Existía ya en el siglo X (documento de 958 en el Becerro local) y se le cita también en una donación de Sancho I Garcés, rey de Pamplona, por la que le donó el castillo de Monjardin, recién reconquistado, junto con los lugares del valle de Berrueza.
En 1050 García el de Nájera fundó y dotó un hospital para atención de los peregrinos de la ruta jacobea. Este hospital, primero de Navarra, fue fundado a raíz de la donación que hiciera el Rey García, el de Nájera (1035-1054), al abad de Iratxe, de un campo que había sido robledal entre Muez e Irujo, con la finalidad de que con sus ingresos se construyera un hospital de peregrinos ante la puerta del monasterio.
Su momento de mayor esplendor fue bajo el gobierno de San Veremundo (1056-1058) que coincidió con numerosas donaciones y legados de los reyes pamploneses. Los monasterios menores e iglesias unidos a Iratxe suman la cifra de cuarenta. Pueden citarse entre ellos San Salvador de Iarte, San Pedro de Dicastillo, Santa María de Ingurri, San Juan de Estella, Santa Eulalia de Legarda y San Juan de Mendavia.
La baja Edad Media fue un período difícil para el monasterio ya en la edad Moderna se introdujo la reforma y en 1531 se incorporó a la Congregación de San Benito de Valladolid. Esta erigió, en 1544, un colegio que, gradualmente, se transformó en Universidad, revalidada por Paulo V (1615) y reconocida por la autoridad civil (1665). Un grupo de canonistas, escritores ascéticos, bíblicos e históricos extendieron el nombre de Iratxe por todo el mundo.
Al final de la guerra napoleónica, en el año 1813, había en Iratxe un hospital para el cuidado de los numerosos heridos de los ejércitos aliados y de los guerrilleros de la división de don Francisco Espoz y Mina. El monasterio fue incautado a raíz del decreto de 3 de septiembre de 1835. El principal hospital carlista de la segunda guerra carlista (1872-1876) se encontraba en Iratxe, en el monasterio, convertido en hospital el año 1874. Desde el año 1885 el monasterio de Iratxe está habitado por los padres escolapios, que tienen allí casa de estudios. se encuentra en proceso de transformación como Museo Etnológico de Navarra.
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