Prestigioso cirujano y padre de los célebres mineralogistas Juan José y Fausto Fermín Elhuyar Lubice, nació hacia 1725 "hijo legitimo de la casa de Elizaldea de Hasparren" (Laburdi) y murió en Bayona en 1784.
Nada hemos llegado a saber de los estudios que realizó antes de ejercer la cirugía. El hecho de que, cuando solicitó plaza de cirujano titular en Logroño, se presentase como cirujano latino (es decir, de los que, a diferencia de los romancistas, simples sangradores y barberos, recibían una formación más esmerada y conocían el latín), las innovaciones importantes que introdujo en el método de destilación de aguardientes y su prestigio no sólo como cirujano sino también como médico parecen postular, de todas formas, algo más que un aprendizaje empírico bajo la guía de otro cirujano más práctico. Lo que sea de esto, Juan de Elhuyar, casado en primeras nupcias con D.ª Úrsula de Lubice, heredera de la casa de Grachanenea, de Donibane Lohitzune, el 9 de noviembre de 1746, pasó primeramente a Bilbao, y fue luego de ejercer algún tiempo en la villa del Nervión como cirujano (no titular, según parece), cuando se avino a pasar a Logroño, haciéndolo en 1753.
Sus primeros años en la capital riojana transcurrieron en medio de grandes dificultades económicas. Añadióse a ello el que, recién instalado en su nuevo domicilio, se vio mezclado en un enojoso lío con el tribunal de la Inquisición, siendo excomulgado y declarado vitando, privado de las facultades para poder salir de casa y atender a los enfermos. La razón que motivó tan severas medidas por parte del tribunal fue que nuestro cirujano se negaba a desalojar, hasta encontrar otra, la casa en que se había instalado luego de su venida a Logroño, casa que el Santo Oficio exigía fuese cedida al ministro del mismo, Francisco Martínez de la Mata. Al cabo de muchos dimes y diretes sostenido Elhuyar por poderosos valedores, salió bien librado del lance, siendo obligado el Santo Oficio a levantarle las censuras por orden del Real Consejo de Castilla, de 18 de marzo de 1754 (Archivo Histórico Nacional, secc. de Inquisición, Libro 827, folios 271-274, 278).
Fue en estos difíciles primeros años de Logroño cuando le nacieron los tres hijos habidos de su primera mujer, Juan José en 1754, en el siguiente Fausto Fermín y en 1758 María Lorenza, a la que no sobrevivió la madre, que sucumbió el 2 de julio de 1758. Juan de Elhuyar volvería a unirse en segundas nupcias con Dominique de Elizagaray, vecina de Donibane Lohitzune, el 18 de junio de 1769. Entretanto Juan de Elhuyar se había estado labrando una sólida reputación de "cirujano de acreditada habilidad", tal como fue calificado en un documento oficial del Ayuntamiento de Logroño. Su fama trascendió rápidamente los limites de la capital riojana, siendo constantemente requerido de muchos lugares de la Rioja e incluso de Navarra y de las tres provincias Vascongadas, para las operaciones más delicadas y difíciles.
A partir de cierta época, se hacen frecuentes sus salidas de la ciudad para atender las llamadas de enfermos distantes y son muchos, asi mismo, los enfermos que de fuera acuden a su casa, para ser personalmente tratados por él. Debió de tratar con notable éxito varios casos de cataratas y de enfermedades venéreas (el tristemente célebre morbus gallicus). Pero todo este éxito del cirujano de Hazparne no fue a las tantas bien visto por sus compañeros de profesión y por los médicos, alguno de los cuales -tal, el alavés José Santiago Ruiz de Luzuriaga, notable en los fastos de la Real Sociedad Bascongada de los Amigos del País (veáse Ruiz de Luzumaga, José Santiago)- lo tachó públicamente de ignorante craso en 1773, y de sopesarse a ejercer de médico y a recetar en latín, siendo así que carecía de la debida titulación y de latín no sabía de la cuarta la media. Lo que sea de esto, sabemos que Elhuyar, de unos años atrás, se dedicaba, apremiado por la estrechez económica, a ensayar un tipo de actividades lucrativas, que distaba mucho de su profesión de cirujano. Valiéndose de algunos conocimientos de Química, Elhuyar atinó con el procedimiento de aprovechar el vino defectuoso de las bodegas para la destilación de aguardientes, consiguiéndolos de excelente calidad; consiguió asimismo que el Ayuntamiento prohibiese la venta de los que se fabricaban con heces, como perjudicial a la salud. Se ignora la fecha precisa en que el cirujano vascofrancés empezó a explotar su descubrimiento.
En 1768 se hallaba en marcha el negocio y en 1771 decían de él sus competidores que poseía un comercio fuerte de aguardientes y botellas de todo género, teniendo en Logroño y fuera de ella "muchas fábricas de su cuenta y en ellas veintidós calderas corrientes", que debían distraerlo no poco de sus deberes como cirujano titular de la ciudad. En ocasión en que la Real Provisión de 21 de junio de 1776 prohibía a cirujanos y demás facultativos tal tipo de actividades lucrativas, Elhuyar se gloriaba, en el memorial que presentó en dicho año al Ayuntamiento de la ciudad, de que "el primer fomento de el ramo de los aguardientes en esta ciudad y en toda la Rioxa y en parte del Reino de Navarra se me debe a mí como primer motor en poner en su perfección los aguardientes y en competencia contra los de Francia; lo que se verificó en la villa de Bilbao, en donde se me pagaba cuatro reales más en cada cántara por D. Juan de Arana, comerciante en la dicha villa, más que los de Francia, por cuya industria he producido el beneficio de los cosecheros de esta ciudad, Viana, Los Arcos, Lodosa, Quel, Autor [sic], Villarroya, Murillo, Navarrete, Fuenmayor, La Puebla, Elciego, en La Rinconada, Lardero, Entrena y otros, los que han despachado sus cosechas del todo por medio de mi industria y calderas [...], introduciendo comercio de dicho género en San Sebastián, Bilbao, Santander, El Ferrol, Principado de Asturias, y en la ciudad de Vitoria, Vergara y otros pueblos de las provincias, Alava, provincia de Guipúzcoa y Señorío de Vizcaya".
Pero no todo este trajín fue suficiente -según parece-para aliviar su suerte económica, andando siempre bastante escaso de recursos y a la caza de préstamos y anticipos. Sin duda, tuvieron mucho que ver con todo ello los cuantiosos gastos que le ocasionaron los estudios de sus hijos Juan José y Fausto, a los que, como padre generoso, dio una educación por demás espléndida, con estancia de varios años en París y viajes por el extranjero. En un primer testamento, que otorgara el 10 de diciembre de 1780, podrá justamente enorgullecerse de haberlos "puesto en la disposición y estado en que se hallan y es notorio, a costa y solicitud mía y de muchos reales", los que -según sus cálculos- no debían bajar de los quince mil por cada uno de ellos. Pero, si este ajetreo al margen de su verdadera profesión tenia que restarle no poco tiempo para su trabajo como cirujano, motivando incluso algunas quejas de parte de sus parroquianos, ello no significa que descuidase su profesión o el perfeccionar sus técnicas. En 1775 recabó permiso del Ayuntamiento de Logroño para ausentarse de la ciudad, con objeto de estudiar una fuente de aguas medicinales que había descubierto en Azpeitia, a raíz de un viaje que giró a la villa guipuzcoana para curar al marqués de San Millán. En 1781 partió para Madrid para poner en conocimiento de los señores del Protomedicato ciertos partos extraordinarios a los que había asistido en Logroño, concediéndole aquella institución algún honor o gracia en nombre del rey como premio a sus observaciones.
Hallamos una comprobación a este respecto en lo que dice Manuel Usandizaga, sobre que la primera sinfisiotomía (sección operatoria de la síntesis pubiana para facilitar un parto que no progresa) que se practicó en España, la realizó el cirujano de Logroño Juan de Elhuyar, que comunicó su intervención el dos de mayo de 1781. Según el referido autor, el cirujano francés Juan D'Elgard, que Feijóo menciona con gran elogio, como sujeto que poseía muy buenos conocimientos de anatomía y que hizo en su celda una demostración de la anatomía del corazón, debería ser, asimismo, identificado con nuestro Elhuyar, dada la semejanza de nombres (que Feijóo no transcribe siempre correctamente) y la coincidencia de nacionalidad y profesión. Nosotros podríamos añadir, por nuestra parte, que, si por el momento no nos consta positivamente que Juan de Elhuyar estuviese en Asturias, tenemos la constancia de los frecuentes viajes que realizó fuera de Logroño para darle salida al negocio de los aguardientes y su afirmación expresa de haber introducido dicho comercio en Donostia-San Sebastián, Bilbao, Santander, El Ferrol, Principado de Asturias, etc. (cfr. M. Usandizaga Soraluce: Los Ruiz de Luzuriaga, eminentes médicos vascos "ilustrados", Salamanca 1964, p. 53). Aunque nada sabemos, por lo demás de sus actividades al servicio de la Real Sociedad Bascongada de los Amigos del País, consta que Juan de Elhuyar perteneció a la misma a partir de 1777 y que su nombre deja de figurar un año después en las listas de socios, sin que sepamos por qué. La muerte lo sorprendió en Baiona, adonde había acudido por motivos de salud.