La FNSEA defiende una organización territorial piramidal estructurada sobre la organización política y administrativa gala. Su organización se estructura sobre 20.000 sindicatos locales que, según los territorios, son de nivel municipal (communales) o inter-municipal (intercommunales) que participan en el sindicato a través de las cotizaciones remitidas a la federaciones y uniones de departamentos (FDESA/UDSEA). Asimismo, las 94 federaciones y uniones cotizan a la Federación Nacional de Sindicatos de Explotadores Agrícolas (FNSEA). Sin embargo, las federaciones departamentales preservan cierta autonomía de acción. Aunque adhieren también a federaciones de nivel regional (FRSEA), a partir del desarrollo de la "descentralización" de la década de los 1980, la FRSEA juega un papel esencial en materia de coordinación de competencias de los departamentos.
A esta estructura vertical, se le añade una estructura territorial horizontal que representa a los agricultores, con 36 asociaciones especializadas que defienden los intereses económicos y técnicos por sector de producción y a través de cuatro secciones sociales: las mujeres agricultoras, los propietarios, los granjeros y los jubilados. Históricamente, la FNSEA dispone de una red de federaciones potentes sobre todo el territorio galo. Económicamente, las asociaciones (trigo, maíz, remolacha, oleaginosos) más potentes orientan las direcciones de la comisión económica del sindicato: la más influyente es la Asociación general de los productores de trigo y otros cereales (AGPB) y a nivel europeo, la FNSEA defiende particularmente los intereses de las grandes explotaciones de la región parisina, dejando de lado a los ganaderos.
Hoy en día, la FNSEA reivindica 320.000 miembros sobre 764.000 agricultores, es decir, el 42% de los agricultores franceses. Sin embargo, está más representada en unas regiones que en otras: está más presente en la Vendée o en el Aveyron y en los Pirineos atlánticos, aunque menos en Iparralde donde le supera el sindicato (Unión de los Campesinos del País vasco, ELB). No obstante, en los departamentos, la participación de los afiliados es poco importante y por eso valoran el trabajo local, en los municipios y comarcas. Anima a sus redes locales a invertir en los lugares de poder muy localizados (Intercommulalités, Cámaras de agricultura...) fuera de las elecciones internas (equipos y consejos de administración) que suelen organizarse cada tres años.