1936an gerra lehertu zenean, Donostiatik ihes egin zuen eta bere etxea kontrola galdutako patruilen mehatxupean zegoen. Gauzak horrela, 14.000 liburu baino gehiagoz hornitutako liburutegia -aurreko urtean Gasteizko Euskal Liburuaren Erakusketan jendaurrean erakutsi zena- suntsitzeko zorian izan zen.
EIk Manuel de Irujo arriskuaz ohartarazi eta hura Gipuzkoako Foru Aldundiko Idazkariarekin jarri zen harremanetan, Leizaolarekin. Hala, Leizaolak Mikelete multzo bat eta konfiantzazko hainbat pertsona bidali zituen, eta konfiskazioa aitzakia modura jarrita, liburuak bildu eta handik atera ahal izan zituen, Gipuzkoako Foru Aldundiarentzat "lehen mailako balio historikoa" zutela argudiatuta (1936ko abuztuak 2).