Gaur egungo museoa fraide domingotarren komentu izandako XVI. mendearen erdialdeko eraikinean dago Urgull mendiaren magalean. Karlos I.a enperadorearen Estatu-idazkari Alonso de Idiáquez jaunaren diru laguntzari esker eraiki zen eta domingotarrek San Telmori eskaintzea erabaki zuten, marinelen zaindariari. Eraikuntza lanak 1544ean hasi eta 1562an amaitu ziren.
1813an Espainiako Independentzia Gerran zehar Donostia lapurtua eta suntsitua izan zen, komentuak kalte larriak jasan zituen eta 1821ean artileriako kuartel bihurtu zuten eraikineko zati bat. 1836an, Mendizabalen Desamortizazioaren ondorioz, ordena erlijiosoak eraikinarekin zuen lotura eten egin zen eta kuartel militar bihurtu. XIX.mendearen amaieran, San Telmo eraikina oso hondatua zegoenez herritarrek Udalari zerbait egin zezan eskatu zioten. Hori dela eta, 1913an dorrea eta klaustroa Monumentu Nazional izendatu zituzten (gaur oraindik Estatuarenak dira zati horiek). 1928an, Udalak San Telmoren gainerako zatiak erostea erabaki eta Udal Museoa inauguratu zuen 1932an.
Museoa 1900. urtean sortu zen, Sociedad Económica Vascongada de Amigos del País sozietateak proposatuta, XIX. mendearen amaieran Donostian arrakasta handiko zenbait erakusketa eginaz. Museoak hasieran aurrekontu oso txikia zuen eta ezinezkoa zen balio handiko erosketak egitea; beraz, José Machimbarrena alkateak deialdi bat egin zien donostiarrei eta herritarrak ekarpenak egiten hasi ziren. Horrela lortutako lehen objektu horiekin eman zitzaion hasiera Museoari.
1902ko urrian Museo Historiko, Artistiko eta Arkeologikoa inauguratu zuten. Museoaren lehenengo egoitza Andia eta Garibai kaleen elkargunean zegoen. Pixkanaka, museoa sendotzen joan zen erosketa berriei eta partikularren ekarpenei esker. Berehala, lokala txiki geratu eta 1905ean Udala Arte eta Lanbide Eskola, Udal Liburutegia eta Museoa batera jartzeko eraikin bat altxatzen hasi zen Urdaneta kalean, Domingo Aguirrebengoa arkitektoaren diseinuari jarraiki, 1911n inauguratu zena.
1932an, museoaren etengabeko handitzea zela eta berriz ere lekurik gabe geratu eta museoa beste leku batera aldatzea aztertzen hasi ziren: San Telmoko komentu domingotarrera. Inauguraziorako José María Sert margolariari elizako hormak estaltzeko eskatu zitzaion. Horretarako, 17 mihise egin zituen Parisen, Gipuzkoaren bizitza eta historia modu heroikoan kontatzen duten hamaika eszena azalduz: gipuzkoarrak, haien balentriak eta sinesmenak.
Azken eraberritze lanen ostean Museoaren antolaketan bi zati bereizten dira: San Telmo jatorrizko eraikina eta pabilioi berria, elkarrekiko konexio puntualak dituztela.
Lehena, XVI. mendean eraikitako komentua izanik, prozesu baten emaitza da, estilo Gotiko eta berpizkunde estiloen arteko trantsizioan dago, arkitektura "isabelinoa" esaten zaion estiloa sortuz. Izan ere, bere egitura gotikoa izan arren, altxaeran berpizkundeko elementu batzuk baititu. Antzinako komentuaren berezitasunetako bat klaustroaren kokalekuan datza: ohikoena elizaren alboan kokatzea da, baina kasu honetan mendiaren hurbiltasunagatik mendi magalean altxatu zen.
San Telmoren pabiloi berria berriz, Nieto eta Sobejano arkitektoek diseinatu dute. Hiriaren paisaiarekin eta Urgull mendiarekin bat egiten du eta lehen begiratuan, landare elementuak dituen aluminiozko horma berri bat ikus daiteke, barruan bi pabilioi berri ezkutatzen dituena. Pabilioi horietan erakusketa iraunkorra eta aldi baterako erakusketak eta museoak eskaintzen dituen gainontzeko zerbitzuak daude.
Museoak 26.000 piezatik gora ditu batez ere etnografia eta arte ederretako gaiak jarratuz (bereziki, euskal margolaritza garaikidea) eta inguru honetan euskal gizarteari eskainitako gune bat duen museo bakarra da. Beste kategoriak: argazkilaritza, arkeologia eta historia.
Eraikin berriaren elementu bereizgarrietako bat fatxada da, eraikin osoa estaltzen duen aluminiozko fatxada zulatua. Arkitekto taldearen eta Leopoldo Ferrán eta Agustina Otero artisten arteko lankidetzak eraikinari ingurunearen antzeko itxura eman nahi izan dio. Panel zulatuetan landareak ipini dira, artistek proposamena egiteko inspirazio iturri izan duten Urgull mendiko hareharri higatuetan bezala nabarmen dadin.
Pabilioi berriaren bitartez, ikusleak museora Zuloaga plazatik sartzen dira. Harrera-gunea bi solairuko atari zabala da, bertatik espazio publiko guztietara sartzeko aukera eskainiz. Bisitariak pabilioi berria edo eraikin historikoa ikusteko aukera du, eta solairu ezberdinetako gune publikoak (ekitaldi-aretoa, liburutegia, kafetegia, hezkuntza-tailerra, laborategi-aretoa) ezagutzeko.
Erakusketa aretoak pabilioi berriko bi mailatan banatzen dira. Beheko solairuan, 9 m-ko zabalera eta 6m-ko altuera duen 500 m²-ko azalerako luzetarako galeria batean, neurri handiko piezak dituzten erakusketak kokatzen dira. Lehen solairuko aretoak altuera txikiagoa du eta erakusketa iraunkorraren zati bat dago bertan.
Bulego eremua elizaren nabearekin paralelo dagoen pabilioiaren goiko solairuko azkeneko pisuan dago. Argi naturala jasotzen du patio txiki batzuen bitartez, baita zuzeneko kanpoko fatxada bitartez ere.
Ekitaldi aretoa 140 lagunentzako tokia du eta beheko solairuan kokatuta, modu independentean erabil daiteke atari ondoan baitago.
Liburutegia tarte-solairuan dago atariaren altuera bikoitzeko espazioaren ondoan eta beheko solairuan dagoen kafetegiarekin lotura bisuala du beirate bati esker. Azken hau modu independentean erabil daiteke.
Hezkuntza Tailera eta Laborategi Aretoa liburutegi gainean dago eta erabilera anitzei erantzuteko prestatuta, hala nola, taldeekin jarduerak ala tailerrak garatzeko. Laborategia berriz honen parean dagoen areto handi eta irekia da, ekimen berritzaileak malgutasunez hartzeko gai dena.