Durante el transcurso de estos meses de 1943 ha captado perfectamente el clima de desconfianza, que predomina en muchas personas civiles y religiosas, con las que tiene tratar. También ha captado que el ambiente musical no favorece la promoción, investigación y organización de actos de naturaleza vasca. Él se encuentra incómodo. Pero ha conocido que el Ministerio de Educación Nacional había creado el Instituto Español de Musicología que se fijaría en Barcelona. Habían encomendado su funcionamiento a Higinio Anglés, muy amigo de Aita Donostia. El 7 de febrero de 1944 viajó a Barcelona. Visitó el convento de Nuestra Señora de Pompeya, su posible residencia inmediata. Saludó al P. Provincial de Cataluña y le expuso su deseo de incardinarse en Barcelona.
Habló con Higinio Anglés para conocer el tipo de trabajo que él pudiera realizar.
Regresó a Lecaroz el día 16. Continuó aquí recibiendo visitas, compuso varias nuevas partituras y trató de dejar todos sus asuntos en el mejor orden posible.
Al fin el día 26 de abril, fiesta de la Patrona del Colegio de Lecaroz, hizo por etapas su viaje a Barcelona. Llegó el 1 de mayo, instalándose en Ntra. Sra. de Pompeya, Diagonal, 450. Por la tarde fue a ver a Higinio Anglés y saludó a Marius Schneider, musicólogo alemán. Tras la entrevista con ellos, quedó fijada la fecha para iniciar sus trabajos en el Instituto: finales del próximo mes de junio. Se le encomendó la confección de un fichero folklórico, vaciando todos los Cancioneros regionales publicados o inéditos. Tiene desde ahora un esquema de trabajo, que le seduce y se siente arropado por un amplio grupo de viejas y nuevas amistades, que le apoyan en todo cuanto expone.
Él continuó su actividad de compositor, atendiendo a las múltiples peticiones de entidades y personas de Barcelona o de los benedictinos de Urt-Belloc. En este tiempo termina su Itinerarium mysticum para órgano, la Missa pro defunctis y su posterior orquestación y el Tríptico franciscano.
El 17 de marzo de 1952 se trasladó de Barcelona a Lecaroz para celebrar sus Bodas de Oro de Profesión religiosa con sus compañeros supervivientes, P. José Miguel de Aldaz y Ambrosio de Echarren.
El 13 de enero de 1953 desde una silla cayó al suelo y rompió su muñeca derecha. Dejó de tocar el órgano hasta mayo de 1954.