En 1946 Leandro Carro sustituyó a Astigarrabia en el Gobierno Vasco pero en 1948 fue obligado a dimitir por presión socialista como consecuencia del inicio de la Guerra Fría. En lo que respecta a la actividad interior eliminada oficialmente por el nuevo régimen franquista hay que destacar el consejo de guerra y el fusilamiento de Jesús Larrañaga "Goierri" y sus compañeros Isidoro Diéguez, Asarta y Girbau el 21 de enero de 1942, y la reorganización de la resistencia por el navarro Jesús Monzón Repáraz, junto con Manuel Azcárate y Gabriel León Trilla. Durante varios años la responsabilidad del movimiento antifranquista recae sobre este vasco que al final será detenido, vilipendiado por Santiago Carrillo y que permanecerá en la cárcel hasta 1956. Tras su caída y la de sus enlaces el PCE desaparecerá hasta la renovación de finales de los 50. Amparo Gastón, Jorge Semprún, Enrique Múgica, Ramón Ormazabal, Cristóbal Errandonea, Gabriel Celaya mantienen el pulso de un partido ultrasecreto y perseguido al que vendrá a reanimar, ya en los 60, el movimiento obrero con la constitución de Comisiones Obreras, también en el País Vasco, y especialmente en la margen izquierda de la ría bilbaína.
Durante los años 60 y 70 el PCE, consciente de la importancia de la renovación del nacionalismo vasco (ETA, ELA) dedica otra vez gran parte de su esfuerzo a atraer a sus ideólogos y bases, especialmente en las fechas que rodean al proceso de Burgos. Toda la vida clandestina vasca se limita a comunistas y nacionalistas situados a la izquierda de un PNV y PSOE casi ausentes.
Expulsión del Partido Comunista de Euskadi del Gobierno Vasco. Año 1948.
"París,19 de mayo de 1948.- Señor don Leandro Carro.- Paris.
Mi querido amigo: Después de nuestras dos conversaciones de ayer y hoy, a las que asistió con usted el señor Cristóbal Errandonea en representación del Partido Comunista de Euzkadi, y la vista de la comunicación escrita, de fecha de hoy, firmada por el señor Cristobal Errandonea, que me ha sido entregada personalmente, concreto los puntos de vista que con toda claridad le expuse al comienzo de nuestras conversaciones.
Primero.- Habiéndose presentado en el Consejo de ayer, día 18, un problema de incompatibilidad con el Partido Comunista por parte de los representantes socialistas en el seno del Gobierno Vasco, y habiendo declarado la representación del Partido Nacionalista Vasco que por razones de eficacia política pedía a la Presidencia la retirada del Partido Comunista del Gobierno de Euzkadi, el equilibrio y la continuidad de la política vasca, dada la actitud de sus fuerzas mayoritarias, imponía necesariamente una modificación en la composición del Gobierno Vasco, que el Partido Comunista podía facilitar con su dimisión.
Segundo.- La retirada del Partido Comunista del Gobierno Vasco no supondrá en ningún caso la más mínima alteración de la relación normal del Gobierno y de la Presidencia con las fuerzas políticas vascas, continuando el Partido Comunista y sus afiliados con la misma consideración jurídica en el uso de los servicios que el Gobienlo presta a la población vasca.
Tercero.- Conviene a todos y, encierra fundamental interés que la conducta futura del Partido Comunista, elevándose por encima de las diferencias ideológicas, contribuya a la creación de un clima de respeto mutuo que el Gobierno desea y al cual sabrá corresponder adecuadamente.
Cuarto.- En todo caso, el Gobierno considera que los compromisos contenidos en el Pacto de Bayona están en pie por igual a todas las fuerzas políticas y sociales que lo suscribieron, participen o no en el Gobierno, como es el caso de las organizaciones sindicales y de alguna otra organización política.
Después del amplio y correcto cambio de impresiones que celebramos ayer, me pidieron un plazo hasta hoy para estudiar la contestación que me ha sido entregada por ustedes esta mañana por escrito.
Prescindiendo de las consideraciones políticas que contiene, que responden a su libre apreciación, el Partido Cornunista no acepta las conclusiones que se derivan de la actitud de los partidos mayoritarios y que obligan a la Presidencia a una modificación del Gobierno Vasco.
La tramitación de este problema político ha sido llevada, como ustedes lo han reconocido, dentro de los cauces ordinarios y legales del Gobierno planteada en Consejo y expuestas en él libremente las opiniones respectivas. Por mi parte he querido guardar con usted y el Partido que representa todas las consideraciones que han quedado claras en las conversaciones tenidas después de celebrado el Consejo del Gobierno.
Mi decisión, después de considerar con todo detenimiento la situación política es la siguiente:
El Gobierno de Euzkadi quedará constituido bajo mi presidencia por los señores Leizaola, Monzón y Lasarte, por el Partido Nacionalista Vasco, Dueñas y Zarza, por el Comité Central Socialista de Euzkadi; Aldasoro, por Izquierda Republicana de Euzkadi; Nardiz, por Acción Nacionalista Vasca; X, de Unión Republicana de Euzkadi (actualmente en el Interior).
No quiero, amigo Carro, dejar de consignar mi sentimiento por su retirada del Gobierno. Puedo asegurarle que, por sus condiciones personales y por su actuación en el seno del mismo, ha dejado usted una impresión grata y unánime entre sus compañeros, en nombre de los cuales, y en el mio propio, quiero hacerlo constar así.
Ruégole, dé traslado de esta carta al señor Cristóbal Errandonea, dando con ella por contestada la que he recibido esta mañana, segun hemos convenido. Le saluda con el mayor afecto. Firmado: José Antonio de Aguirre."
Ref. Berriak, n.º 4, 1976, urriak 7.