La segunda Guerra Mundial. En 1940 es ocupada la sede por los alemanes que instalan en ella un Hogar del Soldado dejando parte del Garaje con destino al deporte de la Sociedad. Organiza una sección de rugby que en fusión con el equipo de "Cote Basque 13" crea el equipo llamado "Nautique XIII". En 1941 se celebra la eliminatoria Nautique-Aviron que gana el primero. En 1942 se fusiona con la Association Sportive Côte Basque, con lo que se convierte en un gran club polideportivo: 1.200 miembros y numerosas secciones: remo, natación, boxeo, rugby, esgrima, baloncesto, balonmano, ciclismo, lucha, pelota, atletismo, su sección femenina presidida por Mme Delay, esposa del futuro alcalde de Bayonne.