Dentro del territorio durangués hay que distinguir dos sistemas de gobierno, el de tierra llana o anteiglesias y el de villazgo. El primero adoptó para regir a sus encomendados la forma de merindad a la que no pertenecían jurídicamente las villas, que, sin embargo, completan la comarca desde el punto de vista geográfico. Las villas y la merindad se relacionaban, para solventar los problemas comunes, por medio de la denominada Junta de los Doce Pueblos. Siguiendo a G. Monreal, cuya descripción institucional es clara, completa y meridiana (Las Instituciones públicas del Señorío de Vizcaya hasta el siglo XVIII. Dip. de Vizc., Bilbao, 1974, pp. 266-292), hay que distinguir, en el gobierno de la merindad, que reproduce el esquema gubernativo propio de Vizcaya: los Oficiales del Señor, por un lado -teniente de corregidor, tenientes de prestamero y merino- y, por otro, la Junta de Merindad representativa de la comunidad. Hay dos tipos de juntas, una ordinaria en Astolazubiaur de Abadiño, y otra extraordinaria, bajo el árbol de Gerediaga. La primera es de reunión frecuente; viene a sustituir en el siglo XVI a la de Krutziaga y posee sala de reuniones, auditorio para impartir justicia, cárcel y residencia para el teniente del corregidor. La segunda suele celebrarse por Pascua de Resurrección, Espíritu Santo o Navidades en la campa Guerediaga de Abadiño (bifurcación de las carreteras de Markina y Garai), al lado de la ermita juradera de San Salvador y San Clemente. Competía a la Junta de Astola atender a las relaciones de la merindad con el Señorío, velar por el mantenimiento de la integridad de la zona merindal contra las pretensiones del villazgo, tesorería y todo lo referente a orden público. En las de Gerediaga las necesidades atendidas eran las menos perentorias y más solemnes: creación de cargos, rendición de cuentas, juramento del corregidor, etc. Respecto a los Oficiales del Señor, el corregidor de Bizkaia nombraba al teniente de la merindad que debía de ser de allende el Ebro, el prestamero mayor del Señorío designaba al teniente prestamero y el teniente de merino era nombrado por el merino mayor que patrimonialmente era el conde de Aramaio. El Auditorio de Astola estaba servido en el siglo XVI por 12 escribanos, procuradores y letrados. En 1762 se formó una comisión a fin de determinar el número de escribanos reales que eran necesarios en cada lugar del Señorío; esta comisión determinó que en esta merindad hubiese uno, sin perjuicio de los escribanos de número que trabajaban ya en ella. En las juntas generales de Gernika, celebradas en el mes de julio de 1800, se determinó que en esta merindad hubiese sólo dos escribanos: uno, al servicio de Abadiño, Bérriz, Garai, Zaldua y Mallabia; y el otro, para Axpe, Arrázola, Apatamonasterio, Mañaria, Izurtza y Marzana. La unión definitiva de esta merindad al Señorío tuvo lugar en el siglo XIII. Aun así, la merindad de Durango no dependía económicamente del Señorío ni acudía a las Juntas de Gernika hasta la escritura de 1628. Este año se adjudicaron a Durango sólo dos votos que en 1740 fueron aumentados en tres más. La jurisdicción ordinaria en lo civil y en lo criminal correspondía a un teniente de corregidor. Las apelaciones podían ser hechas al corregidor o al juez mayor de Bizkaia. Esta merindad constituía por ello un caso único en el Señorío. A partir de 1628 la merindad participó, pues, en el gobierno del Señorío mediante escritura pública en la que se estipularon derechos y obligaciones. En 1630 se constituyó el Regimiento único por lo que el Duranguesado dejó de asistir a los Regimientos del Señorío, villas y ciudad, Encartación y Merindad de Durango.