A pesar de que durante la Guerra Civil una buena parte de la flota fue requisada y utilizada para crear la llamada Marina Auxiliar de Euzkadi, tanto en la flota de altura como en la de bajura, las pérdidas no fueron elevadas. Tras la misma, el contexto económico y político cambió radicalmente. Por un lado, una de los problemas con los que se encontró la Dictadura de Franco fue el de alimentar a la población, y aquí el pescado, en todas sus variantes, pasó a convertirse en un importante protagonista. La necesidad imperiosa de incrementar el abastecimiento, pero también la de reactivar la actividad industrial, en especial la de los astilleros y la siderometalúrgica, estaban detrás del cambio de actitud de la administración con respecto a la industria pesquera. Si hasta 1936 la intervención estatal en el sector había sido prácticamente nula, a partir de 1939 va a desempeñar un papel determinante no sólo en el desarrollo general del sector pesquero sino en las mismas características que éste iba a tomar.
El crecimiento de la flota pesquera fue espectacular y vino favorecido por la ayuda estatal en forma de créditos blandos, lo que se tradujo en un incremento paralelo de los desembarcos. Los años que van desde el final de la Guerra Civil hasta mediados de los años setenta pueden bautizarse como los de la edad de oro del sector. También es cierto que la afluencia de dinero procedente del Crédito Naval no fue igual en todos los subsectores; la prioridad de la financiación se dirigió a la pesca de altura al fresco y a la de gran altura, que era la protagonizada por los bacaladeros y, a partir de los años sesenta, por los arrastreros y atuneros congeladores. Por lo menos hasta los años sesenta, la bajura prácticamente al margen de la ayuda oficial.
Evolución de los desembarcos (en Tm.) por tipos de pesquería en Gipuzkoa, 1908-2006.
Fuente: López Losa (2008).
A partir de 1945, el parón de la Guerra Mundial en los caladeros permitió la recuperación de los stocks del Golfo de Vizcaya y el Mar Céltico. Entre 1945 y 1947 el crecimiento de los desembarcos de la flota de altura, en particular de merluza, fue espectacular. Sin embargo, éste fue fugaz y, en poco tiempo, las caladas comenzaron a ser más normales, similares a las de los tiempos de preguerra. Pero el número de embarcaciones y su capacidad de pesca estaban creciendo de manera sostenida con lo que los rendimientos por unidad tendieron a ser menores. Fue entonces cuando se produjo el giro hacia Terranova. Así, en 1949, la Pareja llamada Rande-Rodeira fue la que abrió, desde Pasajes, el camino hacia Terranova.
En los años cincuenta y, especialmente en los sesenta, bajo el auspicio del crédito barato que ofrecía la administración, se produjo una profunda renovación de la flota de arrastre. El aumento en la capacidad de pesca se refleja en un incremento constante de los desembarcos de bacalao, que alcanzan su pico hacia finales los sesenta y principios de los setenta para, a partir de entonces, reducirse aceleradamente. Las pesquerías de merluza y especies asociadas en el Atlántico europeo, en cambio, tras recuperarse a principios de los años cincuenta, muestran una relativa estabilidad hasta principios de los años setenta cuando también comienzan a declinar. Son estos años los que anuncian el principio del fin de la edad de oro de la pesca de altura en el País Vasco.
A pesar de que la mayor parte de las ayudas se dirigieron hacia la altura y la gran altura, también acabaron facilitando la renovación de la flota de bajura. Aunque los cambios de tipo técnico durante este período fueron numerosos, su estructura socio-productiva apenas varió. La cofradía siguió constituyendo el eje sobre el que giraba el mundo de las pesquerías de bajura. La pervivencia del sistema de remuneración a la parte o el predominio de pequeña empresa familiar seguirían siendo sus rasgos más característicos, y durante un tiempo, también los más criticados. La idea de un sector tradicional y anticuado en las pesquerías de bajura no tiene mucho fundamento. Primero, porque la adopción de nuevas tecnologías ha sido general a lo largo del siglo, y más en este período; segundo, porque unas formas de explotación enraizadas en la costumbre, en el conocimiento del medio, en su acumulación y su transmisión a lo largo de generaciones ha dado lugar a un modelo de explotación que se corresponde y se identifica con una realidad social concreta.
Si nos centramos en la producción, sus características y su evolución a lo largo de las décadas centrales del siglo, destacarían dos aspectos: la continuidad y la renovación. La estructura de las capturas a mediados de los años sesenta no muestra apenas diferencias con la de los años veinte. El predominio de la anchoa y el bonito era casi absoluto: a la altura de 1967 suponían cerca del 72 por ciento de las capturas y el 82 por ciento del valor en primera venta. El mercado del fresco, creciente durante estas décadas, desempeño su papel, pero fue sobre todo la demanda de una industria salazonera-conservera en expansión la que concentraba la mayor parte de la demanda.
Desde el punto de vista técnico, los sesenta fueron años de profunda renovación. En esta década se incorporaron a las unidades pesqueras sistemas de navegación y detección, y se mecanizaron ciertas actividades costosas como el halado mecánico de la red, lo que permitió utilizar redes de cerco de mayor tamaño. También, desde los años cuarenta, se generaliza el uso de los tanques viveros para la pesca al cebo vivo, y desde finales de los cincuenta y principios de los sesenta, las redes de nylon. En conjunto, todos estos cambios incrementaron notablemente la capacidad pesquera de la flota de bajura.
Uno de los problemas estructurales que afectaba a la flota de bajura vasca era la excesiva concentración de su actividad en dos costeras (la anchoa y el bonito) lo que dejaba parada la flota durante bastantes meses. Para tratar de reducir el tiempo de inactividad, desde los últimos cincuenta, una parte de la flota amplió su geografía habitual de pesca hacia las Azores, llegando incluso hasta las costas del Senegal para continuar pescando túnidos durante el otoño y el invierno. A pesar de que las condiciones en las que se llevaba a cabo la pesquería distaban mucho de ser las apropiadas (las embarcaciones que partían hacia el sur eran las mismas que faenaban en el Cantábrico), su importancia es reseñable puesto que, en la segunda mitad de los años sesenta, el momento culminante de las pesquerías en aguas afrocanarias, éstas supusieron cerca del 25% del producto total del sector de bajura.
El éxito de estas campañas impulsó el nacimiento de una moderna flota de atuneros congeladores, que comenzará también a desarrollarse al calor de la ayuda pública principalmente en el puerto de Bermeo. Durante los sesenta y los primeros setenta, el número de embarcaciones creció rápidamente para pasar de un cerquero congelador en 1963, a contar la matrícula de este puerto con 25 unidades en la segunda mitad de los años sesenta.