Arquitectónicamente, el monasterio sigue la disposición en "T" del tipo cisterciense de Citeaux y Fontenay, y de las filiales españolas de Santas Creus y Valbuena.
La iglesia, cisterciense de estilo puro, de la escuela hispano-languedocina, fue construida en el último cuarto del siglo XII y primero del XIII; se inició en 1164, terminándose la cabecera en 1198, año de la consagración. Tiene tres naves, más grande la central, con seis tramos rectangulares cada una; transepto de cinco tramos, el central cuadrado, los restantes rectangulares y cinco capillas absidiales, las del medio con tramo rectangular y cabecera semicircular y las restantes cuadradas. La capilla central tiene cinco ventanales abocinados de medio punto y se cubre con bóveda de medio cañón apuntado con arcos fajones; las capillas laterales tienen un ventanal y se cubren con bóveda de crucería. Las naves están separadas por arcos apuntados sobre pilares cruciformes, con semicolumnas pareadas en tres de sus frentes y casi enteras en los codillos. Sobre los arcos se abren ventanas abocinadas; arco de medio punto en el lado del Evangelio y dobles, triples y cuádruples en el de la Epístola. El templo se cubre con bóveda de crucería entre arcos fajones apuntados y nervados de sección pentagonal, excepto en el crucero que son trilobulares y en el tramo anterior a la nave, bilobulados.
Los capiteles se decoran, dentro de la austeridad cisterciense, con follaje estilizado y bolas, con excepciones figurativas. La fábrica de sillería exterior tiene contrafuertes coronados por cornisa sobre modillones lisos, que se repite en las capillas absidiales laterales. Sobre el crucero, cimborrio-campanario octogonal de arcos algo apuntados y cubierta piramidal; sobre uno de los extremos del brazo del crucero, un torreón cilíndrico con saeteras y techumbre cónica.
La fachada central presenta portada gótica de hacia 1300. La puerta abocinada presenta doce arquivoltas semi-apuntadas, el interior decorado con flores y el exterior con puntas de diamante descansando sobre columnas acodilladas. Las columnas tienen un capitel corrido de hojarasca esquemática. El tímpano presenta en la parte superior un Crismón superpuesto de un "Agnus Dei" y a su vez, por Pantocrator con Tetramorfos, Virgen y Niño, bajo un arquillo trilobulado. La portada está rematada por una cornisa que descansa en canecillos, con diferentes figuraciones decorativas de factura tosca; sobre la cornisa se abre un óculo de 1536 que sustituye al rosetón cisterciense primitivo. El coronamiento de la fachada es obra de Juan de Irún, de hacia 1639-40. Torre cúbica de estilo herreriano. Destacan en los muros exteriores signos lapidarios parecidos a los de los monasterios de Fitero y Veruela.
La Sacristía nueva es manierista, del siglo XVII, siendo del siglo XVIII la decoración de la bóveda.
El claustro gótico es de los siglos XIV-XV, que aprovecha los muros perimetrales del antiguo claustro del siglo XII. Se comenzó bajo el abadiazgo de Lope de Gallur terminándose las obras bajo el de Pedro de Eraso. Es de planta cuadrada irregular, con seis arquerías, entre contrafuertes, por crujía. Las arcadas más antiguas (sur y este) tienen tres finos maineles sobre los que montan dos arcos apuntados, geminados a su vez en dobles arcos trilobulados en cuadrifolios. El resto de las arquerías, aunque de diversas épocas (las más modernas son flamígeras) siguen un mismo esquema. Los capiteles de maineles y pilares, diferentes, reflejan las evoluciones estilísticas de las épocas constructivas. En la crujía este y primer tramo de la sur -más antiguas- aparecen pámpanos y uvas de estilo naturalista, relacionables con los motivos vegetales del claustro de la catedral de Pamplona. El resto de la arquería sur cuenta con capiteles más toscos. Las galerías claustrales se cubren con bóvedas de crucería de nervatura curva con claves decoradas en su mayoría. Apoyan las cubiertas en los pilares de las arquerías por un lado y en los muros perimetrales por otro, a través de ménsulas de variada decoración. Es notable la decoración de las ménsulas, más ricas las más primitivas.
La sala capitular se halla junto al flanco oriental del claustro, es de fábrica cisterciense pura del siglo XII, o comienzos del siguiente, estilísticamente vinculada a la de Scala-Dei. Es de planta rectangular dividida en tres naves; tiene en el centro cuatro columnas con capitel de follaje estilizado sobre el que montan cimacios, arrancando de éstos tres triples tramos de bóveda de crucería con nervatura curva. La comunicación con el claustro se realiza por medio de cinco arquillos de medio punto, moldurados, simple el central y dobles los laterales. Al fondo de la sala capitular se abre una hornacina entre pilastras con frontón triangular de principios del siglo XVII.
En el flanco oriental del claustro se halla el locutorio con bóveda de medio cañón y un pasadizo, que por puerta lateral comunica con la biblioteca o "sala de novicios", coetánea de la sala capitular. Tiene planta rectangular y dos columnas centrales con capiteles decorados con piñas y hojarascas, palmas y "Agnus Dei", rematados por cimacios; las bóvedas son de crucería apuntada.
La sacristía antigua es una dependencia de planta rectangular con bóveda de medio cañón de mediados del siglo XII. Contiguo al muro norte del claustro se halla el refectorio románico, semi-derruido; junto a él, la cocina, de planta rectangular, dividida en varios tramos de bóveda de crucería apuntada que apea en ménsulas jónicas invertidas.
Completa el conjunto monasterial la capilla de San Jesucristo. Se trata de una pequeña iglesia de estilo cisterciense (siglo XII), la primera que se usó para el culto, aislada de las construcciones subsistentes y ubicada al este. Tiene un tramo cubierto por bóveda de medio cañón con arco fajón, apoyado en columnas pareadas de capitel decorado por follaje estilizado, igual que la sala capitular y cabecera semicircular cubierta por un cuarto de esfera con cuatro nervios planos que apean en columnas. Su estructura sirvió de modelo para la cabecera de la iglesia abacial.
El palacio abacial es obra de 1565, reformado más tarde por Antonio de Resa, abad, en 1780. Consta de dos cuerpos, el primero de piedra y el segundo de ladrillo, articulados por pilastras que encuadran arcadas ciegas que albergan unos óculos. Remata el conjunto un ático de ladrillo con ventanas.