La fuerza de la identidad vasca se establece sobre la idealización de la sociedad vasca tradicional y agrícola, rural, con la exte, con sus leyes de herencia específicas, las solidaridades tradicionales de valles o de pueblos que celebró la literatura costumbrista y el cine contemporáneo. La agricultura vasca juega un papel importante en lo que define la propia identidad vasca, un papel que transciende el peso real de la agricultura en el sistema productivo de Iparralde. En efecto, el peso económico de la agricultura en el País Vasco es del 6,5% de la población activa; el 93,5% restante se reparte entre la industria (21%) y los servicios (72,5%). La agricultura vasca en Iparralde se apoya sobre más de 5.000 explotaciones de tamaño pequeño (23 hectáreas de promedio), de policultura con una dominación de las producciones ovinas. Desde la modernización de Iparralde a partir de los años sesenta, el numero de trabajadores no dejó de bajar: el sector contaba 7.800 empleados en 1990 y 6.300 en 1999. Juega sin embargo un papel importante en las zonas más lejanas de la Costa vasca: Behe Nafarroa y Zuberoa, donde la agricultura sigue estructurando las actividades económicas en la agro-industria (que representa casi 3.000 empleos en Iparralde en 2004).
Hasta los años ochenta, la FDESA no sufre competencia. Sigue siendo el sindicato mayoritario y monopolista de los intereses locales. A partir de 1982-83, los que contestan el modelo defendido por la FDSEA abandonan el sindicato para apoyar Euskal Herriko Laborarien Batasuna (ELB), que muy pronto se aproxima a la Confédération paysanne. Rápidamente obtiene resultados sobresalientes en las elecciones para la Chambre d'Agriculture des Pyrénées Atlantiques: en la parte vasca del departamento, ELB recoge el 29% de los votos en 1983, el 41% en 1989, el 51,5% en 2001. A partir del año 2000, ELB es mayoritario en Iparralde, superando los resultados de la FDSEA. La puesta en minoría de la FDSEA en el País Vasco aparece como un argumento más para legitimar la creación de una Cámara de Agricultura especifica del País Vasco, antigua reivindicación de los años sesenta. Sobre todo, en el contexto de la época, son dos representaciones de la agricultura las que se enfrentan: el modelo vasco, abertzale y altermundialista frente al modelo tachado de productivista e intensivo de la FNSEA-FDSEA. Aunque se encuentra representado en la Cámara de Agricultura de los Pirineos Atlánticos, ELB reivindica oficialmente en el 2001 la creación de una Cámara de agricultura vasca que rechace la FDSEA. Para apaciguar a los miembros del ELB, el Estado francés elabora a través de los representantes del Estado, del prefecto de los Pirineos atlánticos (préfet) y del subprefecto de Baiona (sous-préfet), un organismo dedicado al diálogo sobre el tema agrícola en el País Vasco (Instance de Concertation Agricole du Pays basque, ICAPB) en la que participan el ELB y la FDSEA para gestionar las cuestiones agrícolas vascas. Sin embargo, los miembros de ELB dimiten de la misma en 2003 por falta de competencias reales. En enero de 2005 el ELB funda su propia Cámara de agricultura alternativa, más conocida como Euskal Herriko Laborantza Ganbara.
La emergencia de una alternativa fuerte al monopolio de la FDSEA redefine el papel de la FDSEA. Potente a nivel político y administrativo, la FDSEA sigue controlando las decisiones. La llegada del nativo de Baigorri, el vasco Michel Anxolabehere como presidente de la Chambre d'Agriculture des Pyrénées Atlantiques en 2007 no cambia el papel del sindicato. Presentado como el renovador de la federación en el País Vasco frente a la competencia del ELB, Jean-Michel Anxolabehere mantiene el control de la institución departamental en las elecciones del 2007, donde la FDSEA consigue el 54,5% de los votos y 17 escaños frente al 21,7% y 2 escaños del ELB.
En los años 2000, la crisis de la leche, la fiebre catarral y el balance de la PAC concentran las actividades de la FDSEA. El presidente de la FDSEA 64, Henri Bies-Péré prepara a los afiliados para los cambios anunciados por la Unión Europea: apoyo a las grandes producciones pero también cuidado de la comunicación hacia los consumidores. Así en 2008 la FDSEA organizó "Nos terroirs en fête" en Anglet, el correspondiente de Lurrama, un "salón de la agricultura vasca",organizado desde 2006 por la Euskal Herriko Laborantza Ganbara y el ELB. Como a nivel nacional, dice henri Bies-péré, presidente de la FDESA 64: "Nuestra meta es crear lazos, comunicar sobre las actividades de agricultores modernos en el mundo de hoy, para que tengan confianza en su trabajo y su profesión".