Las negociaciones previas al tratado de Maastricht, que creó la Unión Europea, forzaron una seria reflexión en la sociedad vascofrancesa (Ipar Euskal Herria). En su condición de área fronteriza la construcción del mercado interior y la inevitable abolición de las fronteras dentro de la Unión ofrecía importantes peligros y oportunidades. Por un lado, se desmanteló todo el entramado económico que vivía de la frontera, lo que causó desempleo y obligó a reconvertir a cientos de personas. Por otro lado, la libre circulación de personas establecida por el Acuerdo de Schengen facilitó enormemente las relaciones físicas entre ambos lados de Euskal Herria, y esta ventaja se intensificó cuando entró en vigor la moneda única, el euro, mejorando las condiciones para los intercambios.
El análisis de estos grandes cambios se plasmó en el documento estratégico "Pays Basque 2010", que advertía del riesgo de que el territorio vasco en Francia quedase marginado en la periferia del nuevo y enorme mercado que se estaba creando si no se articulaba correctamente, se dotaba de instituciones propias y usaba su identidad distintiva como un valioso recurso de desarrollo endógeno (Ahedo 2002). El documento se hizo público en febrero de 1992, exactamente a la vez que se firmaba el tratado de Maastricht, lo que indica que se elaboró a la vez que las negociaciones que desembocarían en dicho tratado.
Este documento fue el punto de arranque de un potente movimiento a favor del Departamento vasco, uniendo los grupos que en los 80 apoyaban el departamento y los que defendían un departamento con verdadera autonomía. Uno de los mayores logros fue que cientos de personalidades de Iparralde fueron capaces de "consensuar una definición compartida sobre la problemática económica, territorial, social y cultural del Pays Basque" (Ahedo 2002:217-221, 246 y 585; Ahedo 2005). Dentro de esa estrategia general la cooperación transfronteriza pasó a ser un elemento de gran interés.
Simultáneamente, en Hegoalde los gobiernos de la Comunidad Autónoma Vasca y de la Comunidad Foral Navarra también llegaban a la conclusión de la necesidad de crear espacios de colaboración económica y política más amplios, aunque el gobierno navarro se descolgó de la cooperación a tres por sus diferencias ideológicas con el gobierno vasco. De modo que la cooperación transfronteriza vasco-aquitana se vio tremendamente impulsada en los años 90, dentro de una tendencia general europea que además ha ido contando con crecientes recursos comunitarios (De Castro 1994; Letamendia 1998; Bray 2004; Filibi 2008). La última evolución de esta cooperación es la creación de la Conferencia Euro-regional, en la que participan todos los agentes institucionales y políticos de Iparralde y Hegoalde, entendiendo que constituye el único medio para superar las dificultades de la profunda asimetría en la capacidad política y los recursos disponibles en las instituciones de ambos lados.
En este sentido, la integración europea afectó decisivamente al nacionalismo vasco de Iparralde, al modificar su estrategia y variar su discurso para aglutinar fuerzas y, en cierto sentido y a pesar de ser minoritario, liderar el proceso de cambio que demandaba nuevos mecanismos institucionales y una reactivación de la identidad vasca como herramienta imprescindible de desarrollo.