La primera colección de cuentos de Xabier Mendiguren Elizegi fue Sei ipuin amodiozko (1986) [=Seis cuentos de amor], y el título de la misma resume bien el contenido de la obra: se trata de seis relatos cuyo hilo temático de unión es el amor. Sin embargo, al contrario de lo que se podría esperar, no se trata de un amor convencional, sino de un amor con tintes claramente macabros. Es digna de mención la capacidad del autor para sorprender al lector, principalmente, al final de cada relato. Dicha habilidad fue empleada, además, en obras posteriores.
Seis años más tarde apareció la colección Hamalau (1992) [=Catorce], de gran simetría. El libro está compuesto por seis relatos unidos a la cotidianidad, y se repiten algunas de las características ya aparecidas en la primera obra del autor: la ironía, situaciones patéticas, tensión, narrativa ágil, etcétera.
A mediados de la década de los 90, Mendiguren publicó dos nuevos libros de relatos: Opor ezberdinak (1996) [=Vacaciones distintas] y Ene dama maite hori (1996) [=Mi querida dama]. Sin embargo, con ellos no obtuvo el reconocimiento logrado con sus primeras obras, y transcurrieron siete años antes de la publicación de una nueva colección de relatos: 16 ipuin amodiozko (2002) [=16 cuentos de amor]. El libro tiene cuatro capítulos principales, y basta situar uno tras otro los títulos de dichos capítulos para hacerse una idea del contenido del libro: "Seis cuentos de amor", "Otras seis perversiones", "Un pastiche" y "Tres historias voyeurs". 16 ipuin amodiozko es la versión corregida y aumentada del primer libro de relatos de Mendiguren, y en ella reaparecen algunas técnicas y tendencias como la heterogeneidad de los cuentos en cuanto al punto de vista o la intención constante de sorprender al lector. La mayoría de los cuentos que componen 16 ipuin amodiozko fueron escritos en las décadas de los 80 y los 90, y al final del libro Mendiguren añadió un post-scriptum en el que comenta el origen de cada relato.
Errautsen distira (2002) [=El brillo de las cenizas] es un libro distinto que recoge cuatro narraciones de cierta extensión, unidas por un mismo hilo conductor: la historia de Euskal Herria en el siglo XX. El autor explica que el punto de partida de cada una de ellas es real, que se trata de historias escuchadas a otros que él ha transformado según sus necesidades literarias.
En 2005 Mendiguren retomó el tema amoroso en Bihotz gosetien kluba [=El club de los corazones hambrientos]. El libro está formado por cinco narraciones de distinta longitud en cuyo origen hallamos el mismo elemento: personajes solitarios que no pueden saciar los deseos de su corazón. Precisamente, esa insaciabilidad es origen y motor de las cinco historias. Un año después apareció Arima enkoniatuak (2006) [=Almas encoñadas], obra compuesta por cuatro cuentos en la que se percibe el eco de Bihotz gosetien kluba, si bien existen algunas diferencias importantes: el final de cada cuento, por ejemplo, quedaba de mano de la libre interpretación en el primer libro, mientras que en el segundo no hay lugar para la libre interpretación.
Últimamente, Mendiguren ha publicado los libros de relatos Bizitza homeopatikoak (2008) [=Vidas homeopáticas], Lurmentzean (2009) [=Al derretirse la nieve] y Vikingoen sorterrira (2010) [=Hacia la patria de los vikingos]. El primero de ellos compila dos cuentos largos: el protagonista del primero de ellos es un vendedor de libros vasco, y la del segundo una traductora que trabaja en el parlamento de Bruselas. Vikingoen sorterrira, por otro lado, es el libro de relatos más amplio de Mendiguren, ya que tiene algo más de 300 páginas en las que se recogen seis relatos largos construidos en torno a algunos hechos graves.