Edad Media. Fundada en el siglo XI, se llamó primitivamente Bigur y posteriormente San Esteban de Bayguer (1257) y Vaygurra (1445). Anexionada a la corona navarra por Sancho el Mayor en 1033, desde mediados del siglo XIII perteneció a los vizcondes de Echauz.
Guerra de la Convención. El 22 de junio de 1793, tropas francesas guiadas por los habitantes de Saint Etienne de Baïgorry logran conquistar el puesto enclavado en el monte Ispéguy, mas son prontamente rechazados por los soldados españoles.
Período revolucionario. Recibió durante la Revolución francesa el nombre de Thermopiles.La municipalidad se mostró, al principio, hostil al movimiento revolucionario. Un decreto del 13 de noviembre de 1790 ordenó a los beneficiados eclesiásticos que depositaran la lista de las rentas de sus beneficios. La municipalidad eximió al párroco de dar a conocer en público la indiscreta orden y lo autorizó a que la comunicara en particular a los interesados. Al comienzo de 1791, la administración departamental revocó a Harismendy de sus funciones de alcalde y la situación cambió. El párroco de la localidad, Pierre Casadevant de San Juan de Pie de Puerto, se negó a prestar el juramento constitucional conservando el puesto hasta septiembre de 1792. En 1790, el cantón de Baigorry pasaba a depender del distrito de Saint-Palais y estaba compuesto de las comunas de Anhaux, Ascarat, Irouléguy, Lasse y St-Etienne de Baigorry; la administración se concentró en Baigorry. La nueva municipalidad revolucionaria se dispuso con energía a combatir la ignorancia. Para ello instaló, en diciembre de 1795, dos escuelas, una en la plaza y otra en el barrio de Leispars. El 9 de mayo del año siguiente estableció otras cuatro, para enseñar a leer a los niños; una fue abierta en el antiguo presbiterio, la segunda, en la Fonderie, la tercera, en Anhaux y la cuarta en Ascarat.
Guerras napoleónicas. Durante las guerras napoléonicas, los habitantes de Baïgorry y Bidarray se mostraron hostiles hacia Wellington hasta el punto que éste les dirigiera en 1814 la siguiente proclama: "La conducta de la población de los pueblos de Bidarray y Baigorry me ha causado una penosa impresión; ella es diferente a la de todos los otros habitantes del país y no tienen derecho a hacer lo que hacen. Si quieren hacer la guerra, que se incorporen a las filas del ejército; pero yo no permitiré que jueguen alternativamente el papel de habitantes apacibles y de soldados. Si permanecen tranquilos en sus hogares, nadie los molestará; al contrario, serán protegidos como el resto de los habitantes del país que mis ejércitos ocupan. Deben de saber, que yo he cumplido con todos los compromisos que suscribí en el país, pero, les prevengo que si prefieren hacer la guerra, deben de abandonar sus hogares y hacerse soldados; no pueden continuar en estos pueblos". Esta proclama fue publicada en vascuence y en francés. Los meses de abril y mayo de 1881, las autoridades y los habitantes de esta localidad, temiendo una incursión de la banda de guerrilleros de Espoz y Mina, tomaron medidas de protección e hicieron venir algunas compañías de los guardias nacionales. Por una orden prefectoral del 1 de julio de 1813 se organizó la guardia nacional sedentaria en los cantones de San Juan de Pie de Puerto, Saint-Etienne-de-Baigorry, Iholdy y Saint-Palais, para tomar medidas de seguridad ante la entrada desorganizada del ejército francés y la proximidad de las fuerzas enemigas; este mismo mes la guardia nacional tuvo varios enfrentamientos con el enemigo. La ofensiva de Navarra comienza el 23 de julio y la guardia nacional de esta comuna participó en las operaciones de reconocimiento y en los primeros enfrentamientos fronterizos. Hubo víctimas en la población que, además, se apresuró en cuidar a los heridos. El 30 de noviembre de este mismo año los soldados de Mina atacaron en dirección de esta comuna pero gracias a una buena defensa fueron derrotados y tuvieron que retirarse, robando en las comunas que encontraban a su paso. Dos semanas después, 2.000 españoles volvieron al ataque, pero esta vez se trataba de una verdadera invasión; los 300 hombres de Baïgorry tuvieron que ceder por inferioridad numérica, no sin antes haberse enfrentado al enemigo. El día 16 de diciembre, al mediodía, la comuna fue ocupada por el invasor, que cometió toda serie de excesos y robos en la población, por lo que gran número de habitantes emigraron a San Juan de Pie de Puerto. El 12 de enero de 1814 el General Harispe con sus tropas llega a Baigorry, donde encuentra la división de Mina, le ataca y los dos ejércitos libran un combate muy violento. Los soldados de Harispe, excitados por su general que dirigía personalmente la acción, derrotaron al enemigo y tomaron Baigorry. Gran parte de la población participó en la operación militar. El 14 de febrero del mismo año, volvían a invadir de nuevo el valle de Baigorry, cometiendo esta vez también numerosos excesos contra la población.
Ocupación alemana. Al efectuarse la partición del territorio del estado francés en dos zonas, una dependiente directa de la Werchmatch y otra administrada por el gobierno de Vichy (22 de junio de 1940), el valle de Baigorry fue adjudicado a la administración alemana. La línea de demarcación se halló al E. del valle, entre Arnéguy y San Juan de Pie de Puerto.
Guerra de la Convención. El 22 de junio de 1793, tropas francesas guiadas por los habitantes de Saint Etienne de Baïgorry logran conquistar el puesto enclavado en el monte Ispéguy, mas son prontamente rechazados por los soldados españoles.
Período revolucionario. Recibió durante la Revolución francesa el nombre de Thermopiles.La municipalidad se mostró, al principio, hostil al movimiento revolucionario. Un decreto del 13 de noviembre de 1790 ordenó a los beneficiados eclesiásticos que depositaran la lista de las rentas de sus beneficios. La municipalidad eximió al párroco de dar a conocer en público la indiscreta orden y lo autorizó a que la comunicara en particular a los interesados. Al comienzo de 1791, la administración departamental revocó a Harismendy de sus funciones de alcalde y la situación cambió. El párroco de la localidad, Pierre Casadevant de San Juan de Pie de Puerto, se negó a prestar el juramento constitucional conservando el puesto hasta septiembre de 1792. En 1790, el cantón de Baigorry pasaba a depender del distrito de Saint-Palais y estaba compuesto de las comunas de Anhaux, Ascarat, Irouléguy, Lasse y St-Etienne de Baigorry; la administración se concentró en Baigorry. La nueva municipalidad revolucionaria se dispuso con energía a combatir la ignorancia. Para ello instaló, en diciembre de 1795, dos escuelas, una en la plaza y otra en el barrio de Leispars. El 9 de mayo del año siguiente estableció otras cuatro, para enseñar a leer a los niños; una fue abierta en el antiguo presbiterio, la segunda, en la Fonderie, la tercera, en Anhaux y la cuarta en Ascarat.
Guerras napoleónicas. Durante las guerras napoléonicas, los habitantes de Baïgorry y Bidarray se mostraron hostiles hacia Wellington hasta el punto que éste les dirigiera en 1814 la siguiente proclama: "La conducta de la población de los pueblos de Bidarray y Baigorry me ha causado una penosa impresión; ella es diferente a la de todos los otros habitantes del país y no tienen derecho a hacer lo que hacen. Si quieren hacer la guerra, que se incorporen a las filas del ejército; pero yo no permitiré que jueguen alternativamente el papel de habitantes apacibles y de soldados. Si permanecen tranquilos en sus hogares, nadie los molestará; al contrario, serán protegidos como el resto de los habitantes del país que mis ejércitos ocupan. Deben de saber, que yo he cumplido con todos los compromisos que suscribí en el país, pero, les prevengo que si prefieren hacer la guerra, deben de abandonar sus hogares y hacerse soldados; no pueden continuar en estos pueblos". Esta proclama fue publicada en vascuence y en francés. Los meses de abril y mayo de 1881, las autoridades y los habitantes de esta localidad, temiendo una incursión de la banda de guerrilleros de Espoz y Mina, tomaron medidas de protección e hicieron venir algunas compañías de los guardias nacionales. Por una orden prefectoral del 1 de julio de 1813 se organizó la guardia nacional sedentaria en los cantones de San Juan de Pie de Puerto, Saint-Etienne-de-Baigorry, Iholdy y Saint-Palais, para tomar medidas de seguridad ante la entrada desorganizada del ejército francés y la proximidad de las fuerzas enemigas; este mismo mes la guardia nacional tuvo varios enfrentamientos con el enemigo. La ofensiva de Navarra comienza el 23 de julio y la guardia nacional de esta comuna participó en las operaciones de reconocimiento y en los primeros enfrentamientos fronterizos. Hubo víctimas en la población que, además, se apresuró en cuidar a los heridos. El 30 de noviembre de este mismo año los soldados de Mina atacaron en dirección de esta comuna pero gracias a una buena defensa fueron derrotados y tuvieron que retirarse, robando en las comunas que encontraban a su paso. Dos semanas después, 2.000 españoles volvieron al ataque, pero esta vez se trataba de una verdadera invasión; los 300 hombres de Baïgorry tuvieron que ceder por inferioridad numérica, no sin antes haberse enfrentado al enemigo. El día 16 de diciembre, al mediodía, la comuna fue ocupada por el invasor, que cometió toda serie de excesos y robos en la población, por lo que gran número de habitantes emigraron a San Juan de Pie de Puerto. El 12 de enero de 1814 el General Harispe con sus tropas llega a Baigorry, donde encuentra la división de Mina, le ataca y los dos ejércitos libran un combate muy violento. Los soldados de Harispe, excitados por su general que dirigía personalmente la acción, derrotaron al enemigo y tomaron Baigorry. Gran parte de la población participó en la operación militar. El 14 de febrero del mismo año, volvían a invadir de nuevo el valle de Baigorry, cometiendo esta vez también numerosos excesos contra la población.
Ocupación alemana. Al efectuarse la partición del territorio del estado francés en dos zonas, una dependiente directa de la Werchmatch y otra administrada por el gobierno de Vichy (22 de junio de 1940), el valle de Baigorry fue adjudicado a la administración alemana. La línea de demarcación se halló al E. del valle, entre Arnéguy y San Juan de Pie de Puerto.