A partir de los años setenta, las circunstancias iban a empezar a cambiar. Por un lado, los síntomas de sobrepesca, fundamentalmente en los bancos de bacalao, pero también en los europeos de merluza y especies afines, comenzaron a ser evidentes y la rentabilidad de las unidades pesqueras comenzó a resentirse. Por otra parte, la extensión general de las Zonas Económicas Exclusivas hasta las doscientas millas supuso la aparición de obstáculos para acceder a caladeros en los que hasta entonces se había faenado sin problema alguno. En 1976 Canadá extendió su ZEE hasta las doscientas millas y estableció un sistema de cuotas de pesca. Sin embargo ello no evitó el colapso del bacalao, declarándose en 1992 una moratoria de pesca. La única alternativa que le quedó a la flota bacaladera fue la pequeña parte de los Grandes Bancos que quedaba fuera de la jurisdicción canadiense (Flemish Cap) y las pocas licencias de pesca que se podían obtener en las costas noruegas. El hundimiento de la flota bacaladera guipuzcoana se tornó irremediable. De las cerca de 78 embarcaciones matriculadas en Pasaia, a principios del siglo XXI sólo quedan 8, (una reducción de casi el 90% del tonelaje) que ni siquiera desembarcan en este puerto sino que lo hacen en Galicia.
En Europa, la Comunidad Económica Europea extendió sus aguas jurisdiccionales hasta las 200 millas en 1977. Las negociaciones entre las autoridades europeas y las españolas fueron largas y complejas. A pesar de que los resultados podían haber sido peores, el impacto de esta medida sobre la flota vasca de altura al fresco fue muy importante. Hasta la firma del acuerdo marco de 1979, la política pesquera comunitaria fue reduciendo, año tras año, los derechos de acceso. La reacción de la flota vasca fue intentar seguir pescando de la misma manera y en las mismas zonas, lo que dio lugar a numerosos apresamientos de arrastreros, con las consiguientes multas, por incumplimiento de las normas de acceso y captura establecidas. De 1975 a 1985, el número de arrastreros matriculados en puertos vascos pasó de 306 a 121.
Visto en el largo plazo, la pesca de bajura se ha visto menos afectada por la política pesquera comunitaria que la de altura. Sin embargo, desde finales de los años sesenta existía cierta tensión a cuenta de la actividad, fundamentalmente de pesqueros vascos, en aguas francesas. En 1967 España y Francia firmaron un acuerdo por el que se permitía pescar en aguas costeras francesas a la flota española. La extensión por parte de la Comunidad a las doscientas millas de la ZEE a partir de 1977 elevó el nivel de las disputas hasta un nivel en el que Francia revocó el acuerdo mencionado anteriormente. Lo que hasta entonces era un debate centrado en las pesquerías de arrastre de altura, acabó llegando hasta las flotas que pescaban bonito y, fundamentalmente, anchoa en aguas francesas del Golfo de Vizcaya.
Evolución del TRB (miles de toneladas) total de la flota pesquera vasca, 1934-2005.
Fuente: López Losa.
Tanto en una como otra se han repetido los conflictos entre pescadores franceses y vascos desde los años noventa. Aunque el argumento principal de las protestas vascas tenga que ver con el uso por parte de los franceses de artes y sistemas mucho más intensivos, y también menos respetuosos con el recurso, como son el arrastre pelágico en el caso de la anchoa y las redes volantas en el caso del bonito, en realidad hay un importante trasfondo económico. Antes de la integración, una de las pocas armas de las que disponía el gobierno español era la prohibición de importaciones o el establecimiento de elevados aranceles de entrada. Una vez que España entra en la comunidad, las barreras arancelarias desaparecen y España se convierte, en función de su amplia demanda de pescado en un mercado atractivo y libre para el resto de las flotas comunitarias, y una de las consecuencias del incremento de la competencia en el mercado ha sido una tendencia descendente general en los precios. Aunque los pescadores vascos consiguieron que la Comunidad acabara dándoles la razón y limitando el uso de estas artes, el incumplimiento por parte de los pescadores franceses de la normativa comunitaria sigue dando lugar a litigios.
Tanto en las pesquerías de anchoa como en las de bonito, la tendencia de las capturas desde los años setenta ha sido claramente descendente, siendo el caso de la anchoa el más grave puesto que su pesquería se cerró en 2005 como medida preventiva ante el riesgo de colapso definitivo. Por otra parte, los intentos de diversificar las capturas, aumentando el esfuerzo en la pesquería del verdel no han dado grandes resultados debido su limitada demanda en el mercado; en el caso del chicharro, en cambio, los resultados han sido más positivos.
De todo el conjunto del sector pesquero vasco, el único subsector que apenas ha atravesado dificultades ha sido el atunero congelador. La amplitud del mercado mundial de túnidos es un factor determinante a la hora de explicar su éxito. Por otra parte, al ser una especie altamente migratoria su explotación se encuentra mucho menos condicionada que el resto de las pesquerías por las zonas exclusivas de pesca. De todas maneras, existen acuerdos firmados con países como Angola, Senegal o las Seychelles para poder pescar en sus aguas. Aunque en número también ha conocido una reducción de efectivos, ésta ha sido bastante menor que en el resto de los subsectores; además, la reducción en el número ha ido acompañada generalmente de un incremento en el tonelaje de las unidades pesquera. Las capturas se componen fundamentalmente de rabil (yellowfin) y listado (skipjack) de las cuales se exporta aproximadamente un 50%, y cuyo principal cliente peninsular es la industria conservera.