En el museo de Navarra hay fragmentos de cerámica romana procedentes de Azagra. La historia de Azagra es la de una población en continua pugna por la emancipación de la tutela señorial. Durante siglos dependió del rey; en 1403, Carlos III concedió la pecha del lugar -25 libras y 15 sueldos, 100 cahices de trigo y 50 de cebada anualesa su consejero «maestrehostal» Pedro Martínez de Peralta. Sin embargo la presencia del rey siguió manifestándose en el alcaide del castillo, fortaleza ésta que ocupaba la parte alta de un peñasco y que ha ido derrumbándose con el transcurso de los años. Sobre el castillo enclavado en Azagra, Altadill nos dice lo siguiente: «El más antiguo Alcaide de quien he hallado memoria en mis exploraciones es D. Martín Chipia, con relación al año 1201, el cual pasó a mandar el castillo de Miranda de Arga en 1202 y que volvió a gobernar por 2.ª vez el de Azagra en los años 1206 y 1208. La Alcaidía de este castillo ejercía sus funciones, como las de Andosilla, Valtierra, Caparroso, Lana y otras, a las cuevas cercanas habitables. Esta Alcaidía la ejercieron los siguientes: Año 1264 D. Simeno Périz de Azagra; en 1265 D. García Ximenez de Arroniz; en 1279 D. Remigio Gil de Lerin; en 1294, D. Ramiro Martínez de Arroniz; en 1303, 1304 y 1305 D. Remigio Martínez de Arroniz (I.° vez); en 1306 el mismo, con 6 libras de sueldo anual; en 1313 D. García Remíriz de Arroniz (I.ª vez); en 1319 el mismo (2.ª vez); en 1321, García Martínez de Arroniz; en 1323 al 1331 D. Romeu Périz de Arroniz. Retribución anual C. s.; en 1334 D. García Martínez de Azagra; en 1336 al 1341 D. Remigio Martínez de Arroniz (2.ª vez); en 1390 D. Didaco Périz de Mirifuentes; en 1390 el merino en su Compto lo declaró inservible.» Según el Compto del año 1300, el merino Galvet de Soracoiz, con 30 ballesteros de Larraga, salió en busca de Alfonso de Calahorra; Johan de Ferrándiz y otros; el de Calahorra por acusado de forbanido y todos ellos ladrones conocidos, fueron apresados gracias a una confidencia (barrunt como entonces se decía) y conducidos bien seguros al castillo de Azagra, el primero fue arrojado vivo al Ebro. En 1411 los vecinos de Azagra, que solían ser de 80 a 100, habían quedado reducidos a 30, los más de ellos viejos y pobres, por los daños que les hacía el Ebro en sus sotos y término, y también los vecinos de los pueblos inmediatos cortándoles la leña y paciéndoles las yerbas con los ganados. El rey les perdonó, en consideración a esto, los cuarteles y parte de la pecha por diez años. Durante estos años, Azagra sigue perteneciendo a la monarquía y sus habitantes miran con recelo cualquier ingerencia del poder señorial. La prohibición de que esta villa sea enajenada de la Corona aparece en varios documentos que fueron aireados posteriormente, al comenzar la larga serie de pleitos que, como hemos dicho, constituyen la trama de la historia de Azagra. Esta prohibición consta, por ejemplo, en los contratos matrimoniales de los reyes D. Juan y D.ª Blanca, en 1419, y en el juramento regio de 1429. El castillo, inservible desde 40 años, fue entregado por el rey al pueblo, en 1430, para que fuera reparado con la renta de la primicia. La fecha definitiva de anexión de la rica villa -producía abundante vino, cáñamo, cereales, lino, hortalizas, etc.- al patrimonio señorial de los temibles Peraltas se sitúa en 1457, año en que el rey D. Juan suscribe una escritura a favor de Mosén Pierres de Peralta, hijo de Pedro Martínez, por la que le entrega Azagra y Falces como compensación a las deudas que el monarca debía a Mosén Pierres en virtud de servicios prestados y dinero desembolsado a su favor, así como por la entrega de la villa y castillo de Briones. La deuda, que el rey hubiera podido saldar en caso de no hallarse continuamente con las arcas vacías, quedó en este estado definitivamente a pesar de un breve paréntesis -I499- en que la villa dependió del rey por la revocación que se hizo de las mercedes concedidas por D. Juan y D.ª Catalina. Ese mismo año Azagra fue traspasada a D.ª Isabel de Foix, segunda mujer de Mosén Pierres de Peralta. La villa cambia repetidas veces de manos; D.ª Isabel la concede en herencia a la reina D.ª Catalina, prima suya, que a su vez traslada el señorío a D. Alonso de Peralta, conde de Santesteban. En 1512, tras la conquista de Nav., Fernando el Católico jura no enajenar la villa, juramento que no cumple. En 1595 Azagra pleitea para zafarse del dominio señorial contra D.ª Ana María de Peralta y Velasco. Se pretende la incorporación a la Corona; la sentencia falla a favor de los señores. Los s. XVII y XVIII son años de continuos pleitos, todos ellos infructuosos hasta la esperada ley de abolición de los señoríos. He aquí una relación cronológica de algunos: 1624. Pleito del fiscal y patrimonial y las villas de Falces y Azagra contra D.ª María de Peralta, marquesa de Falces. 1687. Memorial ajustado del pleito que llevan el fiscal y patrimonial y las villas de Falces y Azagra contra D.ª Catalina Antonia de Insausti, madre y cuidadora de D. Joseph Martín de Peralta, marqués de Falces, sobre que dichas villas, con todo lo que les pertenece, se incorporen al patrimonio Real. Pleito de la villa de Azagra contra D. Diego de Castejón, conde de Agramonte, sobre la incorporación de esta villa a la Corona. 1692. Sentencia que declara que incumbe al Fiscal Real las diligencias necesarias para el recobro de Azagra, reintegrando previamente a los marqueses la cantidad en la que había sido vendida Azagra en 1457. 1704. La villa vuelve a insistir; siendo esta vez reducida a «silencio perpetuo». Los Peralta, marqueses de Falces, gozarán de derechos señoriales hasta le ley abolitoria de los señoríos.
Guerras napoleónicas. Azagra prestó su valiosa colaboración a los guerrilleros navarros que combatían a los soldados franceses gracias a las balsas que mantenían ocultas a la orilla del Ebro ya que el resto de las comunicaciones fluviales estaban cortadas excepto en Lodosa y Tudela. Ref. Fermin Leizaola, "Rincones de la Historia de Navarra", t. III, p. 161. Julio Altadill, "Castillos Medievales de Navarra", Jesús Yanguas y Miranda, "Diccionario de Antigüedades".
Guerras napoleónicas. Azagra prestó su valiosa colaboración a los guerrilleros navarros que combatían a los soldados franceses gracias a las balsas que mantenían ocultas a la orilla del Ebro ya que el resto de las comunicaciones fluviales estaban cortadas excepto en Lodosa y Tudela. Ref. Fermin Leizaola, "Rincones de la Historia de Navarra", t. III, p. 161. Julio Altadill, "Castillos Medievales de Navarra", Jesús Yanguas y Miranda, "Diccionario de Antigüedades".