Son tres los aeropuertos que prestan servicio en la Comunidad Autónoma Vasca: el de Bilbao, el de Vitoria (Foronda) y el de San Sebastián.
Ver artículo Aeropuertos en Euskal Herria.
Con el surgimiento en España de la aviación comercial en los años veinte pronto se planteó en Bilbao la construcción de un aeropuerto. En 1927 el ayuntamiento de esta villa acordó realizar las gestiones oportunas para realizar un proyecto destinado al establecimiento de un aeródromo y una escuela de mecánicos en Bilbao. Al mismo tiempo se creó una comisión que resolviera la ubicación del mismo en los terrenos que había ofrecido los Ayuntamientos de Sondika, Getxo, Barakaldo, San Julián de Musques y Gernika.
El Real Decreto-Ley de 9 de enero de 1928 declaraba de interés general y de utilidad pública, las líneas comprendidas en el Plan de Comunicaciones Aéreas, entre las que se encontraba la Bilbao-San Sebastián. Por el Real Decreto de 31 de diciembre de 1928 se adjudicó el servicio a una entidad que en enero del año siguiente se constituyó como la Sociedad Concesionaria de Líneas Aéreas Subvencionadas (CLASSA).
El interés de dotar a Bilbao de un aeropuerto crecía y en 1932 se creó la sociedad mercantil Aviación Vizcaína, precursora de la futura sociedad Aviación y Comercio. Su objetivo era la explotación de toda clase de negocios relacionados con la aviación civil, establecimiento de escuelas, viajes de turismo y comerciales, líneas de transporte aéreo y cuantos asuntos se relacionasen directa e indirectamente con estos apartados.
Las gestiones del Ayuntamiento de Bilbao no daban los frutos deseados y transcurridos cuatro años, en 1933, se nombró una Comisión para que realizase las gestiones destinadas a la constitución oficial de una Junta que debía de estudiar el posible establecimiento de un aeródromo municipal en el término de Sondika.
La Junta Central de Aeropuertos emitió un dictamen en enero de 1934 en el que se pronunciaba a favor de los terrenos ofrecidos en los términos de Lamiaco y Sondika. En su opinión eran los únicos lugares que permitían establecer el servicio aéreo en breve tiempo y con los mínimos gastos de preparación del suelo. En 1935 esta Junta trata la posible localización de este aeropuerto, así como las condiciones que reunían algunos de los terrenos ofrecidos y posteriormente seleccionados. De nuevo, se deducían como posibles emplazamientos los de Lamiaco y Sondika, desechando los terrenos de Punta Galea.
La Dirección General de Aeronáutica remitió un escrito en 1936 refiriéndose exclusivamente a los terrenos de Sondika. Al mismo tiempo admitía la posibilidad de considerar el interés general del campo de vuelo a construir en esos terrenos al no poderse garantizar la eficacia de dicho punto para el establecimiento de líneas regulares. La Comisión gestora, que presidía la Diputación de Vizcaya, solicitó el 8 de junio de 1936 al Gobierno la concesión de un campo para vuelos en el terreo de Sondika. La obra tendría la consideración de utilidad pública y los gastos de construcción y habilitación correrían a cargo de esta Corporación.
El 7 de julio de ese año la Dirección General autorizó a la Diputación para que organizase un aeródromo en los terrenos de Sondika, si bien señalaba sus escasas posibilidades para su transformación en aeropuerto. Aún así, la calificación de interés general otorgada a las obras, permite pensar en su posterior conversión en un aeropuerto.
El comienzo de la Guerra Civil truncó este proyecto. En julio de 1938 la Diputación provincial reanudó sus gestiones y en 1939 el presidente de esta corporación procedió a constituir una Junta Administrativa para realizar las gestiones necesarias con el objetivo de poner en marcha el nuevo aeropuerto. Esta Junta llevó a efecto la compra de los terrenos necesarios. En septiembre de 1939 se iniciaron las obras de construcción. Por Orden del Ministerio del Aire del 9 de septiembre de 1948 se permitió la apertura al tráfico aéreo del nuevo aeródromo. Cerrado al tráfico civil en noviembre de ese año, fue abierto definitivamente en octubre del año siguiente. La Sociedad "Aviación y Comercio", constituida en Bilbao en 1948 se hizo cargo del tráfico entre Bilbao y Madrid.
A partir de ese momento se inicia un periodo dedicado a completar el aeropuerto y mejorar su operatividad. En 1956 se solicita la habilitación de nuevas pistas de aterrizaje, balizamiento, señalizaciones e instalación de hangares.
La década de los años sesenta se caracterizó por la expansión de los servicios y la atención a las necesidades que dicha expansión planteaba. El aeropuerto de Sondica se benefició en este periodo de importantes mejoras y ampliaciones, a la vez que adquiere cierta proyección internacional. En 1961 se instalaron luces de aproximación y faros de peligro. En 1964 el MOPU atendió la ampliación de la pista y mejoró el balizamiento del campo. En estos años también se realizaron gestiones para lograr un lugar apropiado donde establecer un aeropuerto internacional.
El MOPU junto a la Diputación y Ayuntamiento de Bilbao subvencionaron en 1966 la garantía solicitada por la compañía Aviaco para establecer una línea directa entre Bilbao y París. En los años siguientes se gestionó el establecimiento de más líneas directas con otras ciudades europeas, como la de Burdeos o la ampliación de ésta hasta Frankfurt.
En 1972 se realiza un programa de reacondicionamiento del Aeropuerto de Sondika. El mismo Ministerio del Aire reconoce las deficiencias estructurales de esta terminal y se plantea la construcción de otro aeropuerto. También se prevé construir en Sondika un edificio de mercancías. El objetivo de todas estas gestiones era el de dotar al aeropuerto de Bilbao de las condiciones necesarias para que pudiese conectarse con el resto de Europa y todas las poblaciones españolas.
Una declaración del Ministro de Transportes en 1978 anunciando que el aeropuerto regional del País Vaco sería el de Foronda hizo saltar las alarmas de las instituciones vizcaínas. Esta decisión se produce en una época de grave crisis económica. El Ministerio del Aire consideraba que el valle de Asúa debía de ser destinado para su utilización urbanística contradiciendo su decisión de seis años antes respecto a la ampliación del aeropuerto de Sondika.
Mientras las obras de Foronda comenzaron con un notable retraso, sobre Sondika recaía la incertidumbre de perder algunas de sus líneas principales. Las instituciones vizcaínas estudiaron diversas opciones a fin de conseguir el desarrollo del área del Nervión dentro de un equilibrio territorial. De este modo, el valle de Asúa no tenía por qué ser la única zona de expansión urbanística de Bilbao.
En 1979 el Ministerio de Fomento anuncia un importante trasvase de vuelos a Foronda. Representantes de la Cámara de Comercio de Bilbao y de colectivos laborales vinculados con la explotación del aeropuerto trasladan sus quejas al Ministerio ante la pérdida de tráfico de Sondika. Esta respuesta a favor de mantener el aeropuerto en plena funcionalidad aunó los esfuerzos de todos los implicados en su explotación y uso. A partir de 1981, según los datos recogidos por la Cámara de Comercio de Bilbao, mejora notablemente la imagen del aeropuerto entre la opinión pública. Al año siguiente desaparece la deficiente concepción por el mal funcionamiento y su escasa operatividad. En este año Sondika recupera la mayor parte de los vuelos que fueron retirados y tanto el número de pasajeros como el grado de utilización de los aviones se encontraba por encima de la media estatal.
A partir de 1986 el aeropuerto de Sondica se consolida. Aun así, se detectaban deficiencias en los servicios, en cuanto a la frecuencia y destino de los vuelos. A pesar de estas carencias, este aeropuerto registró durante 1986 y 1990 un aumento progresivo del número de pasajeros, consolidándose como el aeropuerto regional, cabecera de la zona norte peninsular.
En 1986 se puso en funcionamiento una nueva terminal de carga. Al año siguiente se realizaron obras de mejora de las instalaciones. En 1990 este aeropuerto contaba con dos pistas comunicadas entre sí, un edificio adecuado para el tráfico internacional y una pequeña terminal de carga. Este mismo año Aeropuertos Nacionales consignó 8.000 millones de pesetas para la modernización de Sondika. En 1991 comenzaron las obras que afectarían a la terminal de pasajeros y a la pista, en cuanto al estacionamiento de las aeronaves.
En el Plan Europa 93 se recogía la construcción de un nuevo edificio terminal y la ampliación de las pistas. En mayo de 1999, se puso en servicio la nueva torre de control y el 19 de noviembre de 2000, se inauguró la nueva área terminal en la zona norte.
En 1934 el Ministerio de Comunicaciones autorizó la construcción de un aeropuerto en Salburua. Inaugurado en septiembre de 1935, una vez finalizada la Guerra Civil hubo que esperar hasta julio de 1946 para que se volviera a abrir al tráfico aéreo civil. Sin embargo, seis meses después el Ministerio decide su cierre. En 1948 la Diputación Foral de Álava y el Ayuntamiento de Vitoria cedieron este aeropuerto al Ministerio del Aire. Se volvió a abrir ese año hasta que se volvió a cerrar en 1957. En 1966 se abrió como campo de aviación privado.
En 1972, con el auspicio de la Diputación Foral de Álava, se aprueba la construcción del nuevo aeropuerto. En 1976 la subsecretaría de Aviación Civil aprobó la primera fase del aeropuerto y en 1978 se abordó la construcción de la torre de control y de los accesos. El 30 de enero se abrió al tráfico nacional e internacional de pasajeros y un mes después la Diputación Foral trasfirió la titularidad al Ministerio de Transportes.
En 1981, al ampliarse la habilitación aduanera el aeropuerto pasa a ser el centro distribuidor de mercancías de la zona norte peninsular. Para fomentar esta actividad se constituye en 1994 la sociedad VIA, formada por AENA, el Ayuntamiento de Vitoria, la Cámara de Comercio e Industria de Álava, la Diputación Foral y el Gobierno Vasco.
Este aeropuerto cuenta con una variada y completa infraestructura que le permite atender el tráfico de mercancías y de pasajeros. Empresas especializadas en transporte internacional tienen también aquí sus edificios y terminales de tráfico.
El Aeropuerto de San Sebastián se encuentra enclavado en el término de Hondarribia. La proximidad de los aeropuertos de Bilbao y de Vitoria y los limitados servicios que ofrece reducen notablemente su operatividad. Este aeropuerto se inauguró en 1955.
En 1961 se finalizaron los trabajos para prolongar la pista. En los años 1964 y 1965 se construyó la torre de control y se amplió el parking de aviones. Dos años después se dio comienzo a la construcción de la terminal de pasajeros que se puso en funcionamiento en 1968. Al año siguiente se realizaron nuevos trabajos para ampliar la pista.
Las continuas peticiones por parte de las instituciones guipuzcoanas para dotar de mejores infraestructuras, entre ellas, una nueva ampliación de la pista, fueron desoídas cuanto en el 2006 el Ministerio de Fomento rechazó esta propuesta. A pesar de ello, en el 2009 se presentó un nuevo proyecto de ampliación y con ello surgió la oposición de diversas asociaciones. Entre estos, el Partido Verde ha propuesto la inhabilitación de este aeropuerto.