Los apellidos vascos aparecen usualmente transcritos en grafías no enteramente adecuadas, lo cual dificulta cualquier consideración etimológica. En los topónimos, al menos en la zona de habla vasca actual y en sus proximidades, queda una posibilidad de control, pues tienen usualmente dos formas: la oficial -la forma escrita- y la popular. Pero en los apellidos, al menos entre nosotros, la pronunciación sigue generalmente a la grafía: Arocena, por ejemplo, se pronuncia Arozena, aunque todos tienen más o menos conciencia de su relación con(h)arotz. El sistema español de trascripción es deficiente en un aspecto. S y z (c)representan tanto sonidos africados (ts, tz) como espirantes (s, z). Esto ocurre ya en documentos medievales. En Lasa s está por ts (vasc. latsa), mientras que en Echenagusia indica una s (vasc. nagusi): sólo en documentos navarros se distinguen parcialmente ambos tipos. En los apellidos vasco-franceses se hace mejor esa distinción. Hay que advertir que en ellos x representa generalmente ts y sólo en apellidos suletinos se lee ch la final - ix (Samacoix, etc.). Por el contrario no se manifiesta siempre la diferencia entre s y z vascas, y es corriente el uso de s (ss entre vocales) para transcribir la última. La razón de esto es que la s vasca corresponde en líneas generales a la s española, mientras que la z vasca se aparta sensiblemente de ella; ésta corresponde, por el contrario, en términos generales a las s francesa, mientras que la s vasca es claramente diferente. De aquí las grafías como Elissague, Elissamburu, etc. Con respecto a las vocales finales, las formas vascofrancesas se apartan mucho más de las vascas.
Dejando aparte particularidades gráficas como la vacilación entre ou y u para transcribir la u vasca, varias vocales finales (a, o, u) se han sustituido por e, sea ésta influencia propiamente francesa o bien gascona, como quería Gavel, la mejor autoridad de la materia: - boure por - buru, - ague por - aga, etc. En formas medievales u entre vocales corresponde a v o b en la escritura posterior. Otras particularidades que no sé hasta qué punto son puramente gráficas -en parte representan sin duda detalles de pronunciación-, son la frecuente sustitución de z por s ante p, t, k (hay también casos bastante abundantes de alternancia entre s y z en otras posiciones) y la desaparición de i consonante entre vocales (Ibaeta de ibai-eta, etc). Es sabido que la acentuación española de estos apellidos no es fija en muchos casos. Así hay una tendencia marcada en Álava y Bizkaia a pronunciar esdrújulos apellidos (o nombres de población) que en Gipuzkoa. y Navarra se pronuncian como graves.