Estamos en el siglo XIV siglo inquieto, nervioso, siglo de transición al que R. Pernoud califica de "visagra de dos mundos". En la Baja Navarra el comienzo es tranquilo pero, hacia la década de los treinta estallan las feroces guerras de bandos que se convertirán en endémicas y han de prolongarse hasta finales del siglo XVI. Los prolegómenos pueden observarse en las ordenanzas que Amanieu, señor de Albret, dicta en 1316, con la aprobación de la Corte General de Mixe, sobre violencias y robos efectuados en este valle. En 1319 los tres estados de la Baja Navarra juran fidelidad a Felipe el Largo y en marzo de este año lo hace Amanieu por los castillos de Garris, Mixe y Ostabarret.
Los burgueses de Labastide-Clairence disputan a los labradores del valle de Arberoa los términos jurisdiccionales hasta que en 1321 se otorga sentencia conciliadora entre ambos contendientes. En 1326 y 1329, Guitam, vizconde de Tartas heredero de Amanieu de Albret, presta homenaje a Carlos I de Navarra por Garris y castillo de Mixe y Ostabarret. San Juan de Pie de Puerto es confirmado en sus fueros (1329) por la reina Juana II; su carta -el fuero de Bayona- se había quemado así como la mayor parte de la villa en el incendio acaecido no hacía mucho. En septiembre de 1329 Arnaldo Guillermo de Agramont renueva su homenaje por Bidache y recibe el peaje íntegro de Roncesvalles. Los de Baigorry consiguen en 1331 una rebaja en la pecha mediante carta dada en Olite por la reina Juana.
Como ya se dijo, tanto agramonteses como luxetanos o beamonteses tienen su origen en la Baja Navarra, en la familia vizcondal de Dax. Las parentelas de Luxe y Agramont se enzarzan en luchas interminables a pesar de las amenazas reales. En 1334, Johan de Rossa, castellano de San Juan de Pie de Puerto, acompañado de jinetes y peones, gestiona la prolongación de las treguas entre los parientes mayores. Estas eran inestables a pesar de que la reina amenazaba a ambos bandos -Laxague, Luxe y Belzunce por un lado, Saltu, Garro, Agramont por otro-, con penas corporales y pérdida de bienes. En 1335 se repite la gestión. Ambos cabezas de linaje constituyen el armazón político, junto con el castellano de San Juan, de Ultrapuertos; ambos acuden, junto al castellano y al concejo de San Juan, a las Cortes que se convocan a la muerte del lugarteniente del reino (1339); ambos tienen que estar presentes para que la Corte General de Mixe celebre sesión, etc.
Entre el 8 de junio y 25 de diciembre se rompe el fuego nuevamente. Desde la capitalidad del reino acuden tropas para tomar posesión de los castillos de Garris, Rupefort y Rocabruna. El baile de Ultrapuertos, Egidio Garcia de Yaniz, penetra en dichas tierras con 9 caballeros y 80 infantes para castigar a los banderizos que hallan fácil refugio en tierras aquitanas en lucha contra el rey de Francia.
Egidio Garcia escoltó al vizconde de Thoart que no se atrevía a hacer el camino hasta Sauveterre del Béarn e hizo otro tanto con el señor de Monfterrand que se dirigía temerosamente a Bayona, plaza inglesa entonces. Los disturbios siguen en 1340, a ño en que se envían emisarios a los barones y merinos del reino para que alisten armas, caballerías y mesnaderos para acudir a Ultrapuertos. Pero la monarquía medieval nunca pudo acabar con las banderías por carecer de ejército propio permanente y, claro está, artillería.
Al año siguiente se envía a Maese Jacobo Licras, procurador de Navarra, para poner paz entre Agramont y Luxe. El primero fue condenado al destierro y encartado, pero las tropas enviadas para llevar a efecto la condena fueron hechas retroceder por orden del merino de la Ribera. No es de sorprender este tipo de contraórdenes en los años que reseñemos: si echamos una mirada al resto del reino, veremos que todo él se halla sacudido por luchas partisanas, agravadas por brotes de guerra en las fronteras con Aragón entre los de Sangüesa y los de Regal. También con Castilla hay sus más y sus menos -reclamación de las provincias vascas, Guipúzcoa, Alava, Rioja, Vizcaya, que el castellano tenía en su poder lo que contribuye a un empobrecimiento general, especialmente en Baigorry de donde emigran muchos labradores. Mientras Europa asiste a los inicios de la guerra de los Cien Años, el panorama en la Baja Navarra, como vemos, ofrece un aspecto pobre y desolado por la guerra, especialmente por la de bandos que prosigue durante el reinado de Carlos II el Malo.
El Príncipe Negro pasa por Ultrapuertos. Durante este reinado, Ultrapuertos es considerado ya como una merindad. El castellano de San Juan recibe el apelativo de "guardia de las tierras de Ultrapuertos", "gobernador de Aquent Puertos" o "baile de Ultrapuertos". En 1355 D. Carlos establece en San Juan de Pie de Puerto una feria el día de la Trinidad. En 1365 los clérigos bajonavarros se rebelan negándose a pagar impuestos al rey. D. Carlos encomienda al gobernador, Arnaldo Sanz de Liqueta, la ejecución de sus órdenes: amenaza de confiscación de bienes y toma de rehenes entre las barraganas (mancebas) del clero, con lo que se soluciona la crisis. Pero ocurren cosas peores: los angloaquitanos toman San Juan de Pie de Puerto.
Por el tratado de Bayona (1366), el rey navarro consigue que se la restituyan pero tiene que comprometerse a permitir el paso de las tropas del príncipe de Gales a la península donde Pedro I y Enrique de Trastamara luchan por la corona castellana. Por los puertos del Cize, calificados por Froissart "de umoult périlleux et très félons à passer, car il y a cent lieux sur ces passages que frente hommes les garderaient à non passer contre tout le monde", pasaron el duque de Lancaster, el condestable de Aquitania y sus señores, Chaudros, el principe de Gales y el rey Pedro I, el rey de Mallorca y sus respectivas tropas. En 1383, como consecuencia del Cisma de Avignon (1378-1417) al declararse los soberanos ingleses partidarios del Papa de Roma, la sede episcopal se escindió y un prelado disidente, Pedro de Sumalaga, se estableció en San Juan de Pie de Puerto con cuatro canónigos, donde constituyó un obispado bajo la obediencia de Avignon que había de durar hasta 1418.
A Pedro le había de suceder García de Eugui, capellán de Carlos II, siendo el tercer y último obispo Guillermo Arnaldo de Laborde que asistió al Concilio de Constanza y volvió a Bayona a ocupar la sede episcopal vacante a la muerte de Pierre de Mauloc. En San Juan de Pie de Puerto, una casa posterior (1585) recuerda la desaparecida morada de los obispos a cuyo costado se halla la "Prisión de los Obispos". En 1384 D. Carlos intenta conciliar a los bandos agramontés y beamont és convocando (2 de abril) a los jefes de ambos, Gramont y Luxe, y haciéndoles jurar que mantendrían una paz duradera, en la iglesia de Notre-Dame-du-Bout- Pont. La única consecuencia perdurable de este intento es, sin embargo, la ermita de San Antonio de Musculdy (Zuberoa), fundada en aquella ocasión como ofrenda de paz del país a nombre et reverencia del segnor Sant Antoni y en sufragio del alma de los muertos de uno y otro bando. La ermita ha perdurado hasta nuestros días, pero la paz, por no estar basada en fundamento real, apenas dura unos años y la guerra de bandos persistirá como un trastorno endémico en el viejo reino. La última visita de D. Carlos a Aquent Puertos es en 1386: gira por Roncesvalles, San Juan de Pie de Puerto, Saint-Palais, Sauveterre y nuevamente Saint-Palais.
La intervención navarra en los asuntos de Castilla. Carlos III el Noble se esforzó durante su reinado por pacificar losánimos de los enzarzados en las guerras de bandos. En 1388 había dotado al castellano de San Juan de Pie de Puerto de 40 hombres y 20 sirvientes para que pudiera mantener la paz en Ultrapuertos. Pero se mostró tan complaciente con la nobleza mediante dotación de mesnadas y remisiones de hidalgos, que sólo logró el efecto contrario, su robustecimiento. A su muerte (1425) le heredó su hija, Doña Blanca I, que había casado con el futuro Juan II de Aragón. Navarra se vio envuelta, por ello, en la guerra de aragoneses y castellanos, divididos éstos, a su vez, en partidarios o adversarios de D. Alvaro de Luna. En 1435 se hace una leva de bajonavarros con destino a las fronteras amenazadas del reino.
Afortunadamente, al año se proclama en San Juan de Pie de Puerto la paz con Castilla. Después de sucesivas treguas, se concierta, en 1437, la boda de la infanta de Navarra, Blanca, con el heredero de la corona castellana. Se cursan cartas desde la corte de Pamplona para Agramont y Luxe, así como para los gentilhombres de Iot (Iholdy), Armendarits, Cize y Garro, referentes a la renovación de treguas y gente a enviar. Juan II sigue su política de intromisión en los asuntos de Castilla. En la primavera de 1438 las guerras de bandos sacuden Ultrapuertos. D.ª Blanca I y su marido expiden en Olite (9 de abril) un decreto por el que se declara traidores a los bandos que prosigan en la lucha a partir de la promulgación. El 23 de junio los habitantes de San Juan de Pie de Puerto son remisionados de cuarteres en su tercera parte como recompensa a los buenos servicios efectuados a este respecto. Juan II traspasa, con sus tropas, las fronteras de Castilla para acudir en ayuda de los coaligados contra D. Alvaro de Luna. Pero una misteriosa alarma se produce el día 20 de julio: tanto el castillo de San Juan de Pie de Puerto como las demás fortalezas de Ultrapuertos son puestas en estado de alerta ante la invasión de gentes armadas que se anuncia de la parte de Bordalles (Burdeos?), encabezada por diversos barones y capitanes. La reina, D.ª Blanca, designa comisarios para la sexta merindad a Guillem Martin de Villava, procurador real, y a Bernart, señor de Arbouet, encargándoles tomar posesión de la tierra de Labastide-Clairence, con el bailiaje y jurisdicción de dicha villa. Les ordena colocar las armas reales en la misma y nombrar comisarios para la administración y defensa de dicha tierra. Los comisarios generales reciben también órdenes de reparar las murallas y fosos, hacer palençados, obligar a los habitantes a efectuar "velas et rondas et otros goaytes necesarios", se prevee la retirada de los ganados a lugares seguros y la quema de los trigales en los que los invasores pudieran abastecerse. Los hombres de Baztán, Aezkoa, Salazar fueron también puestos en pie de guerra para acudir en defensa de la Sexta Merindad...
Blanca I muere en 1447 dejando como heredero a Carlos, Príncipe de Viana. En 1451 mientras Carlos se halla de gobernador del reino, Juan II de Aragón vuelve a enredar a Navarra en las guerras civiles de Castilla. El Príncipe de Viana logra detener la invasión castellana mediante una entrevista. Parece ser que en ésta, D. Alvaro de Luna avivó el resentimiento del príncipe contra su padre; que había casado con la castellana Juana Enríquez sin ni siquiera dar cuenta al reino. La guerra civil no tarda en estallar (1452) cuando D. Juan envía como gobernadora de Navarra a la castellana, madre del futuro conquistador del reino, Fernando el Católico.
Agramonteses y luxetanos vuelven a luchar en la Alta y Baja Navarra. La villa de San Juan de Pie de Puerto, agramontesa en su mayoría, se declara a favor del rey de Aragón, Juan II. El señor de Luxe, que era por entonces gobernador general de Ultrapuertos, aprovecha la oportunidad para tomarla y ponerla a saco, con los beamonteses partidarios del Príncipe, pero, a su vez, es despojado por D. Gastón de Foix de buena parte de sus bienes. El Príncipe muere en 1461 Ahora es su hermana D.ª Blanca, la que estorba a los planes de su padre, de su madrastra y de su hermana D.ª Leonor, casada con D. Gastón de Foix. Repudiada por el rey de Castilla, Enrique IV, la infortunada princesa es secuestrada por su padre. En abril de 1462 pasa por San Juan de Pie de Puerto, rumbo a Orthez en cuyo castillo sería envenenada, por orden de su hermana Leonor, al cabo de dos a ños de sufrimientos. Fue en esta ciudadela bajonavarra donde dictó su última voluntad; en un rasgo de desesperación muy comprensible, hizo cesión y donación intervivos del reino de Navarra a su primo el rey de Castilla, Enrique IV, privando de la herencia a la ambiciosa D.ª Leonor. Firmado el documento el último día de abril, ingresó en el castillo de Orthez. Fue enterrada en el panteón de Lescar.
D.ª Leonor, hermana de Blanca, había casado, como ya dijimos, con D. Gastón de Foix, vizconde del Béarn. Después de intrigas y asesinatos, la pareja llega al trono en el que sólo se mantienen meses, ya que uno y otro mueren al poco. Les sucede Francisco Febo, el primer monarca navarro que fija su residencia en Pau, que muere al cabo de cuatro años, y luego, D.ª Catalina I, cuyo matrimonio con Juan de Albret es votado por los Estados del Béarn contra el deseo de muchos navarros. Vemos, pues, cómo el peso político del reino se ha desplazado al Béarn en un plazo relativamente corto. Durante su reinado amainan algo las banderías por la acción de las hermandades constituidas en Navarra a las que se da nuevo impulso en 1498. La merindad de Ultrapuertos posee tres presidentes de hermandad, el de San Juan de Pie de Puerto, el de Mixe y el de Cize.
En septiembre de 1512, toda Navarra, incluida Ultrapuertos, está en manos del duque de Alba. Para intimidar a la Sexta Merindad los castellanos queman Mongelos [20-IX-1512]. Los reyes, D. Juan y D.ª Catalina se retiran al Béarn acompañados de los caudillos agramonteses en busca de ayuda francesa. Por su calidad de vizcondes de Béarn residirán, de aquí en adelante, en Pau. Ocupada San Juan de Pie de Puerto (10 de septiembre), la más importante de las plazas militares de la Baja Navarra, Alba amenaza el reducto bearnés de los reyes Juan y Catalina. Pero el 24 de septiembre estalla un motín entre las tropas españolas acantonadas en San Juan que, cortadas del grueso del ejército, mal avitualladas, mal vestidas y continuamente mojadas por las torrenciales lluvias de aquel año, caían además víctimas de la peste.
Luis XII envía al general la Palice y al delfín Francisco, duque de Valois, en ayuda de los navarros que logran reconquistar momentáneamente (octubre 1512) la Baja Navarra que permanecerá, sin embargo, durante nueve años ocupada por los castellanos. La sorpresiva invasión produjo una momentánea unidad entre agramonteses y luxetanos; éstos últimos, encabezados por Juan IV de Luxe, permanecieron fieles a sus legítimos soberanos, conducta que, como sabemos, no adoptaron sus filiales los beamonteses agrupados en torno al Conde de Lerín. La Baja Navarra se somete al poder castellano hacia 1513; esta tardanza obedece no sólo a motivos de cercanía al Béarn, refugio de Juan y Catalina, sino también al hecho decisivo de la mucho menor importancia del bando luxetano, y a su fidelidad. Sólo después de ocupada la sexta merindad, los nobles bajonavarros negocian con el ocupante.
Ante el marqués de Comares, virrey de Navarra, prestan juramento de acatamiento en el cuartel general de San Juan de Pie de Puerto, el 5 de junio de 1513, los siguientes señores: Beltrán de Armendarits, Juan de Belzunce, Francés de Armendarits, Jaime de Laxague, Jaime de Saint-Martín de Arberoa, Juan de Apat, Arnauld de Lascor, Beltrán de Béhasque, Per Arnauld de Aguerre, Juan de Aramburu, por sí y en nombre de Joanot de Irigoyen y del caballero de Elizeche. Como vemos, no figura entre los claudicantes el señor de Luxe, cabeza del bando beamontés. Los diputados de San Juan de Pie de Puerto asisten este año a las Cortes de Pamplona así como en 1515. En 1514 el virrey, marqués de Comares, acomete la reorganización de la hacienda navarra, en especial en lo referente a la percepción de impuestos.
Por carta del 15 de marzo de 1514 amonesta a Bernat de Aramburu, abogado de la Corte Mayor y comisario real, por el retraso en la recaudación de impuestos por los oficiales encargados en "la provincia de Bascos". En carta del día 20 se pasa a las amenazas, pero los diputados de las tierras, villas e hidalgos se negaron a pagar los tributos correspondientes a 1512 alegando que les había sido perdonado como indemnización de guerra. El baile de Mixe, el procurador de los Luxe, el de los Agramont, el señor de Uhart, el de Arberats, el de Aguerre, el de Behascun, otros gentil- hombres y de 600 a 700 hombres de la tierra alegan unánimemente la no procedencia de la orden, así como los de Iholdy, Armendarits y Labastide-Clairence Ignoramos sise salieron con la suya.
En 1516 el mariscal Pedro de Navarra penetra en la Alta Navarra a través del Roncal con 1.200 soldados entre bajonavarros y bearneses; muchos de éstos abandonan la empresa pero 120 roncaleses se suman al mariscal al que ayudan en el encuentro con el ejército castellano del coronel Villalba, siendo derrotados el 23 de marzo de 1516 en Isaba. San Juan de Pie de Puerto, ocupada por una guarnición castellana, es sitiada por las tropas de Juan de Albret, infructuosamente. Dos a ños más tarde el concejo de San Juan de Pie de Puerto entabla pleito con la monarquía extranjera a propósito de la capacidad de ejercicio de la jurisdicción criminal por parte de los jurados de la villa. En la información testifican una serie de ancianos, el merino de San Juan, Petri de Soraburu, varios hidalgos entre los que destaca el vizconde de Echauz, el alcalde de Cize, etc.
Se produce aprovechando las rivalidades de los reyes francés y castellano respectivamente y la sublevación de las Comunidades. Reinaba ya Enrique II de Navarra. A las tropas bearnesas y navarras se unen las de Francisco I de Francia al mando de André de Foix, señor de Esparros y hermano de Lautrec. San Juan de Pie de Puerto es recuperada el 15 de mayo de 1521 Sigue el resto de la Baja Navarra y luego la recuperación de todo el reino, incluida Pamplona.
Un ejército de alrededor de 12.000 hombres atraviesa los puertos pirenaicos y asedia la ciudadela de Pamplona. En el interior, un joven guipuzcoano, Ignacio de Loyola, lucha por los reyes de Castilla. La ciudad es reconquistada por los navarros; Ignacio, herido en ambas piernas es evacuado a su villa natal. Pero una incursión arriesgada de Esparros en tierras de Castilla echa por la borda las esperanzas navarras. Tras la derrota de Noain (30-VI-1521), Barbatain y Ezquiroz, los castellanos toman Maya, último reducto altonavarro. Las primeras Cortes en el exilio se reunen en Saint-Palais, el 28 de agosto de 1523, en la iglesia de San Pedro; Enrique II jura los fueros y recibe el juramento de fidelidad de los tres Estados. En revancha, Carlos V envía una expedición punitiva al mando de Filiberto de Chalon y Fernández de Velasco. Las columnas del Emperador entran en la Baja Navarra en 1523 y toman a saco las villas bajonavarras, suletinas y bearnesas de Navarrenx, Sauveterre, Sordes, Hastingues, Mauleón, Garris y Bidache. Los castillos de Guiche y Bidache fueron incendiados por las tropas castellanas.
Carlos V fue aconsejado en esta expedición por el noble bajonavarro de Luxe; al desalojar el Emperador sus tropas, D. Enrique decreta, por cartas patentes del 2 de mayo de 1524 la confiscación de todos sus bienes y el arrasamiento de su castillo. La batalla de Noain dio fin al período de reivindicaciones armadas del reino; de ahora en adelante, el derecho de los monarcas navarros se basará puramente en alegados morales y de jurisprudencia, además de una serie de negociaciones, que nunca cuajaron en nada real, y las intrigas y conspiraciones urdidas para casar a la heredera, D.ª Juana, con distintos príncipes europeos, entre ellos con Felipe II. Por otra parte, muchos nobles agramonteses altonavarros que, fieles a sus reyes, les habían acompañado al Béarn, habían vuelto a sus antiguas tenencias y, tras cumplir el trámite del juramento a Fernando, iban siendo reincorporados a sus cargos, bienes y posición. Algunos nobles bajonavarros siguieron gozando de sus bienes altonavarros, como en el caso de los Garro, pero, a la postre, tuvieron que venderlos. El castillo de Bidache se reconstruye en 1530.