La cooperación Euskadi-Aquitania, enmarcada en el ámbito virtual del Arco Atlántico, es la historia de una asimetría; la historia de las relaciones tri- o bi-laterales con Navarra, por su parte, la de un guadiana que tras nacer se sumerge bajo tierra, al vaivén de los desencuentros políticos. Las experiencias de cooperación han sido fruto en todo caso del impulso de la política regional comunitaria en su vertiente transfronteriza que tiene lugar desde fines de los años 80.
Mientras que la cooperación interregional vasca mira al norte, en dirección a Aquitania, ésta última es una región compás que diversifica sus relaciones de cooperación en varias direcciones. El asociacionismo interregional francés presenta en efecto un claro color pirenaico-mediterráneo. Así como para la Comunidad Autónoma Vasca el Arco Atlántico es su eje primordial de actuación, Aquitania se encuentra a caballo entre su vocación atlántica y una proyección oriental que le enlazaría a través de los Pirineos con el Mediterráneo.
Pero no es éste el único eje de asimetría. Hay que añadirle las asimetrías económicas, y las políticas. Los muy distintos niveles de competencias y de capacidad financiera entre las Comunidades Autónomas vasca y navarra por una parte y Aquitania por otra, generan disimetrías en las posibilidades de colaboración. En 1989, año de la firma del protocolo de colaboración, el presupuesto del Gobierno Vasco ascendía a 380 mil millones de pesetas, mientras que el del Consejo General de Aquitania era de 34,3 mil millones de pesetas, no llegando pues a la décima parte del primero.
Mientras que en España las políticas públicas deben implementarse a través de las CCAA, y la autonomía de los entes locales está supeditada a la legislación del Estado central y de las CCAA, en Francia, los tres niveles de descentralización, regiones, departamentos y comunas (municipios) se solapan entre sí. El Estado controla además los tres niveles a través de los prefectos de región, prefectos de departamento y subprefectos de distrito, y, hasta cierto punto, a través de los alcaldes, únicos sin embargo en ser elegidos por sufragio universal. Cualquier cooperación con los entes administrativos franceses hubiera pues exigido la presencia de todos los niveles; lo que, salvo -muy parcialmente- en la Conferencia EuroRegional, no ha sido el caso Debido al gran número y pequeñez consiguiente de las comunas francesas, no pueden ignorarse tampoco las "aglomeraciones" comunales -que pueden revestir una expresión identitaria en forma de "Pays": véase el caso del Pays "Pays Basque"-.
Desde el punto de vista económico, la CAPV posee un sector industrial basado en la metalurgia, la máquina herramienta y la construcción naval -sectores en declive en todo caso, especialmente éste último; cabe hacer la excepción del sector de la máquina-herramienta-. Aquitania se caracteriza por su parte por el predominio del sector alimentario, la importancia de la ganadería, y cultivos importantes, entre los que destaca el del vino bordelés. Desde los años 60 cuenta con sectores industriales modernos en los ámbitos del acero especial y la electrónica. Esta distinta especialización podría haber generado teóricamente complementariedad; pero ésta no se ha traducido en la multiplicación de los intercambios.
La relación particular vasco-aquitana ha sido encauzada por los sucesivos protocolos de cooperación trasfronteriza bi- o tri-laterales acordados a partir de 1989, los cuales se inscriben más en el marco de las relaciones intergubernamentales regionales que en el de la gobernanza multi-nivel. El primero fue firmado entre los Presidentes de la CAPV y de Aquitania en octubre de 1989. Sus objetivos eran impulsar la cooperación interregional a lo largo del Arco Atlántico, y paliar los desequilibrios que podría provocar la desaparición de las fronteras. Los firmantes asumieron un cierto número de compromisos, entre ellos, la toma en consideración de la situación lingüística de las provincias y territorios vascos. En septiembre de 1990, un Protocolo anexo creó el Fondo de Cooperación Euskadi-Aquitania, vínculo de colaboración entre actores públicos y privados.
En febrero de 1992 se firmó un nuevo Protocolo de Colaboración, esta vez trilateral, Euskadi-Aquitania-Navarra, el cual reconocía más nítidamente que el anterior el carácter vasco de los territorios compartidos por las tres regiones. Sus objetivos se proponían, por una parte, evitar que la evolución del mercado comunitario reforzara la economía de las regiones centrales de la UE en detrimento de las del Arco Atlántico; pero también estimular la lengua y la cultura de los territorios vascos.
Este doble objetivo quedó ratificado en la declaración realizada por los tres presidentes regionales en enero de 1993 en Ainhoa-Dantzarinea, quienes se pronunciaron a favor del patrimonio cultural y lingüístico de sus regiones, y en pro de la cooperación inter-regional como factor de movilización a favor de Europa. Sin embargo, esta cooperación no era inmune a factores políticos. La evolución de UPN, partido gobernante navarro, desembocó en enero de 2000 en la ruptura unilateral por parte del Gobierno navarro del Protocolo tripartito. La ruptura no afectó, en todo caso, a la común participación en la Comunidad de Trabajo de los Pirineos. En julio de 2000, la Comunidad Foral Navarra firmó un nuevo pacto de colaboración con Aquitania, "sin perjuicio de las acciones con otras regiones". La duración del nuevo Protocolo era de 10 años.