Bilbao surgió como un pequeño puerto en la Ría que lleva su nombre. En la carta fundacional de esta villa ya se le otorgaba la plena jurisdicción sobre la Ría. El puerto de Bilbao era el elemento motor de la economía de esta villa, punto de intercambio entre la meseta castellana con los mercados de Inglaterra, Francia y Flandes. Todas aquellas instituciones que se han encargado de la gestión portuaria han abogado y acometido las reformas necesarias para el buen funcionamiento del puerto.
En el siglo XVI preocupaba el problema de la barra de Portugalete y, con ello, la navegabilidad de la Ría. Las obras de mejora tanto del canal como de la barra eran continuas. El movimiento del puerto era considerable. Se calculaba que más de trescientos barcos entraban cada año en la Ría. En 1713 el Consulado de Bilbao estudió un plan de reformas para el puerto y la Ría de Bilbao. Estas obras se realizaron entre 1734 y 1744.
En el último tercio del siglo XIX, Bilbao pasó de ser en una villa para convertirse en un moderno centro financiero y el puerto de Bilbao debía de estar acorde con estos cambios. En 1872 se creó la Junta de Obras del Puerto de Bilbao. Esta entidad llevó a efecto la construcción del Abra y la eliminación de la barra de Portugalete. En 1887 se inauguró el Nuevo Muelle en Portugalete y partir de entonces las entradas y salidas del puerto se normalizaron con un importante abaratamiento de los fletes y un aumento espectacular del movimiento de mercancías.
La labor de la expansión del Puerto continuó con la construcción de las defensas del Abra, cuyas obras finalizaron en 1905. En 1901 se instalaron depósitos comerciales en la zona de Olaveaga y se creó un Depósito Franco.
Con la Guerra Civil las deficiencias estructurales del puerto de Bilbao se agudizaron. En los años cuarenta y cincuenta, la precariedad de medios y de recursos económicos por la que atravesaba la Junta de Obras del Puerto, sin ayudas estatales, afectaron gravemente la actividad y desarrollo del puerto. Al desaparecer el Concierto Económico las corporaciones públicas apenas contaban con recursos. La Cámara de Comercio desarrolló un plan de urgente aplicación en el que se recogía la limpieza del lecho de la Ría, la mejora de los fondeaderos, la completa habilitación de los muelles de Abando y Zorroza, la iniciación del muelle para trasatlánticos y la terminación del puerto pesquero.
Hasta que no llegó la bonanza económica de los años 60 no se pudo hacer frente a las necesitadas obras de mejoras de puerto de Bilbao. En esta década se consolida este puerto como el más importante del norte de España. En 1962 la Junta de Obras del Puerto consideraba, entre varios proyectos, la ampliación del Puerto Exterior, mediante la construcción de muelles en Punta Lucero y Punta Galea. Con la adjudicación de la refinería de San Julián de Musques a Petronor en 1968, esta empresa se compromete a financiar la construcción del dique de Punta Lucero y su inauguración tuvo lugar en 1975.
En 1978 el Puerto de Bilbao recibe el Estatuto de Autonomía Administrativa, con lo que puede realizar proyectos y ejecución de obras de una forma directa. Quedaba pendiente la construcción del dique de Punta Galea y diversas reparaciones que ralentizaban las nuevas necesidades del tráfico marítimo. En 1985 comenzaron las obras de Punta Galea, con lo que se cerraba la construcción del Superpuerto de Bilbao.
En 1990 los planes del Ejecutivo autónomo sólo contemplaban la realización de un dique en Zierbana de cinco kilómetros y otro más pequeño que partiría del rompeolas de Santurce. Con este programa de ampliación del Abra exterior se pretendía obtener unos muelles con un ancho medio europeo y un mayor volumen de superficie terrestre útil. Las obras comenzaron en 1993 y la primera fase finalizó en 1998. Al año siguiente se acometió la segunda fase que finalizó en el 2002 con dos nuevos muelles.
Con la instalación de la central eléctrica de ciclo combinado, de las plantas regasificadoras y de la nueva terminal de transatlánticos en los terrenos anexos al puerto, el tráfico portuario ha seguido creciendo. Nuevas dársenas y muelles junto a la previsión de nuevas construcciones anuncian la buena salud del Puerto de Bilbao.
Al igual que en Bizkaia, el comercio ha sido una de las más antiguas e importantes actividades económicas de Gipuzkoa y su condición como provincia costera ha sido determinante a la hora de estas actividades. Este territorio cuenta con ocho puertos: Hondarribia, Pasajes, San Sebastián, Orio, Getaria, Deba, Zumaia y Mutriku. Aunque a principio del siglo XIX tanto en Deba como en San Sebastián tenía lugar un tráfico comercial, era el puerto de Pasajes el que centralizaba este tipo de transporte. Este puerto era seguro y contaba con una buena situación geográfica además de estar bien comunicado por carretera y por ferrocarril. En 1871 se constituyó una Sociedad de Fomento del Puerto de Pasajes con intervención de la Diputación. Esta sociedad tenía como objetivo iniciar las obras de acondicionamiento y mejora del puerto, además de la explotación de sus instalaciones en régimen de concesión de obras públicas.
En 1884 una nueva sociedad, la Sociedad General del Puerto de Pasajes, sustituyó a la Sociedad de Fomento. Se encargó de continuar las obras comenzadas por su antecesora. Ante los problemas en la gestión de las actividades portuarias las entidades involucradas en su gestión pensaron que el Estado podía hacerse cargo de la explotación de este puerto. En 1917 la polémica se recrudece y el puerto era incapaz de cubrir las necesidades del tráfico. Las organizaciones económicas afectadas expresaron su protesta y pidieron que el Estado se hiciese cargo del puerto y realizase las obras necesarias de modernización. En 1927, después de una complicada negociación, el puerto pasó a manos del Estado, con lo que se dio paso a una nueva etapa de renovación de infraestructuras.
Dentro del uso comercial del puerto de Pasajes confluye la habilitación de terminales de importantes fábricas de automóviles, a lo que se añade que la exportación de productos siderometalúrgicos y la importación de carbón con destino a la próxima central térmica copan una elevada cota de transporte. Además, parte de las infraestructuras de este puerto están destinadas a las actividades pesqueras, si bien, la crisis que afecta a este sector desde la década de los 80 ha reducido ampliamente la flota destinada a estas labores.