En 1918 se había creado Eusko-Ikaskuntza con la decidida vocación de recoger el espíritu e incluso la estructura de la RSBAP. Fue tras la dispersión de esta entidad y tras la guerra de 1936-1939 cuando, a comienzos de los 40, un grupo de amigos centrado en torno a la Biblioteca de la Diputación de Guipúzcoa y de su archivero Fausto Arocena (José Berruezo, Joaquín Mendizabal, conde de Peñaflorida, Gonzalo Manso de Zúñiga, Joaquín Yrizar, Mariano Ciriquiain Gaiztarro) ideó poner nuevamente en marcha la Sociedad. Se visitó a Julio de Urquijo y la aquiescencia de éste completó el proyecto. Los tiempos eran difíciles dado el escaso trecho trascurrido desde la guerra y las suspicacias que despertaban los estudios vascos. En 1943 José María Areilza invitó a los promotores y al gobernador civil de Gipuzkoa, Rodríguez de Miguel, a una reunión privada en su casa en la que se planteó el reinicio de las publicaciones. La autorización se consiguió con la condición de que la entidad figurara como "Sociedad de Amigos del País, delegada en Guipúzcoa del CSIC de Madrid". A comienzos de 1945 se constituyó la sección guipuzcoana y apareció el n.º 1 del Boletín, al que, más adelante, se sumarían las revistas Egan (poesía en euskara) y Munibe (Grupo de Ciencias Naturales Aranzadi). Dicho año el CSIC confió su delegación en la provincia a la misma.