1540 urte inguruan Igartua familiak Igartubeiti eraiki zuen bere lurrak zirenetan. Baina ordurako Igartua sendiak urteak zeramatzan lur horietan bizi eta lan egiten. XV. mendearen azken urteetan eta XVI. mendean zehar euskal bailaretako erdi aroko bizileku guztiak beste eraikin berri batzuengatik ordezkatu ziren, gaur egun ezagutzen dugun baserri-eredua jarraitzen zuten eraikinengatik alegia. Era berean, Igartubeitiko biztanleek Erdi Aroko etxea bota eta haren tokian baserri berria altxa zuten. Hau askoz handiagoa zen eta nekazaritza eta abeltzaintzako ustiapena aurrera ateratzeko behar ziren espazio guztiak elkartzen zituen.
Garai zailak igaro ondoren, Igartubeiti baserriak bere historiako momenturik oparoena bizi izan zuen XVII. mendearen bigarren hamarkadan. 1625 urte partean jabe ziren Domingo de Agirre eta Katalina de Kortabarriak etxean aldaketa handiak egin behar izan zituzten. Alde batetik, espazio berriak behar ziren produkzio eskaera berriei aurre egiteko artoa landa-soroetara iritsi ondoren. Bestetik, etxebizitza txikia gelditzen ari zen konfort eskakizun eta bizimodu berrien aurrean. Hori guztia zela eta, jabeek baserria handitu egin zuten itxura guztiz berria emanez.
Arregitarrak 1827. urtera arte egon ziren Igartubeitin. Orduan jabe zen Frantziskak, Juan Ignazio Mendigurenekin ezkondua, baserria bere seme Ignazio Maria Mendigureni utzi zion. Ordutik eta 1993. urtera arte baserria Mendiguren familiaren esku egon zen. XVII. mendeko handiagotzeaz geroztik eta XX. mendeko azken hamarkadara arte igaro ziren ia lau gizaldietan baserria ez zen apenas eraldatu. Salbuespen bezala, ohiko mantentze-lanak eta 1944. urte inguruan sukalde partean eginiko aldaketa batzuk aipatu daitezke.
Gipuzkoako Foru Aldundiak baserria erosi zien Jose Mendiguren eta Frantziska Bereziartuari 1993. urtean, museo bezala eraberritzeko.