La Comunidad Foral de Navarra ha organizado sus instituciones de autogobierno de acuerdo con el modelo previsto en el artículo 152.1 de la Constitución y, por tanto, en términos idénticos a los de las demás comunidades autónomas, vinieran o no obligadas por aquel precepto constitucional. En efecto, la Ley Orgánica 13/1982, de 10 de agosto, de reintegración y amejoramiento del régimen foral de Navarra (denominación singular otorgada al Estatuto de Autonomía para la Comunidad Foral de Navarra) configura tres instituciones: el Parlamento o Cortes de Navarra, el Gobierno de Navarra o Diputación Foral, y el Presidente del Gobierno de Navarra o Diputación Foral (art. 10 LORAFNA).
El Amejoramiento contiene numerosas expresiones y conceptos que pretenden significar la continuidad del régimen foral (la propia denominación estatutaria y la de la comunidad política, los derechos originarios e históricos, la referencia al contrafuero, etc.). En la misma línea consagra una doble denominación con respecto a las instituciones de autogobierno: Parlamento o Cortes de Navarra, Gobierno de Navarra o Diputación Foral. Mientras la denominación "Gobierno de Navarra" designa la institución gubernamental característica del sistema parlamentario moderno, la denominación "Diputación Foral" evoca la institución representativa singular que existió en Navarra en el marco del régimen económico y administrativo especial de carácter local que sucedió a la pérdida de la condición de Reino y a la definitiva inclusión de Navarra en la unidad constitucional del Estado. Desde los puntos de vista institucional, organizativo y democrático, el Gobierno y el Parlamento de Navarra no tienen mucho que ver con las instituciones históricas de la Diputación Foral y de las Cortes de Navarra. A lo largo del texto del Amejoramiento la denominación "Diputación Foral" es la más usada: no en vano la institución de la Diputación Foral preexistía como corporación local a la Constitución. La legislación posterior, en cambio, ha tendido a utilizar la denominación "Gobierno de Navarra".
Como otros estatutos de autonomía, el Amejoramiento no define con precisión los contornos o las funciones del órgano gubernamental navarro, sino que remite a una posterior ley foral la regulación de su composición, atribuciones, régimen jurídico y funcionamiento, así como el estatuto de sus miembros (art. 25 LORAFNA). En cuanto ley expresamente prevista en el Amejoramiento, la aprobación de dicha ley foral requiere mayoría absoluta en el Parlamento de Navarra (art. 20.2 LORAFNA).
La primera regulación del Gobierno de Navarra se estableció mediante la Ley Foral 23/1983, de 11 de abril, reguladora del Gobierno y de la Administración de la Comunidad Foral. Esa regulación fue sustituida por la Ley Foral 14/2004, de 3 de diciembre, del Gobierno de Navarra y de su Presidente (LFGN). Esta Ley optó por separar nítidamente la regulación del Gobierno de Navarra, por una parte (Ley Foral 14/2004), y la regulación de la Administración de la Comunidad, por otra (Ley Foral 15/2004). Además de las cuestiones previstas en el art. 25 del Amejoramiento, la Ley Foral 14/2004 ha regulado también otras cuestiones de interés como la facultad del Presidente de disolver el Parlamento, la situación del Gobierno en funciones, así como los procedimientos de elaboración de disposiciones de carácter general, tanto de rango legal como de rango reglamentario, a través de los cuales se realizan dos de las funciones típicas del órgano ejecutivo máximo, la iniciativa legislativa y la potestad reglamentaria.
El Gobierno de Navarra es, en suma, un órgano estatutario esencial de la Comunidad Foral de Navarra que se inserta dentro de un sistema parlamentario de gobierno, en el cual, por tanto, el poder político más relevante es el Parlamento de Navarra, único que representa al pueblo navarro (art. 11 LORAFNA). El art. 2 de la Ley Foral 14/2004 establece la siguiente caracterización del Gobierno de Navarra: "El Gobierno de Navarra es el órgano colegiado que, bajo la autoridad y dirección de su Presidente, establece la política general y dirige la Administración de la Comunidad Foral de Navarra. Asimismo, ejerce la iniciativa legislativa, la función ejecutiva, la potestad reglamentaria, y demás funciones que tenga legalmente atribuidas, de conformidad con la Constitución Española, la Ley Orgánica 13/1982, de 10 de agosto, de Reintegración y Amejoramiento del Régimen Foral de Navarra y la presente Ley Foral."