Inicialmente sólo se le reconocía la autoría de un libro, España vindicada. Sin embargo a través de diversos testimonios, se puede identificar varias obras escritas por él, a pesar de que su nombre no figura en las portadas. Esta escasa información ha llevado a que incluso autores tan escrupulosos en la comprobación de la información como el profesor Molas, hayan pensado que su hermano Félix tiene una obra escrita más amplia.
La relación de su producción quedaría establecida de la forma siguiente:
- Carta crítica sobre la disertación históricopolíticolegal, que trata de la succesion a la Corona de España. Cádiz: En la oficina de la viuda de Comes, 1811.
- "Casas de corrección para las tres provincias". En: Extractos de las Juntas Generales celebradas por la Real Sociedad Bascongada de los Amigos del País en la villa de Vergara por julio de 1785. Madrid: Antonio Sancha, 1786.
- Compendio histórico de los servicios de la villa de Bilbao en la guerra con la nación francesa publicada por nuestra Corte en el año de 1793. Madrid: Imprenta de la viuda de Ibarra, 1800.
- Discurso que al Consejo de Regencia hizo el Ilmo. Sr. D. Joseph Joaquín Colón, Decano del Supremo Consejo de España e Indias, en nombre de este Tribunal, al tiempo de presentar S.M. la consulta en que reconoce la suprema autoridad de la Regencia, el la real Isla de León a 5 de febrero de 1810. Valencia: Imprenta de Miguel Domingo, 1810.
- Don Josef Colón, decano del Supremo Consejo de España e Indias, con su acuerdo a los fieles patricios residentes de esta noble ciudad. Cádiz: En la oficina de don Nicolás Gómez de Requena, 20 de marzo de 1810.
- España vindicada en sus clases y autoridades de las falsas opiniones que se la atribuien [sic]. Cádiz: Imprenta de Manuel Bosch, 1811.
- España vindicada en sus clases y autoridades de las falsas opiniones que se la atribuyen / la escribió en Cádiz el año de 1811 Don José Joaquín Colón. Segunda edición aumentada con las censuras de las Juntas provincial de Cádiz y la Suprema; y contestación del autor á la primera. Madrid: Imprenta de Repullés, 1814.
- España vindicada en sus clases y autoridades de las falsas opiniones que se la atribuyen / estudio introductorio, edición y notas de Manuel Amador González Fuertes. Madrid: Consejo Superior de Investigaciones Científicas, Doce Calles, 2011.
- Idea de la causa formada por orden de las Cortes a los catorce Ministros del Supremo Consejo de Castilla; y su sentencia, en que se les declara libres de toda culpa y cargo. Cádiz: En la Imprenta de don Josef Niel, hijo, 1812. Otra edición en Madrid: Imprenta Repullés, 1812.
- Tiempos de reforma ilustrada. "Informe sobre los gremios de Valladolid" (1781), de José Colón de Larreátegui / edición y estudio, Lourdes Amigo Vázquez, Máximo García Fernández, Ricardo Hernández García. Valladolid: Ayuntamiento de Valladolid, 2008.
- Noticias de España: inpresas [sic] en Bayona desde el XV junio 1808 / recopiladas por José Joaquín Colón de Larreátegui. Valladolid: Lex Nova, 2008.