Chillida-Leku se inaugura en septiembre de 2000. No obstante, su andadura comienza años atrás. Para conocer su génesis, es necesario remontarse a 1984, cuando Eduardo Chillida y su mujer Pilar Belzunce visitaron por primera vez estos parajes, invitados por sus antiguos propietarios. Pero la idea de crear un lugar donde sus esculturas pudieran reposar invadía la mente del artista desde hacía tiempo:
"Un día soñé una utopía: encontrar un espacio donde pudieran descansar mis esculturas y la gente caminara entre ellas como por un bosque."
La finca de Zabalaga pertenecía a la familia Churruca, siendo por aquel entonces Santiago Churruca cónsul en Burdeos. Él fue quien propuso a Chillida realizar una exposición de grabados en la casa donde vivió Goya. A raíz de ese ofrecimiento, tuvieron la oportunidad de conocer el caserío. A pesar de encontrarse prácticamente en ruinas, el edificio atrajo poderosamente la atención de Eduardo y Pilar Belzunce, su mujer: ese sería el lugar ideal para el proyecto soñado. En un principio compraron sólo el caserío y los terrenos adyacentes pero, poco a poco, fueron adquiriendo más parcelas hasta llegar a las trece hectáreas que lo conforman en la actualidad. Si bien la idea inicial era principalmente la de ser un espacio donde guardar las esculturas una vez terminadas, antes de viajar a sus destinos, poco a poco, y gracias a la visión de Pilar Belzunce, la voluntad de realizar un museo fue adquiriendo forma.
A lo largo de diez años, el proyecto fue materializándose. En 1994, se terminó de reconstruir el caserío cuyo proceso de trabajo fue sereno y meditado. Esta antigua edificación constituye la pieza central del espacio. Se trata de uno de los caseríos más antiguos que se encuentran en la actualidad en Gipuzkoa. Eduardo Chillida se aproximó a él como si de una escultura se tratara. El procedimiento de trabajo se caracterizó por la libertad de actuación y por un doble propósito: introducir espacio en su interior y preservar su identidad. Rehabilitaron el edificio sin límite económico, ni de tiempo, ni norma alguna, observando y escuchando las indicaciones que el propio caserío les iba transmitiendo:
"Yo le iba preguntando al caserío cómo quería ser, lo recorría por dentro, y le iba planteando si quería conservar tal muro, aquella pared o esta entreplanta, y el caserío quedó como él mismo nos dijo."
Tras la restauración del caserío, habiéndose consolidado el proyecto de museo, se construyó el edificio que, integrado en el paisaje, alberga las oficinas, la tienda, la sala de audiovisuales así como un centro de documentación especializado, cuya obra se terminó en el 2000.
Asimismo, se realizó una importante labor en la colocación de las piezas en la parte exterior. Para ello, se contó con la colaboración del catedrático de arte Kosme de Barañano, quien asesoró a la familia en la disposición de las esculturas. Algunas de las obras como Buscando la luz I o Lotura XXXII permanecen en su lugar original, otras han ido cambiando con motivo de exposiciones, lo que hace que el espacio esté en continua transformación, y sea un museo vivo. Chillida-Leku ofrece al visitante múltiples recorridos. Cada una de las obras está colocada de forma estratégica en diálogo con la naturaleza y con otras piezas. Desde cada lugar del museo, desde cada obra, las perspectivas cambian y la mirada se enriquece con diversos puntos de vista.