso del Bidasoa; Puntos estratégicos; Propiedades cortadas por la frontera; Facerías, etc. Los acuerdos de la Comisión de los Pirineos son ordenanzas cuyos "considerandos" están constituidos por los textos de los tratados y los convenios franco-españoles. Estos considerandos pueden estar justificados [Ver la ordenanza relativa a la pesca en el Bidasoa y la Bahía de Higuer del 23 de diciembre de 1944 (J. D. 2 de octubre de 1942). "Dado... etc... en interés de la salud pública"]. La ordenanza del 23 de diciembre de 1941 está firmada por los comandantes de la estación marítima francesa y española y refrendada por los presidentes respectivos de las dos delegaciones. La Comisión de los Pirineos parece ser una especie de organismo arbitral mixto, órgano de jurisdicción superior superpuesto a las entidades jurídicas que siguen siendo los valles en cuestiones relativas a la frontera. La frontera pirenaica ofrece un conjunto excepcional. Si se sigue el orden fijado por la naturaleza yendo del mar a las cimas de los Pirineos, la demarcación aparece como un desafío al trazado racional que resultaría de la aplicación del principio de la línea de división de las aguas. El límite sigue un trayecto caprichoso. Desde su origen a la desembocadura del Bidasoa, la bahía de Higuer constituye un condominio de explotación. El mismo río es el tipo perfecto de curso de agua internacional, objeto desde hace siglos de una minuciosa reglamentación. Este río baña uno de los raros condominios que el derecho internacional reconoce: la Isla de los Faisanes. Desde el momento que la frontera deja el río para seguir por la montaña el trayecto de la misma por las antiguas provincias de Laburdi y de la Baja Navarra, es muy caprichoso.En todo caso, sigue un recorrido fijado por la tradición fuera de las líneas tipo; por otra parte, escribe M. de la Pradelle, "al aplicarlas estrictamente, las líneas tipo resultan irracionales y rechazables por su rigidez". La frontera de Laburdi ofrece un interesante estudio como tipo de frontera inmutable, y limita además el valle del Baztán cuyos curiosos enclaves deben su existencia en parte a las facerías que cubren la frontera. A la quietud de esta parte de la frontera se opone la zona del "País Quinto Real" muy discutida y que contradice la noción moderna de frontera, puesto que aquí se escalonan tres límites que engloban sucesivamente zonas de status diferentes. El derecho canónico viene a señalar en dos lugares, sobre todo en Ondarolle, la incidencia que provoca en el derecho internacional la superposición de los límites políticos y de los religiosos. La alta montaña contempla la aparición de las facerías perpetuas de Cize y Aezkoa, Ronkal y Baretous, más vivas aún que las facerías locales. A estos fenómenos se añaden extrañas servidumbres, el camino internacional de Berdaritz que corta el valle de los Aldudes, el tributo pagado cada año por el valle bearnés de Baretous a su vecino navarro de Ronkal, los "feriales" de la alta montaña impropiamente llamados "caminos neutros", mientras que en otros puntos, tribunales seculares constituyendo las Juntas pastoriles agrupan todavía a sus jurados, fijan las penas y reglamentan con los guardias "carnaleurs", la policía de los territorios de facerías sometidos a su jurisdicción (La Piedra de San Martín). La noción misma de soberanía vuelve a resentirse de la imprecisión del antiguo derecho por la existencia de territorios (El País Quinto Real) donde el "dominio eminente" y el "dominio útil" coexisten.Condominio, territorios arrendados, territorios de facerías, ríos internacionales, comunidades montañesas, facerías, diócesis superpuestas unas a otras, todo lo cual, como vemos, constituye un conjunto harto extraordinario. Se puede intentar clasificar estos fenómenos distinguiendo: 1.° Los fenómenos jurídicos de orden general que son comunes a todos los puntos de la frontera como las facerías locales y las perpetuas. 2 ° Los fenómenos jurídicos particulares que no existen más que en algunos puntos de la frontera netamente definidos y delimitados. A) Los unos encuentran su equivalente en el derecho internacional: a) el condominio de la Isla de la Conferencia, b) el condominio de explotación de la Bahía de Higuer.B) Los otros son excepcionales en el derecho internacional: a) País de Quinto Real: dominio eminente (soberanía) en España, dominio útil (uso, explotación) en Francia, prolongación del antiguo derecho en el derecho internacional moderno. El reparto de competencias se efectúa según ciertas modalidades que son el objeto de tratados extremadamente antiguos pero que siguen en vigor. El análisis de estos fenómenos jurídicos no puede hacerse sin apoyo de la historia. b) Ondarolle: interpretación del derecho canónico y del derecho público. c) Piedra de San Martín: carácter sui generis de la facería. Con un órgano arbitral mixto la "Junta" para la jurisdicción de las zonas de pastos: facerías consagradas por un tributo que implica la supervivencia simbólica de vasallaje legalmente constatado por una sentencia incorporada al Tratado de Bayona.