Organista interino de la Iglesia de Santa María del Juncal de Irún y de la Iglesia de San Miguel de Cuzcurrita (La Rioja) a finales del siglo XVIII.
Durante el extenso mandato de Miguel de Balzola como organista de la Iglesia de Santa María del Juncal de Irún (1780-1817), éste se ausentó de su puesto desde abril de 1796. Ante la amenaza del Ayuntamiento de Irún de perder su puesto si no regresaba, el propio Balzola propició que Juan José de Boneta le sustituyera a partir de junio de 1796 al frente de la organistía hasta que regresara a Irún. Esta iniciativa no cuenta sin embargo con el respaldo del consistorio irunés, pues Balzola lo "verifica desconociendo su obligación y faltando a ella, valiéndose de medios impropios" (Archivo Municipal de Irún: Acta de 12-6-1796, vol. 41, fol. 122v). Posteriormente el Alcalde de Irún afirmó que el ocho de junio de 1796 se presentó Boneta en su casa por la noche para comunicarle que al día siguiente abandonaría sus funciones como organista en Irún para tomar posesión del mismo cargo en la Iglesia de San Miguel de la villa riojana de Cuzcurrita, proponiéndole como sustituto a un músico ciego, alternativa que no convence en absoluto al regidor, llegándose a la conclusión de que "se halla desairada de nuevo la universidad de parte de don Miguel de Balzola, acreditándose más el abandono con que tiene su obligación y los efectos impropios con que se maneja" (Archivo Municipal de Irún, Acta de 12-6-1796, vol. 41, fol. 122v-123r). Finalmente, Balzola regresó a Irún retomando sus funciones como organista el 27 de junio de 1796.
Juan José de Boneta falleció en Orio el 16 de abril de 1840, según consta en el Archivo Histórico Diocesano de San Sebastián (Fondo San Nicolás de Bari en Orio, Defunciones: 1824-1874, fol. 46v).
- ANSORENA, José Luis; BAGÜÉS, Jon. "Guipúzcoa". CASARES, Emilio (dir.). Diccionario de la Música Española e Hispanoamericana. Madrid: SGAE, 2000, vol. 6, pp. 76-85.
- CAPDEPÓN, Paulino. La música en Irún en el siglo XIX: la capilla de música de la Iglesia de Santa María del Juncal. Irún: Ayuntamiento y Eresbil, 2011.
- GABARAIN, María Teresa. "Evolución política de los valles del Bajo Bidasoa y del Oiartzun (1808-1840)". Revista Bilduma. 1999, nº 13, pp. 7-160.
- MÚGICA, Serapio. Monografía histórica de la villa de Irún, Vda. de B. Valverde, Irún 1903 (edición facsímil: Irún: Ayuntamiento, 1993).
- MÚGICA, Serapio. "Irún". Geografía de Guipúzcoa, Barcelona: Alberto Martin, ca. 1915.
- PUCHE MARTINEZ, Aitor G. Irún, veinte siglos de historia, Irún: Ayuntamiento, 2000.
- RODRÍGUEZ SUSO, Carmen. "La figura del organista en el País Vasco". Revista de Musicología. 1985, vol. VIII-1, pp. 57-76.
- URANZU, Luis de. Un pueblo en la frontera, Irún: Luis de Uranzu Kultur Taldea, 2003.
- URANZU, Luis de. Diccionario del Bidasoa, Irún: Luis de Uranzu Kultur Taldea, 2003.
- URANZU, Luis de. Lo que el rio vio. Biografía del río Bidasoa, Irún: Luis de Uranzu Kultur Taldea, 2003.
- URRUTIKOETXEA, José. En una mesa y compañía: caserío y familia campesina en la crisis de la "sociedad tradicional". Irún, 1766-1845, San Sebastián: Facultad de Filosofía y Letras de la Universidad de Deusto, 1992.
- VIRTO, Rosa María. "Irún en el siglo XIX. Transformaciones profundas del ámbito local". Boletín de estudios del Bidasoa. 1996, nº 13, 1996, pp. 333-348.