José Joaquín Colón de Larreátegui perteneció a una familia estrechamente unida a acontecimientos notables de la Historia de España. Baste mencionar que entre sus antepasados se encuentra Cristóbal Colón.
Su bisabuelo Martín Larreátegui Iturbe (Eibar, Guipúzcoa, 12.05.1597 / Madrid, 6.06.1652), fue fiscal de lo criminal (1.02.1633) y posteriormente oidor de la Chancillería de Valladolid (7.05.1636), alcalde de Casa y Corte (4.05.1645), fiscal del Consejo de Castilla (27.08.1648) y caballero de la Orden de Santiago (1649). Casado con Josefa Gabriela Paz de la Serna y Colón de Toledo y Ortegón, realizaron una modificación de apellidos de forma que quedaron como Colón de Larreátegui y de la Paz, aunque en ocasiones también figuran como Colón de Toledo y Larreátegui.
Tres de sus hijos ocuparon puestos en la alta administración. Diego fue caballero de Santiago, catedrático de la Universidad de Salamanca y alcalde del Crimen de la Chancillería de Valladolid (10.06.1679). Pedro, caballero de Alcántara, (Madrid 24.02.1649 / Madrid 15.05.1719) fue fiscal (8.02.1703) y ministro (10.01.1705) del Consejo de Castilla. Francisco (Madrid 10.05.1646 / Madrid 31.01.1701), caballero de Santiago (1672), fue colegial del Colegio de Santa Cruz (1668), catedrático de Derecho de la Universidad de Valladolid (1678), alcalde de hijosdalgo (1685) y oidor (18.10.1688) de la Chancillería de Valladolid, alcalde de Casa y Corte (12.06.1693), oidor del Consejo de Indias (19.12.1697) y consejero de Castilla (1699-1701). Este último fue abuelo de José Joaquín.
Entre sus hijos sólo ocupó altos cargos en la administración Pedro Colón de Larreátegui y Angulo (Madrid 13.05.1695 / Madrid 14.02.1770). Al igual que otros miembros de su familia ingresó en una orden militar, en su caso la de Alcántara (1728), fiscal (8.03.1742) y consejero (5.09.1748) del Consejo de Castilla, y quien llegó a ser decano del Consejo y de la Cámara de Castilla.
Además de estas relaciones directas, en ramas colaterales de la misma familia encontramos a dos miembros de la familia Henao Colón de Larreátegui; y a Andrés Orbe y Larreátegui (Ermua, Vizcaya, 21.03.1672 / Valencia 4.08.1740) catedrático de derecho de la Universidad de Valladolid, arzobispo de Valencia (1725-1736), que fue gobernador del Consejo entre 1727 y 1733, y tras su cese, Inquisidor General. La carrera de Baltasar, caballero de Alcántara (1728), (Écija, Sevilla, 1675 / Madrid 1750) fue: alcalde de Casa y Corte, fiscal del Consejo de las Órdenes, y fiscal (24.05.1730) y ministro del Consejo de Castilla (10.11.1733); la de Bartolomé (Murcia 1677 / Madrid 1748): presidente de la Chancillería de Granada (1729), ministro del Consejo de Castilla (1734).
Quizá entre los hijos de Pedro es donde el dominio de la administración resulta más evidente, ya que diversos hermanos coinciden en los principales órganos de poder. Mariano (Granada 31.03.1742 / ), caballero de la Real Orden Española de Carlos III, fue oidor de la Chancillería de Granada (8.12.1774), alcalde de Hijosdalgo de la Chancillería de Granada (18.06.1777), alcalde de Casa y Corte (11.10.1778), miembro del Consejo de Castilla y superintendente general de Policía de Madrid (19.01.1787); tras la restauración absolutista de 1814 fue presidente del Consejo de Hacienda (18.08.1814); fue accionista de la Compañía Guipuzcoana de Caracas y del Banco de San Carlos, y miembro de la Real Sociedad Económica Matritense. Tomás fue canónigo de la Catedral de Salamanca. Félix fue secretario de la Junta creada para defender Madrid en 1808, ministro de Tribunal de Guerra y Marina durante la Guerra de la Independencia y posteriormente del Consejo Supremo de Guerra; en 1816 fue ascendido a teniente general. Pedro siguió también la carrera militar y fue caballero de la Orden de San Juan. María Francisca contrajo matrimonio con Pedro Martín Golfín del Águila y Carvajal, conde de Torre-Arias. María Josefa se casó con Manuel de Velasco Sánchez de Arjona, marqués de Río-cavado y caballero de la orden de Santiago. Francisco fue caballero de la orden de San Juan.