El Museo se estructura en cuatro plantas, tres de exposición permanente y la última como sala de exposiciones temporales.
Al entrar por la puerta el visitante encuentra una descripción del contenido de salas, así como los datos prácticos necesarios para visitarlo.
Frente a la recepción se muestra la historia del edificio barroco en el que está ubicado el Museo.
Una vez dentro, nos encontramos con una pequeña sala dedicada al origen geológico del territorio vasco y las primeras manifestaciones humanas, centrándose en el arte Paleolítico. Siguiendo la visita encontraremos un espacio dedicado al "Hábitat y Poblamiento" con diversas maquetas de caseríos e iglesias complementadas con paneles explicativos. En una sala adyacente se proyecta el audiovisual "Territorio y Habitantes" que muestra la evolución desde la Prehistoria hasta nuestros días y la variedad paisajística del País. Por último, encontraremos un espacio que alberga una de las colecciones más importantes del Museo, la sala de cartografía histórica del País Vasco en la que se nos muestra la importancia de la representación gráfica del territorio a lo largo del tiempo.
Está dedicada a la evolución histórica y a la presentación de los acontecimientos más destacados que han dado lugar a la actual configuración política y al nacimiento de sociedades mercantiles y culturales.
La iconografía de cuadros, grabados y demás objetos, recae en paisajes, vistas y retratos de personajes que protagonizaron los diferentes acontecimientos históricos.
Se plantea un recorrido que comienza con la proyección del audiovisual "La entrada en la Historia" en el que se nos tralada desde la romanización hasta finales de la Edad Media. Cada sala de esta planta está dedicada a un territorio historico: Navarra, Iparralde, Gipuzkoa, Álava y Bizkaia. A continuación, un espacio dedicado a "Euskal Herria en el Mundo" nos habla de la Diáspora Vasca y de personajes vascos conocidos mundialmente. La planta se cierra con una sala destinada a la Abolición Foral.
Es la planta interactiva por antonomasia. Mediante pantallas táctiles, audiovisuales y auriculares el visitante puede conocer mejor la cultura y el folklore del pueblo vasco.
Comenzamos por un espacio dedicado al deporte rural. La exposición nos lleva a una sala de audiovisuales en la cual nos envuelven los sonidos y sensaciones que los variados deportes vascos nos hacen sentir. Al salir nos encontramos con los mitos y creencias. Mediante una pantalla táctil podemos seleccionar y escuchar leyendas, canciones y jugar a las adivinanzas. Seguidamente, descubriremos las danzas y pastorales acompañados de un audiovisual que nos permite seleccionar bailes de toda Euskal Herria. Otras dos zonas están destinadas a la música popular y a la música académica. En ellas, el visitante puede disfrutar de la exposición de instrumentos musicales a la vez que escucha su sonido mediante auriculares. Un importante espacio está dedicado al euskera, su historia, gramática y autores reconocidos nos instruyen en torno al tema. Inmediatamente, un audiovisual y un panel explicativo nos ilustran sobre el bertsolarismo. Por último, se trata la gastronomía, los productos y costumbres culinarias del país.
Sala de exposiciones temporales y diversos actos.
