El 17 de octubre de 1952 nace la Universidad de Navarra con el acto académico que inaugura la Escuela de Derecho. En 1954 Ismael Sánchez Bella es nombrado Rector.
En 1955 nace la Facultad de Filosofía y Letras y en 1958 el IESE de Barcelona abre su primer programa. Ese mismo año inicia su actividad el Instituto de Periodismo y un año más tarde nace la Asociación de Amigos de la Universidad, con el fin de colaborar con el sostenimiento del centro académico.
En 1960 se pone en marcha el Instituto de Artes Liberales y toma el cargo de Rector José Mª Albareda, secretario General del CSIC.
Durante el año 1961 se añade un nuevo edificio a los ya existentes. Se trata de la primera fase de la Clínica Universitaria. También inicia su andadura el Instituto de Idiomas y comienza en San Sebastián la Escuela Superior de Ingenieros Industriales, en un edificio cedido por la Diputación de Gipuzkoa situado en la calle Urdaneta.
En 1962 el Estado reconoce efectos civiles a los estudios realizados en la Universidad de Navarra, equiparándolos a los de los centros estatales.
En 1963 comienzan las clases en el edificio central y un año más tarde el IESE lanza su programa máster y comienza sus actividades el Instituto de Ciencias de la Educación (ICE) que será reconocido oficialmente en 1970.
En 1966 toma posesión como rector de la Universidad de Navarra Francisco Ponz Piedrafita y se pone en marcha el Instituto de Lengua y Cultura Españolas.
En 1967 la Asociación de Amigos celebra en Pamplona una multitudinaria Asamblea General, en 1969 el Instituto de Teología se convierte en Facultad y en 1971 el Instituto de Periodismo es elevado a Facultad de Ciencias de la Información.
El 26 de junio de 1975 fallece en Roma el Fundador de la Universidad. Un año más tarde se inaugura el edificio de Humanidades, que será la sede definitiva de las Facultades de Teología y Derecho Canónico.
En 1979 el profesor Alfonso Nieto toma posesión como rector de la Universidad y dos años más tarde nace el Instituto de Ciencias para la Familia.
En 1982 nace en San Sebastián el Centro de Estudios e Investigaciones Técnicas de Gipuzkoa (CEIT) y en 1986 se crean el Instituto Científico y Tecnológico, el Instituto Empresa y Humanismo y el Centro de Tecnología Informática. Dos años más tarde comienza a funcionar el Centro de Investigación en Farmacobiología Aplicada (CIFA).
En 1991 el profesor Alejandro Llano toma posesión como rector y un año más tarde nacen los Institutos de Derechos Humanos y de Historia de la Iglesia. Así pues, ese mismo año el Papa Juan Pablo II beatifica al Fundador de la Universidad.
En 1993 nace la Alumni Navarrenses (Agrupación de Graduados de la Universidad). En 1994 se crea el programa PIUNA (Plan de Investigación de la Universidad de Navarra) y la Clínica Universitaria es elegida por médicos de toda España como la Institución Sanitaria de la Década.
Durante el curso 96-97 el CIFA es el primer centro universitario europeo que obtiene la certificación oficial de 'Buenas prácticas de laboratorio' y se ponen en marcha el Centro de Estudios Europeos y el Centro de Documentación y Estudios Josemaría Escrivá de Balaguer. Así mismo, toma posesión como rector José Mª Bastero.
En 1998 nacen los Institutos de Antropología y Ética, y de Ciencias Religiosas, y comienza a funcionar la Oficina de Salidas Profesionales.
En el año 2002, se coloca la primera piedra del Centro de Investigación Médica Aplicada (CIMA), se celebra la canonización de Josemaría Escrivá de Balaguer y la Universidad de Navarra celebra su 50 aniversario.