Tras el alzamiento fascista, UGT se vuelca en la resistencia contra los sublevados. Concretamente, son 10 los batallones de gudaris ugetistas y socialistas que participan en la defensa de las instituciones republicanas y vascas (Urquijo, 2004).
Sin embargo, a la derrota de las fuerzas democráticas le sigue la durísima represión franquista, que hace languidecer al potente movimiento obrero, obligando a su dirección a continuar su limitada actividad en el exilio. Ambas cuestiones explican la limitada presencia de UGT a lo largo de la dictadura franquista, así como su papel secundario en la reorganización del movimiento obrero que acontece en la década de los 60 y que permite la eclosión de unas CCOO que en la transición se vislumbran como la central sindical más potente, también en tierras vascas (Ysas, 2008; Garmendia, 1996) .
En cualquiera de los casos, la fortaleza del movimiento obrero en Euskadi, así como el alto nivel de movilización que despunta en la década de los 60, refleja una relevancia de la central ugetista en nuestra tierra que contrasta con su debilidad a nivel estatal. Un elemento indicativo de esta fortaleza es el papel que el sindicalista vasco Nicolas Redondo pasa a jugar en esta central a partir del XI Congreso de 1971. En cualquiera de los casos, y a pesar de ello, las variables recién citadas tienen sus efectos también en Euskadi, de forma que aunque tanto UGT como ELA mantienen durante la dictadura y la transición una digna actividad, la movilización obrera se articula fundamentalmente en torno a asambleas unitarias y espontáneas de trabajadores que prefiguran lo que en poco tiempo se convertirá en el sindicato más fuertemente implantado durante la transición en Euskadi sur: Comisiones Obreras.
Uno de los elementos explicativos de esta pérdida de influencia de UGT se encuentra en la decisión que esta central asume de no participar e incluso boicotear las elecciones sindicales patrocinadas por el Régimen, oponiéndose al planteamiento de las Comisiones Obreras, que practican el "entrismo" con el objetivo de desgastar al Régimen y obtener una representación cuasi-legal que acompañan del activismo clandestino. Al contrario, desde la perspectiva de UGT, la participación en las estructuras sindicales del franquismo y la utilización de la negociación colectiva en el marco del sindicalismo vertical legitimaba los instrumentos utilizados por la patronal en contra de los intereses obreros, amén de segmentar las reivindicaciones laborales, ajustándolas a marcos de empresa, dejando de lado el caracter unitario de las luchas. En última instancia, como resume Redero, para UGT, "el entrismo no sería más que un inaceptable colaboracionismo con estructuras antidemocráticas y represivas" (Redero, 1992: 138).
Junto a este elemento, frente al sindicalismo de CCOO que nace de arriba a abajo, y que, en consecuencia, se haya fuertemente imbricado en la realidad de los trabajadores, la citada reclusión de la dirección de la UGT en el limita su margen de maniobra. Razón por la cual, desde 1971 se apuesta por reforzar la estructura del interior, a pesar de las reticencias iniciales de los sindicalistas vascos, que por su experiencia conocían las consecuencias nefastas de la represión franquista.
Durante la larga noche franquista, y a pesar de las dificultades organizativas y represivas, UGT, junto con otras formaciones como el PNV, trata de mantener la presión sindical. Así, en 1947 esta central llama a la huelga en Euskadi, de la mano de la Junta de Resistencia. Efectivamente, el 1º de mayo de 1947 unos 20.000 trabajadores de 400 empresas secundan esta convocatorio que se salda con un éxito rotundo. Sin embargo, las consecuencias represivas son brutales, concretadas en el despido de cientos de trabajadores, muchos de los cuales nunca más volverán a sus puestos.
Durante la transición, esta central, a pesar de mantener en el discurso las posiciones previas en las que se apostaba por la ruptura, finalmente asume el modelo de reforma (Redero, 2008) que se certifica con la aprobación de una Constitución que es entusiastamente apoyada por la UGT (al igual que el Estatuto de Autonomía). Esta estrategia posibilista se acompaña en lo sindical de una apuesta pactista que tenía como objetivo modificar unas relaciones de fuerza que situaban a este sindicato como segunda fuerza, por detrás de las CCOO. Así, UGT firma los Pactos de la Moncloa, lo que supone el abandono definitivo de los planteamientos radicales previos, y se aceptaban políticas de ajuste a cambio de compromisos para la puesta en marcha de medidas propias de un Estado de Bienestar. En esta línea, una efimera unidad de acción entre UGT y CCOO que surge a finales de los 70, se rompe pronto como consecuencia de la firma por parte de la UGT del Acuerdo Básico Interconfederal, lo que inaugura una nueva estrategia de acuerdos bilaterales y trilaterales entre UGT, CEOE y el gobierno que buscan limitar la centralidad de CCOO. Las elecciones sindicales de 1980 y 1982, finalmente, refrendan esta estrategia, lo que se acompaña de un incremento de su afiliación. Sin embargo, la estrategia pactista de UGT es fuertemente contestada en el País Vasco, como refleja la huelga general convocada para diciembre de 1979 por CCOO, ELA y LAB, y que movilizó a medio millón de trabajadores, paralizando totalmente la actividad económica (UGT, 2003)..
Ni qué decir tiene que el ascenso socialista en 1982 al gobierno de España tiene efectos claramente legitimadores para la UGT. En cualquiera de los casos, las políticas de austeridad del gobierno socialista dan paso a un malestar que finalmente se concreta en el claro divorcio entre esta central y el partido hermano que se visualiza en la huelga de diciembre de 1988 (UGT, 2003, Redero, 2008). Esta huelga, que paraliza la actividad económica en Euskadi Sur, precede al divorcio entre la central sindical ugetista y el PSE, que poco después asume responsabilidades en el Gobierno Vasco. A juicio de la UGT de Euskadi, la estrategia del PSE legitima de las posiciones de ELA al romper el marco central de negociación colectiva (UGT, 2003).