Tras la conquista llegó el momento de la colonización, y una de las bases de la colonización fue la inmigración desde Europa. Durante el siglo XVI la emigración vasca a América se dirigió casi exclusivamente a la América española. La corona castellana implementó un reglamento estricto, con el deseo de controlar la corriente de nuevos pobladores hacia territorio americano, en base a razones económicas, religiosas y políticas. De este modo, todo aquel que quisiera trasladarse a América debía obtener un permiso, que hasta 1546 concedía la Casa de Contratación de Sevilla, y desde esa fecha el propio Consejo de Indias. La centralización de todas las relaciones marítimas entre Castilla y América, mediante el sistema de puerto único (todos los vascos que salían o venían de América debían pasar obligatoriamente por Sevilla), facilitó enormemente el control. Gracias a estas licencias de embarque, que se conservan en el Archivo General de Indias de Sevilla, se pueden conocer las líneas principales de la evolución de la emigración española -y dentro de ella, la vasca- hacia América.
Sin embargo, no hemos de olvidar que la emigración clandestina fue muy importante. En el caso de los vascos, una cédula real de 1582 otorgaba prioridad a los "vizcaínos" (recordemos que por aquella época era el apelativo con el que se designaba a todos los vascos) en la navegación Indias. Esto les otorgaba aún mayores facilidades a los vascos que querían ir a América sin haber obtenido la preceptiva licencia, dado que los marineros vascos podían desembarcar en cualquier de los puertos americanos a los que arribaran sin cortapisas. Sumando emigración legal e ilegal, Peter Boyd-Bowman calculó que unos 200.000 europeos habrían pasado a América a lo largo del siglo XVI; o 240.000 en cálculos de Magnus Mörner. De ellos los vascos representaban un pequeño porcentaje, apenas un 3'8% de todo el conjunto de la emigración. Es decir, que aproximadamente unos 9.500 vascos habrían cruzado el océano durante dicho periodo.
Esta corriente migratoria, además, tenía dos rasgos principales. El perfil más habitual del emigrante vasco era el de un varón soltero y joven. De hecho, a lo largo de la primera mitad del siglo XVI casi no hubo emigración femenina, y a partir de mediados del siglo las mujeres apenas supusieron un cuarto del total de los emigrantes. Como señalaba Jordi Nadal Oller, una fuente datada en 1640 afirmaba, respecto de la población de Vizcaya, que "de cuatro partes de los habitantes de Vizcaya, tres son mujeres, porque muchos hombres se han ido y no regresan".