Originariamente, Baiona se ha llamado Lapurdum, Lapurdo y más tarde cité de Laburdi -ciudad de ladrones?, ciudad de los bardulos?-.
"In provincia Novempopulana tribunus cohortis Novempopulanae, Lapurdo" (Noticia de las dignidades del Imperio a fines del reinado de Honorio entre 375 y 420). "Civitatis Baionae antiquum propriumque nomen erat Lapurdum, in quo Tribunum cohortis Novempopulanae stationem habuisse docet Notitia Imperii"
(Marca hisp. Lib. I, cap. 14).
El abad Beatus (siglo VIII) le da el nombre de Labu en el mapa conservado en la Bibl. de Berna. La "Notice des Provinces" la llama Lapurdo; San Gregorio de Tours, Lapurdum. En los últimos años del siglo XI, Baiona sustituye a Lapurdum, con el que debió designarse sólo a la ciudad romana. Respecto a este nuevo nombre, Gavel cita dos hipótesis etimológicas:
a) Aumentativo gascón del latín o romance baia "bahía" atribuible a la gran masa de agua que formaba la confluencia del Nive y el Adur.
b) Del euskera ibai "río" y ona "bueno", río bueno.
En documento de hacia 1098 aparece ya como Portus Baionensis; la carta del capítulo de Baiona, en 1106, Sancta Maria Baionensis; aparece como civitas de Baiona, hacia 1140; Baione, a comienzos del siglo XIII (carta de Baiona fos. 5, 7 y 30); Baiona, en 1248; Bayone, en 1253 (Carta de la Cámara de Comptos). No se ha hecho la indicación de otra posible etimología, de ibai "río" y une "lugar de". Durante la Revolución recibió el nombre de "Port de la Montagne". También fueron puestos nuevos nombres a sus barrios: "Quartier de la Raison", "Quartier de la Republique", "Quartier de la Liberté", "Quartier de Champs-de-Mars" y el "Quartier Le Pelletier".