Donostia, 1180. urtean fundatu zen politika eta erlijio arloko garrantzi estrategikoko gunea zen. 1516an Fray Martín de los Santos fraide domingotarra iritsi zen, eta etxeak erosi zituen ordenaren monasterio bat eraikitzeko hiriko jendeak mailegatutako diruarekin. Baina fundazioa gelditu egin zen.
Geroago, Alonso de Idiáquez jauna, Karlos I.aren idazkaria izan zena, eta Gracia de Olazabal ezkondu, Donostian finkatu eta behin betiko bultzada eman zioten komentuaren eraikuntzari. Izan ere, Alonso de Idiáquez jaunak kontratuaren bidez patronatu eskubidea hartu baitzuen finantziazioaren truke.
San Telmoren lehen diseinua 1542. urtekoa da -lehen planoak Martín de Santiagoarenak dira-. Lanak denboran atzeratzeko arriskua zekarrelako jatorrizko diseinua sinplifikatu zen, elementu apaingarriak kenduz eta altueraren bat murriztuz, beti ere eraikinaren handitasuna txikitu gabe. Alonso de Idiáquez jaunaren heriotzaren ondoren (1547), Graciak proiektuarekin jarraitu zuen 1570. urtera arte. 1574ko urrian hil zen Gracia Olazabal.
Obrak oraindik ez zeuden amaituta. Bere seme Juan de Idiáquez jaunak sustatzaile lana hartu eta beste proiektu bat sortu zuen, familiaren panteoia garaiko elite artistikoan kokatuz. Estatuko Kontseiluaren idazkari eta erregearen konfiantzazko gizonak gorteko estetika imitatu nahi izan zuen, San Telmoko kapera nagusiaren eraldaketa egitea aginduz. Eraldaketa harrigarria izan zen, Panteoia bihurtu baitzen, Felipe II.ak bere aita Karlos I.ari El Escorial jauregian egin zion moduan.
XVII.mendearen erdialdean, komentua eta patronoa urruntzen joan ziren, betebehar ekonomiko handia baitzuen, eta une hori ekonomikoki zaila zen patronoentzat. Bestalde, fraideek beren posizioa indartu zuten, Donostiako gizonezko erlijio-komunitate garrantzitsuena izanik, merkatari berriek eta burgesiak limosna handiak ematen zituzten komentu barruan eta elizan lurperatuak izateko.
Monjeek ezin izan zituzten ordaindu eraikinaren mantentze gastuak eta 1813ko sutearen ondoren, armadari alokatu zioten komentuaren zati bat, artilleria-kuartel gisa erabil zezaten. 1836an, Mendizabalen desamortizazioaren ondorioz, komentua Estatuaren eskuetara igaro eta monjeak behin betiko bidali zituzten, eraikin osoa kuartel gisa erabiliz.
1913an dorrea eta klaustroa Monumentu Nazional izendatu zituzten (gaur egun oraindik Estatuarenak dira bi zati horiek). 1928an, Udalak San Telmoren gainerako zatiak erostea erabaki zuen eta Francisco de Urcola arkitektoak, Juan Alda arkitektoa eta Ignacio Zuloaga pintorearen laguntzarekin eraikina erreabilitatu zuten. Udal Museoa 1932. urtean inauguratu zen.
Oinplano laukizuzeneko eraikin multzoa hiru zati oso ezberdinek osatzen dute: elizak eta klaustroak, Fray Martín Santiagoren planoen arabera eginak, eta komentuak, Francisco Urcolaren planoen arabera berregina.
Fatxada nagusi berria, gaur egun ikusten dena, Berpizkunde berriko estiloan egin zen eta Salamankako San Esteban komentua zuen aurrekari gertuen. Egitura horizontala du, alboetan garaiera txikiko bi dorre dituela, eta hiru maila ditu, azkena atiko moduan. Sarrerako atea, lehen solairutan, erdi-puntuko arkuak osatzen du alboetara bi zutabe korintiar dituela, podiumaren gainean eta fatxadan gora egiten duen taulamendu luze batekin. Fatxadari amaiera emanez armarria dago. Bi aldeetara, leiho handi lauki zuzenak daude, eskartzar arkuek inguratuak. Bigarren solairuan errepikatu egiten da klaustroan maila horretan ageri den hutsarteen egitura, baina erdialdean balkoi lauki zuzen bat du honek, frontoi batek burutua. Teilatupean hutsarte dinteldunak ageri dira, eta horien artean lauki zuzen soilak, erliebean, paramentua apainduz.
San Telmoko Berpizkundeko osagairik interesgarriena da eta ohiko tokian eraiki beharrean, hots, elizaren alde batean, elizaren behealdean eraiki behar izan zuten, Urgull mendiak ez baitzuen lekurik uzten. Arrazoi berak eraginda, klaustroa trapezio itxurakoa da, karratua izan beharrean. Behe solairuan, albo banatan, sei leiho handi ditu, patio aldera irtendako kontrahormen artean. Erdiko zutabeen gainean, arkuen artean, leihotxo txiki biribilak daude, gurutzearen formarekin estalita zati batean. Hori guztia gurutze-gangez estalia dago, nerbioekin trazeria loredunak sortuta. Gangen gurutzadurak oso landuak daude, tertzeleteez, bihurgune eta aurreko egiturez eta giltzarri nagusiaren inguruko zirkulu handiez horniturik. Goi solairua Berpizkundeko galeria tipiko bat da, arku kopuru bikoitzekoa eta kasetoiz apainduriko zurezko sabaia duena.
Elizak gurutze latindarreko oina du, gurutzadura lauki zuzena da presbiterio inguruan eta izar tankerako gurutzadura gangez dago estalia, tertzeleteekin eta lotune makotuekin. Hormak harlangaitzezkoak dira, eta zutabe, arku eta gangen nerbioetan harlandua erabili zen. Bi sarrera ditu: nagusia eta klaustrora portale batetik iristen dena. Sarrera nagusia puntu erdikoa da eta haren janbari atxikirik bi zutabe korintiar daude, arkitrabe, friso eta erlaitzari eusten diotenak; honen gainean, eta frontoi baten azpian, San Telmoren harrizko estatua ageri da.
Mundu errenazentistak antzezpenen antzoki handiaren antza zuen, non familia bakoitzak gizarte estatusa etengabe nabarmenduko zuen. Hori dela eta fundatzaileen tribunaren eraikuntza. Kapera handiari atxikitako oinplano zirkularreko gela bat da, harlandu isodomo on batekin egina. Kupula erromatar batekin estalia, errosetadun zirkulu zentrokideko kasetoiekin; horrek planta zentraleko gela errenazentista paregabea bihurtzen du. Hain zuzen ere leku horretatik ikus zitzaketen elizkizunak leiho angeluzuzen batzuen bitartez, posizio pribilegiatu batetik.