El 12 de diciembre de 1940, liderados por el sacerdote Santos Beguiristain, se reunieron en el local diocesano de Acción Católica de Pamplona en la calle Zapatería los representantes de los centros parroquiales de San Saturnino, San Nicolás, San Agustín, San Lorenzo y San Francisco Javier y acordaron, entre otras cosas, formar un equipo de fútbol cuyo nombre sería el de Club Deportivo Oberena. El atuendo elegido para el equipo fue camisa blanca con la insignia verde de Acción Católica en el pecho y pantalón negro. Semanas después crean las secciones de Fútbol, Pelota, Alpinismo, Atletismo, Ciclismo y Natación y acuerdan organizar una Peña para las fiestas de San Fermín, realizando su primera salida el día 7 de julio de 1941. El Grupo de Danzas debutó en agosto del mismo año.
El 26 de enero de 1943, el entonces obispo de la diócesis de Pamplona, Marcelino Olaechea, nombra consiliario de Oberena a Luis Navarro. Para cubrir la necesidad de disponer de instalaciones deportivas y local social en 1944 se crea un "Patronato Pro Estadio Oberena" y su labor culmina en diciembre de ese año con la firma de las escrituras de la compra de los terrenos. Al año siguiente, coincidiendo con el Domingo de Pentecostés, se coloca la primera piedra de las instalaciones que se estrenaron el último domingo de octubre de 1946 con un partido de fútbol frente al Azkoyen de Peralta. En marzo de 1947, Marcelino Olaechea, que había apoyado desde el principio la idea de Oberena, es destinado a Valencia y sustituido por D. Enrique Delgado Gómez.
La entidad adquirió configuración jurídica en 1952 como Institución escolar-deportiva dependiente del arzobispado.
El 7 de agosto de 1954 comienza a funcionar la primera de las piscinas. Para entonces, Oberena se había hecho cargo del Frontón Labrit de Pamplona donde estableció sus oficinas y las dependencias de las secciones. El 28 de Agosto de 1955 se inaugura la segunda piscina. Ese mismo año se consigue en fútbol el primer ascenso a 3ª División.
El 6 de septiembre de 1964 se inaugura el nuevo campo de fútbol con la presencia de Osasuna y las gradas y tribunas llenas de aficionados. A finales de 1965 tiene lugar la celebración de las Bodas de Plata, con días dedicados a cada una de las secciones existentes (fútbol, peña, ajedrez, balonmano, danzas, pelota, natación, montaña, hockey y baloncesto).
En 1968 se construye la piscina mediana (también desaparecida) y se elimina el seto que separaba las piscinas masculina y femenina. En estos años, el resto de Sociedades Deportivas de Pamplona experimentan un gran desarrollo que no es seguido por Oberena por dos grandes problemas; su total dependencia del Arzobispado y el proyecto del Plan Sur de la ciudad que afecta a su expansión.
El 22 de noviembre de 1977, con motivo de la inauguración de la Casa del Deporte, Oberena es reconocido como el mejor Club Polideportivo de Navarra.
En febrero de 1980 se redacta un proyecto de Ideario para el futuro Oberena. El 25 de octubre se acuerda trasladar las oficinas del frontón Labrit a las instalaciones del estadio. En noviembre de 1982 se recibe la comunicación de que el Arzobispo, José Mª Cirarda, aprueba el Ideario y manifiesta que apoyará la cesión temporal de los terrenos. Por fin, el 15 de octubre de 1983 el Arzobispo reconoce eclesiásticamente a Oberena como Sociedad independiente, aprobando los Estatutos presentados y cediendo los terrenos por un plazo de 50 años prorrogables mediante el pago de un canon anual de 100 pesetas. Días más tarde, el 21 de noviembre, el Delegado del Gobierno comunica que ha sido inscrito "Oberena" en los Registros Públicos de Asociaciones y visados sus Estatutos.
El 16 de marzo de 1984 se convoca una Asamblea General Extraordinaria en la que se ratifican los Estatutos, con el compromiso de modificar algunos artículos en un plazo de seis meses. También tienen lugar las primeras elecciones a Junta Directiva, resultando vencedora la candidatura encabezada por Tomás Caballero Pastor. El edificio social y las pistas de tenis se inauguran en septiembre de 1986. Al año siguiente Oberena deja el Frontón Labrit e inicia una nueva etapa marcada por la construcción de distintas instalaciones: trinquete, pista polideportiva y pistas de tenis cubiertas. En 1989 se celebran las primeras elecciones a Junta Directiva y Compromisarios en las que todos los socios mayores de edad pueden ejercer su derecho de voto. De nuevo, es nombrado presidente Tomás Caballero.
En las elecciones de 1994 sale elegido presidente José Cruz De Miguel. En 1995 el equipo femenino de balonmano se proclama Campeón de España de 1ª División y consigue el ascenso a la División de Honor. Joaquín Pérez-Seoane Garrido sucede a De Miguel en la presidencia. El 22 de Enero de 2006 se inaugura la última de las obras proyectadas: un nuevo frontón cubierto, con capacidad para 200 espectadores.
La proyección deportiva de la actividad de Oberena ha sido muy destacada en todas sus secciones. A modo de ejemplo, el equipo de fútbol ha sido la cantera de casi un centenar de jugadores de Osasuna, una veintena en otros equipos de Primera División y doce internacionales.