Entre 1904 y 1915, la corriente de los nacionalistas burgueses -en especial los sotistas- va ganando influencia dentro del Partido, lo que lleva incluso a la depuración de los sabinianos expulsión de Luis de Arana-Goiri y los primitivos nacionalistas en 1915-, remarcándose la opción autonomista. En las elecciones municipales de noviembre de 1905, los nacionalistas vieron confirmada su implantación en Bilbao, obteniendo seis puestos sobre doce. El 8 de mayo de 1906 aparece el semanario "Aberri", dirigido por Santiago de Meabe que cuenta con el respaldo de Zabala. Este periódico trataba de frenar la influencia de "Euskalduna", el órgano sotista.
El 8 de diciembre de 1906, se produce una Asamblea en el Centro Vasco de Bilbao en la que Angel de Zabala es sustituido al frente del partido por una diputación de cinco miembros. Se aprueba un nuevo programa en cuya elaboración participan dos de los principales teóricos del partido en los años siguientes: Engracio de Aranzadi "Kiskitza" y Luis de Eleizalde. Los sotistas, encabezados por Eduardo de Landeta, se enfrentan a esta decisión. El 8 de junio de 1908 la candidatura oficial, respaldada por "Aberri" resultó derrotada, eligiéndose un consejo presidido por Ramón de la Sota y Llano. A continuación se produjo la protesta de los "sabinianos" y la renuncia de los "sotistas", con elección de otro consejo, éste por aclamación, con Luis de Arana Goiri como presidente.
El equilibrio ideológico se había restablecido con formulaciones de "Kiskitza", que volvía a la indeterminación de Sabino de Arana sobre el significado del regreso a "la situación anterior a 1839", pero con no menos clara determinación contra el regionalismo. El período 1908-1911 es fundamental en la historia del Partido. Durante el mismo se establecen las bases para el asentamiento de la organización nacionalista, que se perpetuará hasta nuestros días. El 18 de octubre de 1908, la Asamblea General reunida en Elgoibar aprueba la organización y manifiesto de EAJ-PNV. Esta Asamblea fue precedida de la elección de los consejeros regionales guipuzcoanos y vizcaínos. El 20 de abril de 1908, cuarenta juntas municipales guipuzcoanas elegían en Zumarraga el "Gipuzko Buru Batzar".
Por su parte, treinta y siete juntas vizcaínas elegían en Begoña el "Bizkai Buru Batzar". El 3 de diciembre de 1911, se celebra una nueva Asamblea General del Partido. Dos semanas más tarde, se eligen los Consejos regionales del País Vasco-peninsular: Araba Buro Batzar, Bizkai Buru Batzar, Gipuzko Buru Batzar y Napar Buru Batzar, federados en un organismo central, el Euzkadi Buru Batzar. En esa fecha, pues, se concreta la organización definitiva del Partido Nacionalista Vasco. En 1911, los nacionalistas son fuertes en la Diputación de Vizcaya y en algunos municipios.
Continúan con sus labores de proselitismo mediante una acción de masas centrada en los aspectos culturales. Grandes concentraciones folklóricas se celebran ese año en Gernika, Durango, Zamudio, Balmaseda y Amorebieta. Al iniciarse en 1914 la guerra europea, la mayoría del PNV con su órgano "Euzkadi", es aliadófila colocándose en el campo "progresista" dentro de las opciones que se hicieron en el Estado español. Una minoría germanófila desapareció prontamente. En 1918, los nacionalistas envían a Madrid, por primera vez, diputados y senadores propios. Continúan aceptando la legalidad vigente, pero con una política propia.
KSS