El 19 de enero de 1479 falleció Juan II en Barcelona. Se abría para Leonor una nueva etapa, después de una larga lugartenencia de unos quince años de duración. En su condición de reina, tenía que afrontar una situación política interna muy delicada, al seguir el reino desgarrado en dos facciones irreconciliables. En el plano internacional la situación no era mejor, debido a que en buena medida se hallaba separada de los condados y vizcondados de su marido, y a merced de la voluntad de su hermanastro, convertido en rey de Castilla y Aragón.
En su condición de reina, además de ser la soberana de Navarra, se intituló con todos los títulos que consideraba propios, existentes en Castilla y Aragón, si bien no poseyó un control efectivo sobre la mayor parte de ellos. Su reinado fue el más breve de los existentes en Navarra, ya que siendo jurada como reina por las Cortes Generales del reino, el día 28 de enero de 1479, murió unos pocos días después, concretamente, el 12 de febrero.