1236. Recibe el título de villa de manos de D. Lope Díaz de Haro y D.ª Urraca. 1269. Lope Díaz de Haro y D.ª Urraca autorizan la supresión de cinco cabañas en Albóniga. Los puertos Mayor y Menor pueden ser cerrados con cadenas. 1277. Los bermeanos no han de pagar portazgos más que en Sevilla, Toledo y Murcia. 1282 D. Sancho, mediante petición de D. Lope Díaz, Señor de Vizc, expidió carta para que a los de Bermeo no se les impidiese hacer salazones en los puertos de Galicia y Asturias. 1285. Privilegio por el que los de Castro, Laredo y Santander no obliguen a los de Bermeo a pagar portazgo. 1289. Privilegio para que tampoco lo hagan los de Vitoria y Orduña. 1296. Privilegio para que no pudieran ser encarcelados por deuda ni por fianza los vecinos de Bermeo ni enagenadas sus mercaderías.
1301 Diego López de Haro concede el privilegio de celebrar todos los sábados un mercado franco en el lugar del cementerio de la ermita de la Atalaya de Bermeo. 1307 Fernando IV confirma la exención de portazgo excepto en Toledo y Murcia. Los bermeanos tienen libre entrada en Sevilla que había sido conquistada por Fernando III con ayuda de navíos bermeanos y privilegio de pescar y salar el producto en todo lugar dependiente del rey castellano. 1309 D.ª María Díaz de Haro faculta a los habitantes de Bermeo para que oigan en Bayona, junto con los Comisarios castellanos e ingleses, a todo el que se queje sobre robos, muertes y daños. 1313 D. Juan de Haro dicta que no se pueda matar ni deshonrar a ningún vecino sin ser desafiado antes ante las Juntas de Guernica, notificado en la Iglesia Mayor y dado un plazo de nueve días 1334 Se dictamina que los bilbaínos sean emplazados ante los alcaldes de Bermeo. 1334 Alfonso XI intenta apoderarse de Vizc. para lo que asedia el castillo de San Juan de Gaztelugatxe. A los 30 días de asedio se tuvo que retirar. 1344 Bermeo manda a Martín Juan Arrescurrenaga como delegado al puente de Fuenterrabía donde se reune con los comisarios castellanos e ingleses y Juan Núñez de Lara para solventar algunas diferencias con Bayona y Biarritz. 1347. Incendio de la villa. 1351 Un delegado de Bermeo asiste a Londres para firmar un tratado de paz entre Inglaterra y la marina vasca. 1353 De esta fecha datan las Ordenazas de la Cofradía de San Pedro de Bermeo de relevante valor para la navegación. El rey de Inglaterra, Eduardo III, accede a negociar una tregua con los bermeanos en el puerto de Swyne. Se firma un tratado de paz en Fuenterrabía entre Bayona y Biarriz por una parte y Bermeo y otras villas por otra. 1356. El rey Pedro el Cruel perdona a los bermeanos y a D. Tello, Señor de Vizcaya, los de servicios de que había sido objeto. 1393. Marinos de Bermeo toman parte en la exploración de la costa occidental de África; traen a su regreso 160 indígenas con sus respectivos rey y reina. 1358· Se concede a los bermeanos que puedan traer cualquier mantenimiento sin pagar diezmos. Pedro I de Castilla, el Cruel, persigue a su hermano D. Tello, señor de Vizcaya D. Telo huye desde Bermeo en una embarcación ligera. Pedro I, en otra, le persigue hasta la altura de Lekeitio. D. Tello se refugia en Laburdi. 1360. Nuevo incendio de la villa. 1362. Contrato de paz y amistad con Inglaterra. 1367. Enrique II permite a los de Bermeo salar en Galicia y Asturias así como que ninguno de ellos pueda ser prendido y embargado por deudas a los Concejos. 1388. Tratado de Bayona. 1393· Enrique III jura en la iglesia de Santa Eufemia de Bermeo el fuero, privilegios y franquezas de Bermeo y de las demás villas de Bizkaia.
1405 El rey de Inglaterra ordena la devolución de tres naves que habían caldo en manos de los corsarios ingleses: el «San Juan» con carga mixta, el «Santa Catalina» con vino y el «San Juan» con ochenta toneladas de hierro. El «San Juan» y el «Santa María» con otros cuatro barcos más de Bermeo son apresados por Harry Pay. 1406 En el testamento que otorgaron Gómez González de Butrón y su mujer doña María Alfonso de Mújica, esta señora entrega al monasterio de San Francisco de Bermeo, entre otras cosas: «un cáliz de plata que cuesta hasta quince corones de oro; cincuenta coronas de oro para un añal de misas por su alma; su parte en la Rueda de Sancho (molino) de Baquio; la mitad de la caseria «Dudayaga», la mitad del ganado vacuno y porcino de dicha caseria»... «que esto aya el dho monasterio para siempre jamás». Y manda digan una misa perpetua por su alma a los frailes de dicho monasterio «que agora son e serán de aquí adelante». 1407-10. El Cabildo de Bermeo seguía disfrutando de la merced que Enrique III les hizo de cuatro mil maravedís por juro de heredad anualmente. Esta merced era en concepto de «los derechos de las alvalaes del fierro que se labran en las ferrerías de Vizc.». Los frailes de Bermeo les traspasaban otros cinco mil anuales por la edificación del convento mandado edificar por D. Tello, para que se consintiera «que se fundase e fiziese e fuesse hecho en la dicha villar». 1407 Doña Catalina de Lancaster, regente, jura los privilegios de Bermeo. 1422 Nuevo y voraz incendio de la villa. 1425 D. Juan II manda que se aplique al Cabildo Eclesiástico de Bermeo en calidad de donativo la cantidad de dos mil maravedís que disfrutaban el guardián y frailes de San Francisco. 1427. Luchan en Bermeo los banderizos Fortun Sánchez de Olavarrieta y Juan Ortiz de Arescurenaga. Los dos linajes más importantes de la villa hablan sido los Asoaga y los Apioza, dividido el primero más tarde en el de Arilza, Almenduru y Aróstegui. Estas cuatro familias se habían distribuido el municipio. La familia de Butrón acudió en ayuda de los Arescurenaga y la de Arteaga en ayuda de los Olavarrieta. El corregidor Juan Martínez de Burgos fue herido por los Arescurenaga y muerto más tarde en la junta de Arbildo. 1441 Por súplica del procurador de la villa, Pero Ibáñez de Meauri, D. Juan II confirmó los fueros y libertades de Bermeo. En esta confirmación incluyó una general de los fueros de Vizc. recordando su parentesco con D. Diego López de Haro, séptimo señor de Vizc. (1237-1254). 1443 El San Antonio de Bermeo es asaltado por los piratas ingleses y llevado a Dwelling. 1443. Bula del papa Eugenio IV para que se observe la paz establecida entre los religiosos de San Francisco y los clérigos del Cabildo eclesiástico de Santa María, 1445. Confirmación del privilegio de que los maravedis que se cobran en calidad de donativo no se incluyan en el pedido de la villa. (Enrique IV). 1446. Entran en Bermeo los de Abendaño y Arteaga con la ayuda de los Aróstegui. Al día siguiente entran los de Butrón, expulsan a los primeros, incendian y roban. 1447. Es apresado el barco «Juan» de Bermeo por los piratas ingleses. 1449. François Martín de la Rochela apresa el ballenero de Juan Perez de Larrauri que más tarde es devuelto por imposición judicial. 1450. Unos bermeanos roban cerca de la Rochela los barcos de unos mercaderos de Rouen. 1452. Enrique IV ordena que se castigue a algunos marineros de Kinsale por haber apresado una carabela de Bermeo que llevaba hierro, sal y vino. 1457. Enrique IV jura en la iglesia de Santa Eufemia los fueros y libertades de Bermeo. 1470. Para aliviar un tanto la creciente despoblación Enrique IV disminuye en un 50 % el pedido con que Bermeo contribuye a La tesorería del señorío, que era de 90.000 maravedís viejos. 1472. Isabel I anula esta concesión. 1475. Isabel I pide a Bermeo junto con Bilbao y Portugalete que apareje naves para la guerra con Portugal. 1476. Fernando el Católico jura los fueros en Guernica y llega a Bermeo donde confirma el título de «Cabeza de Vizc.» para la villa; este privilegio fue abolido por el Señorío en 1602 «por ser contra el honor y antigüedad del Infanzonazgo» o tierra llana. Este título constaba de antiguo, figurando ya en las Ordenanzas de la Cofradía de San Pedro. 1481. Alfonso de Quintanilla, en nombre de Doña Isabel, señora de Vizc., jura, en la iglesia de Santa Eufemia, guardar y conservar todos los privilegios y mercedes de Bermeo y demás villas del Señorío. Se emitió el juramento ante la hostia consagrada tenida por D. Martín de Arriaga, cura y beneficiado de la villa. Estaban presentes: el corregidor Lope Rodríguez de Logroño, el prestamero Rui Díaz de Artibas, Fortún García de Arteaga, preboste de Bermeo, Martín Ibáñez de Ibieta y Juan Iñiguez de Aróstegui, alcalde ordinario de la villa; y los procuradores de la villa de Bilbao. Había representantes de Bérriz, Durango, Lequeitío, Orduña, Valmaseda, Ondárroa, Plencia, Portugalete, Munguía, Larrebezúa, Guernica, Rigoitia, Marquina, Ermua, Elorrio, Guerricaiz, Miravalles y Villaro. Asistía también el procurador general de las villas y ciudad del señorío Juan Pérez de Arnabi. Actuaron en este juramento y su escritura Luis del Castillo, escribano de la Cámara real, Martín Ochoa de Urista, escribano de igual clase y Fernando Albar, secretario de su alteza. Este día 7 de abril de 1481, con motivo del juramento emitido en la iglesia juradera de Santa Eufemia hubo regocijos y fiestas públicas. 1483. Estancia de Isabel I en Bermeo y visita a Izaro. 1488. Los Reyes Católicos disponen que no se exija a la villa contribución mayor que la correspondiente a las fogueras y vecinos que tuviere. 1489. Isabel I confirma el privilegio que ningún vecino de Bermeo ni extranjero pueda ser prendido ni enagenadas sus mercancías salvo en caso de deudas propias o por fianza.
1517. Bizkaia suministra naves para la Cruzada del Papa León X contra Selin I; parte de ellas son fabricadas en Bermeo. 1518. Expedición de Magallanes y Elcano: participan varios bermeanos entre ellos el contramaestre Juan de Acurio. 1546. Carlos V confirma la prerrogativa que tenía Bermeo de que ninguno de sus vecinos pudiere ser prendido ni sus mercaderías enagenadas si no fuera por deuda o por fianza. En el mismo caso se hallan los extranjeros que estuvieran en el término municipal de la villa. 1547. El 6 de diciembre de 1547 se firmó una concordia entre Bermeo, de una parte, y Elanchove e Ibarranguelua de otra para solucionar el conflicto ocasionado por una ballena pescada por los últimos y reclamada por Bermeo. 1565. El marinero bermeano Juan de Camus que toma parte en la expedición de Legazpi a Filipinas encuentra la imagen del Santo Niño del Cebú, origen de una difundida devoción en las islas. 1596. Aparece ante Bermeo Francis Drake con catorce naves de corsarios. Es asaltada la isla de Izaro e incendiado el convento de franciscanos. Los corsarios saquean el recinto y mutilan las imágenes. Luego suben a San Juan de Gaztelugatxe, saquean la iglesia y despeñan al ermitaño. 1614. Es enviado el Juez Mayor de Bizkaia a Bermeo para que investigue sobre los límites y la jurisdicción de la villa ya que la ejercía esta última sobre Arrieta, Meñaca, Busturia, Pedernales y Murueta.
En 1722 tiene lugar un nuevo incendio de la villa. Comienza en la casa de Aróstegui propagándose luego el fuego a las casas vecinas de las cuales arden completamente cuarenta y dos. Desaparecen veintiun sacos de privilegios de los archivos municipales. A finales del siglo XVIII (1795) son colocadas varias baterías en Tompon Nagusi con objeto de defender la bahía contra piratas y corsarios. El puerto es dotado también con tres de ellas. Dieciséis marinos de Bermeo toman parte en la batalla de Trafalgar (1805). Durante las guerras napoleónicas es incendiado (1812) el convento de San Francisco de Extramuros por las tropas inglesas. En agosto de 1834, es decir, durante la primera guerra carlista, Bermeo es atacado por los carlistas, que no consiguen apoderarse del pueblo por la resistencia tenaz de la población.
El día 13 de agosto de 1912, a media hora de la mañana, se desencadenó la terrible galerna de Bermeo. Perecen en ella 17; pescadores, 112 de Bermeo y 61 de Ondarroa y otros pueblos de la costa vasca. El día 16 se celebran los funerales en la parroquia de Santa María a los que asistieron el Pro-Nuncio de S. S., cardenal Vico, cardenal Almaraz y siete obispos.