La Universidad cuenta con varios campus, ubicados en diferentes ciudades como Pamplona (Facultad de Arquitectura, Derecho, Derecho Canónico, Ciencias Comunicación, Eclesiástica de Filosofía, Económicas y Empresariales, Enfermería, Farmacia, Filosofía y Letras, Medicina y Teología), Donostia-San Sebastián (Escuela Superior de Ingenieros de San Sebastián, TECNUN, y el Instituto Superior de Secretariado y Administración, ISSA), Madrid (IESE) y Barcelona (IESE).